至于左良玉，虽说被人护着上了船，可是没有能逃出多远，便被越来越多的叛军控制的船只给堵住了去路，在肖天健巨额悬赏之下，这些参与叛乱的官兵们，无不争先恐后的上去厮杀，试图抓住或者杀掉左良玉争功，虽然左良玉的手下们也拼了命的抵抗，可是杀退一波便又围上来一拨，刚开始这种厮杀还是无组织自发形成的，可是后来逐渐越来越多的船只围上来，将左良玉带着的几条船围得是里三层外三层的，杨昆山和刘江都赶到了这里，开始指挥围攻左良玉的船只。
几条左良玉手下控制的船只被包围在中间，四面八方箭如雨下，不时的有人中箭倒在船上抑或是翻落在江水之中，不管他们如何拼杀，始终都无法透围而出，左良玉也疯狂了，在战船上指挥手下拼死抵抗，可是很快便矢尽弹绝，只能尽可能的阻止叛军靠帮跳上他们的船只。
一番激战下来，左良玉手下死伤惨重，虽然也杀伤了不少的叛军，可是他们的几条船都开始被叛军的火箭点燃，左良玉也身负重伤，倒在了船上，逼得左良玉仰天大叫：“天亡我也！”
随即大批叛军开始涌上了他们的船只，刀枪并举的朝着左良玉和他残存的几个手下扑了过去……
荆州之战直到七月二十三才算是彻底结束，这一战下来，刑天军将左良玉所部彻底全歼在了荆州一带，只有极少数的左良玉的手下溃围而逃，但是自左良玉一降主要的部将，皆被刑天军阵斩抑或是抓获。
左良玉在江面上被杨昆山和刘江指挥的叛军所杀，他的尸体当天下午被送回到了荆州城中，交给了肖天健，肖天健带伤检视了左良玉的尸体，确认无误之后，当场兑现了他的悬赏，赏了几个最后杀掉左良玉的六个人每人二百两银子，但是因为局面太乱，左良玉被砍得满身都是伤口，还有不少箭伤，也认不清谁才是真正杀掉他的人，所以营将之说就免谈了，凡是参与围攻左良玉的人，每个人都赏银二十两，算是作为补偿，使得这些叛军上下无不高兴万分。
至于左良玉的家眷，基本上都被烧死在了船上，而他的儿子左梦庚则被几个叛军当场格杀，人头也被找到，送至了荆州城之中。
可以说荆州一战，左良玉全家基本上被灭门，以后根本不用再担心左良玉这一家人再折腾出什么浪花了。
而除了左良玉和他家人之外，左良玉手下诸将基本上也没有跑掉，不是当场死于乱军之中，便被刑天军抓获，跑掉的可以说是屈指可数，即便是跑掉一些，以后这些人也都吓破了胆子，谅他们不敢再兴风作浪跟刑天军为敌了。
此战共斩杀左军近万人，说是一场屠杀也不算过分，彻底将左良玉集团给杀了个血流成河，染红了荆州的长江江面，许多尸体沉入了江中喂了鱼无法考证，但是起码可以保证，杀人盈万是没有一点问题的。
而刑天军这边损失则有千余人左右，阵亡四百多人，伤五六百人左右，其中重伤二百余人，损失也相对来说是比较重的一次，基本上赶上襄阳一战的伤亡数量了，可见这一场仗打得是相当惨烈。
除了左良玉所部被屠之外，此次攻占荆州，还生擒了被分封在荆州城的惠王以及惠王的全家，这个惠王也算是倒霉到家了，摊上了个左良玉这样的家伙坐镇荆州，多次被左良玉敲诈，王府在城破之前，还被左良玉以筹措饷金为由，派兵冲入王府洗劫了一番。
对于这个惠王，肖天健念在他在荆州为祸不深，也就饶了他一命，没收了惠王的家产之后，将其和他的子女妃子们迁至保康县安置，贬为平民之身，令其自耕自织，以后不要再想过安逸、豪奢的日子了。
虽然肖天健在荆州城下中了几箭，但是好在他身上披有重甲，伤势很轻，基本上没有影响到他的活动，但是也正是他这样的举动，一是争取到了民心，二是彻底激怒了刑天军上下兵将们，也更获得了兵将们的人心。
只可惜了他的那匹爱马，在驮着肖天健回去之后，伤势过重，两天之后死在了军中，让肖天健好是伤心了一番，这匹黄骠马已经跟随他好多年时间了，跟肖天健感情已经相当深厚了，多次手下都要为他换一匹更好的战马，都被肖天健拒绝了，现如今为了肖天健，这匹黄骠马阵亡在了军前，肖天健岂能无情，所以肖天健亲自坚持埋葬了这匹爱马，并且立碑予以纪念，单单只为了这匹爱马，肖天健就杀了不少的左良玉的手下来祭奠它。
攻城战之中，虽然杀伤了不少无辜的百姓和妇孺，但是老百姓并没有因此便怨恨肖天健，而肖天健在入城安民之后，也践行了他的承诺，下令收敛城上下的那些妇孺的尸骸，有亲人的可以将其尸身领去安葬，刑天军派发十两银子作为抚恤，没有家人收殓的，便将其集体移至城外，在城西江岸边上，择了一个不错的地方，整整齐齐的将其埋葬，同时拨出银两，在那里修建起来了一个祠堂，专程带部将们在那里隆重的公祭了一番。
同时刑天军入城之后，取了城中左良玉聚敛的钱粮，拨出十五万两银子和大量的粮食分发了下去，赈济当地惨遭兵祸的百姓。
那些被左良玉强行裹挟的荆州百姓，战后全部投降，经过甄选之后，先挑出藏身于其中的左良玉的亲信，拖出去砍了，又留下了其中一批精壮老实之人，充入刑天军之中，编练成三个营的新军，同时将预备营的精干人员补充到了受战损的各战兵营之中，至于剩下的人包括承天府和荆门两战之中投降的那些官兵，则都就地遣散，令其归家，立即开始复耕他们的土地，原来没有自己土地的人，则可以领取刑天军分发给他们的土地耕作，包括抄没富户家的耕牛，也都分发了下去。
战争对于民生的摧残是非常大的，肖天健最关心的不是缴获多少银两和粮食，他更关心的是凡是攻取一地，就要尽快的恢复当地的农业以及工商业，否则的话等他有朝一日真的夺取了天下，再转头顾及这些事情，估摸着不知道天下还会乱多长时间，这一点也正是他的高明之处，现如今河南的农业恢复的非常之快，那些抛荒的田地，已经开始大批的复耕，到了这个夏收之后，河南那边虽然不敢说彻底解决饥荒的问题，起码大部分老百姓会有了吃的东西，不会再被饿死，而老百姓只要有饭吃，便会安定下来，今后逐步的农业生产便会越来越好，至于湖广这边，本来就有得天独厚的条件，农业生产就必须要以最快的速度恢复，为刑天军以后的行动打下良好的基础。
在年前的时候，肖天健已经签署了命令，下令凡是刑天军控制区之内，保护耕牛骡马，不得任何人私杀耕牛，其目的便是尽快恢复耕牛数量，以此带动农业生产的恢复。
而荆州一战最大的收获还不是钱粮的问题，而是通过暗中策反，使得肖天健轻而易举的在荆州获得了一大批可用的战船还有各型船只，另外就是一大批可用的水卒。
刘江鼓动投靠刑天军的左良玉水军旧部其中不少人都是常年生活在长江上的渔民或者船夫，这些人很快便可以转化成为水军的有效战斗力，使得肖天健在极短时间内，可以在长江上拥有一支堪用的水军，再加上有杨昆山这个老部下控制水营，接下来他利用这些缴获自左良玉的船队，便可以轻而易举的顺江南下，朝武昌府进兵了。
如果不是这一次策反了左良玉的水军的话，那么第一他很可能抓不住左良玉，最多也只能打下荆州城，眼睁睁的看着左良玉率领残部逃走，第二他即便是打下荆州城，也无法在短时间之内，建立起一支可用的水军，继续他在长江一带的攻掠行动。
长江一带如果没有水军的话，仅凭着他的这些步军和骑兵，可以说是寸步难行，当年南宋时期，金国和蒙古人南下，都在长江一带吃了憋，被堵在长江北面无法南下，最终蒙古人不得不从四川绕道攻打南宋，最终才覆灭了南宋，如果刑天军不能建立一支可用的水军的话，那么在湖广一带经略，难度之大是可想而知的。
而他的部卒之中，绝大多数都是中原人和山陕、河北人士，这些兵将别看在陆上被他训练成的猛虎，可是到了水上都要抓瞎，其中绝大多数人根本不会水，让他们当水卒，那是笑话，所以荆州一战最大的收获，便是控制了大部左良玉的水营。
邢州一破，左良玉一死，左良玉原本留在长湖之中的那些水卒们见识不妙，也纷纷乞降，其中左良玉的部将们则立即弃船潜逃，但是还是有几个被他们的手下给绑缚了起来，送给了刑天军，当即被斩于岸边。
在长湖上左良玉也集中了百余条船只，这些船只损失不大，立即也被肖天健下令转入到长江之中，充入刑天军新成立的长江水营，使得水营规模又扩大了不少。