尽管开学第一天, 经历了一个暑假的休息，身心应当都已经调整到了最佳的状态，可是, 萌希却意外有点提不起精神。原因无他, 她小学生时代的朋友兼情敌, 为了所谓的“爱”, 不顾一切飞奔到了决斗学院。
“礼, 你还真不是……一般的迅速……”被这位难缠新生绊住脚步的萌希，作为好友间重逢的庆祝，不得已请她吃冰激凌, 外加谈心。
“嘿嘿，那是当然的, 可别小看了恋爱中的少女的行动力啊。”早乙女礼, 开心地舔着冰激凌, 硬是拖着某人在学校里晃来晃去，美曰其名参观校园, 真实目的不得而知。
“不过，说回来，你通过了入学考试都没有知会我一声，真不够意思。”萌希颇有点抱怨的意味，要是她早点知道, 至少能够做好心理准备嘛。
“咦, 我以为你早知道了啊。”早乙女礼很是委屈地反问, “我没有提前去参加入学考试啊, 是因为我在GX大赛中成绩优秀, 鲛岛校长才破格让我进入红寮的。”
“啊……哈……是这样啊……”萌希讪讪地打起了马虎眼，要是这位恋爱中的少女知道自己因为在GX大赛中太过关注其他问题而忽略了她的存在, 不晓得要发火到什么时候呢。
可是，她果然还是有点在意，礼什么时候变得这么厉害了？GX大赛可是世界级的比赛啊，而那时的礼还是个连决斗学院入学考试都没有参加过的小学生……
然而这个时候，萌希最想知道的，却不是这个，而是……
“呐，礼，难得你在比赛中取得了好成绩，怎么偏偏选择了红寮呢？”红寮虽然有神人游城十代坐镇，可毕竟是三个宿舍中评级最差的一个啊，而且因为住宿的关系，女生一般都是去蓝寮的。连因为种种原因曾经在黄寮和红寮呆过一阵子的自己，到最后还不是转回了蓝寮？
哪知道一谈到这个话题，早先还天不怕地不怕的某恋爱少女，忽然娇羞地捂住了脸，“哎呀，这个问题，你不是明知故问嘛。”
“……是吗？”由于某人的变脸功夫而大开眼界的萌希，并未显得有多么兴奋，而是很无奈地垮了垮脸。也许对她而言，两年前的那次事件不过是个意外的插曲，并没有印象深刻到难以忘怀的程度。这也从另一个意义上体现出，萌希是个多么单纯的孩子。
“嗯嗯，对了，说到这个，萌希你知道十代大人在哪里吗？”早乙女礼果然从一开始就目的不纯。
“游城十代啊……可能在红寮吧，不过马上就要开学典礼了，说不定他去了礼堂……”萌希的回答不太确定。十代这个神人秉持了拉轰主角的各种习惯，行踪一向飘忽不定。
“啊，这样啊……”早乙女礼“嘻嘻”笑了两声，“那么我们先去红寮看看吧。”
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突如其来的一道冷淡嗓音毫不客气替某个不知道怎么应付的女孩婉拒了过去。
“那可不行，萌希还有很多学生会的事物要处理，你们之间的悄悄话就等下次再说吧。”明日香似是很不满地把某少女一把扯了过来。
“呵呵，是明日香啊……”萌希顿时感到得救了，一边在心里感谢好友，一边顺势道，“说起来我确实好像有点偷懒了，抱歉啊，明日香，把事情都丢给你……”
“道歉的话等一切结束了再说吧，现在就给我回去。因为新生接待工作和开学典礼的准备，我这里忙得都抽不出人手了。”明日香似乎真的是由于忙碌的关系才来逮人，严肃的表情里挑不出一丝漏洞。
“嗯，既然这样，那好吧，我就先不打扰你了。”话都说到这个份上，早乙女礼也找不到其他借口了。
“那，我先走了。”萌希摇了摇手，脚步刚没迈了几下，又不放心地转过头，“开学典礼快要开始了，你逛得适可而止就行，可别开学第一天就迟到啊。”
“放心，我自有分寸。”早乙女礼虽然嘴上信誓旦旦，可神色却分明不是这么回事。
萌希虽然有点怀疑，但那边明日香已经等得不耐烦了，所以她也不好再追究下去。
好在开学的第一天顺利过去，没有出什么大的岔子，如果十代和约翰由于激情四射的第一次相逢而忘记典礼时间不算是什么大问题的话。
而新学期的新气象，也在第一时间展现在了众位学生的眼前。
眼镜蛇教授和来自各个分校的四名优等生，无疑在学校里引起了一股话题的新潮流。教授所带来的新的教学方案，也在学生间热烈地探讨起来。
没有阴谋，不成故事。在十代这个超级二代主角照例轰轰烈烈地自以为将BOSS打倒以后，GX的世界进入了一个新纪元——一个名为“穿越”的新纪元。
“这里是……沙漠？”
“海都变成沙漠了，世界是不是要毁灭了？”
“笨蛋，我们是穿越啦，穿越啦！”
“呜呜，有什么好高兴的，我们回不去了……”
当萌希所在的主角团队见到变故之后，匆匆从决战之地回到教学楼的时候，看到的就是这样一副混乱的场景。
好在明日香这几年学生会也不是白呆的，特别是某会长一直不务正业的情况下，她的业务能力也有了常人难以想象的长足发展，再加上那两个不怎么有用的老师还算努力的帮忙，学生们的情况总算安定下来了。
但是，又有另一个问题横在了还没搞清楚状况的他们面前——貌似精灵的怪兽，朝他们所在的最后堡垒，攻击过来了。
万幸主角团队实力强劲，一些不入流的小角色，超级天才约翰一个人就搞定了。
可是，潜藏的黑暗依然在不为人知地酝酿，直到出现了合适的时机，一下子爆发出来。
本来就由于突如其来的险境而心生动摇的学生，再加上食物受到限制，身心上的双重打击，便很容易受到黑暗的负面影响。于是，一个又一个，学生接二连三地不明原因地变成了只知道决斗、不知疲倦的丧尸般的存在。
陷入大危机的学院，想要力挽狂澜的主角队，心怀叵测的分校留学生，以及隐藏于最深处的黑影，在这片广域的异世界里，展开了最后的博弈。
与此同时，因为不在教学楼附近而侥幸逃过一劫的决斗学院师生，也没有闲着。以鲛岛校长为首，各尽所能展开了救援活动，甚至，连幻影公社的珀伽索斯会长都出动了。
珀伽索斯会长果然很有人脉，针对决斗学院发生的意外状况，当机立断找来了空间物理学的权威，曾经由于种种原因在决斗学院露过面的茨拜因施坦因博士。
而这位醉心于逻辑的诺贝利奖（？）获得者，决斗物理学的大师，也不负众望，克服了重重困难，终于发现了空间移动所留下的仅有的一丝裂缝，也捉到了将所困师生们带回这个时代的线索。
一切都在紧张的气氛下有条不紊地展开。
而作为决斗学院毕业生和曾经与学校有所联系的人们，也各自接到了消息。
艾德•菲尼克斯的情报网一直都比较迅捷可靠，所以在通知他之前，他早已抛下所有工作，只身一人奔赴事发地点去了。
凯撒接到鲛岛校长电话的时候，他和某位赞助商的项目正好谈到最关键的时刻，所以当秘书把电话递给他的时候，心里本来是有些不满的。要不是鲛岛校长坚持不能延后，他也不会从这么重要的会面中脱开身。
然而，当他刚听完一句话之后，大脑立刻“嗡”的一声，当下就呆住了。
鲛岛校长所说的是，“决斗学院发生异变，大量学生失踪，其中也包括市原萌希。”
萌希她……失踪？就这么一个弹丸之地……失踪？难道说，曾经让吹雪痛苦的黑暗决斗又出现了？不……不对，萌希她才不会输给这种低劣的家伙……而且，还有游城十代在，那个家伙，是绝对不会眼睁睁看着同伴陷入绝境而无动于衷的。难道说，他也出了什么状况？可恶，到底是怎么回事？
由于心思混乱，凯撒竟一点都没有察觉，最后那句话，他没能成功藏在心里，而是宛如发泄一般，吼了出来。
“冷静下来，丸藤君。现在还没有到束手无策的程度，还有解救的办法。”电话那头，传来了校长安慰的话语。
“究竟发生了什么，鲛岛校长，你能解释一下吗？”凯撒强忍住心头的暴躁和恐慌，沉着脸道。
“是这样的……”鲛岛校长的声音突然变得轻了下去，继而，听筒那头传来了低低的窃窃私语声，仿佛说话者被人拉过去在讨论什么紧迫的话题。
几秒之后，校长总算想起来电话那一端还有个快要发疯的人在等消息，便又重新道，“你还是尽快赶来决斗学院吧，很多事情电话里一时说不清……”
“我明白了，我会以最快的速度赶过来。在这之前，一切就拜托你们了。”凯撒抿了抿嘴唇，憋着一股气，挂断了电话。
他愣愣地站在走廊上，恍惚间头脑里一片空白。无绳电话的外壳已经被捏的微微变了形，他却依旧没有放松的意思。直到秘书出声提醒，他才勉强从难以置信的茫然中回过神来。
可恶，明明早就决定不让她受到任何伤害……
为什么，自己会那么无力？
一直以来拼命的努力，到底是为了什么？
他究竟是为了什么想要变得强大，又是为了什么渴望赢得胜利？
结果，在残酷的现实面前，还是徒劳吗？
不，不能这么消极，刚才校长也说了，还有将她带回来的机会。
虽然在最困难的时候，他没能陪在她的身边，但是，这一次，轮到他去拯救她了。
当凯撒从轰鸣的直升机上走下来的时候，围绕在整体消失的决斗学院教学楼边，已经布满了救援的队伍。他举目四望，正要确定鲛岛校长的方位，以便最快了解到情况之际，一个冷淡中明显不带有好意的声音，蓦地从背后响起。
“你就是丸藤亮，被誉为凯撒的男人吗？”