会后，冯云山将罗大纲、林凤祥、左宗棠、崔大同、陆顺德、谭绍光、许祥光等人留下。
“本王留下你们，想必都心里清楚了！”冯云山直接说开了：“以后，圣军，哦，不对，从现在起，要叫中华讨虏军！以后讨虏军的主要具体指挥者，不是本王，而是准备要成立的总参谋部！而你们，便成为总参谋部的骨干！”
见众人一脸喜色，冯云山继续说道：“总参谋部直接对本王负责！总参谋部负责人称为总参谋长，设一正二副。总参谋部下设五大处：作战处，作训处，情报处，后勤处，军事科学处。”
“大纲兄弟，还有林兄弟，你二人要指挥军队，便不进入总参谋部了！但这次总参新成立，人手不够，并且需要尽快编制《中华讨虏军编制章程》，因此，这几天你们留在这里，帮忙参详。”冯云山直接布置任务。
罗大纲和林凤祥脸色黯然，他们没能进入圣王所说的这么重要的总参谋部，虽不至于对冯云山不满，但心中难免不快。
冯云山见状，解释道：“大纲兄弟，林兄弟，总参谋部虽说重要，但毕竟只是参赞谋划，具体作战还得你们来指挥将士们执行。而且，想进入总参谋部，首先起码要能识字写字，否则，如何看懂作战计划？而且进入总参谋部后，便不能率领士兵了。你们自己考虑，要是想进总参谋部，首先一点，三个月内必须能认识一千个以上的汉字。”
听到这里，罗大纲和林凤祥连忙摇头，将心思去得一干二净。开玩笑，他们勉强只能认识自己的名字，让他们重新识字，和让他们绣花没什么区别。而且，进了参谋部便不能带兵，对于这点，他们两人均不能接受，还是乖乖领兵作战得了。
看两人模样，冯云山暗笑，继续说道：“以后，讨虏军以及总参谋部等机构的职务长官，都称为某长。鉴于你们都不甚熟悉总参谋部的情况，暂时便由本王暂时兼任这个总参谋长！由陆顺德、左宗棠两人任副总参谋长；作战处处长由陆顺德兼任；谭绍光任作训处处长，崔大同任作训处副处长；情报处处长由左宗棠兼任；许祥光暂任后勤处副处长，军事科学处由徐寿任副处长。”
“作战处的职责是负责讨虏军总体战略战术，制订作战计划和动员计划，并帮助作战部队实施，指挥并协调各军队的作战行动。”
“作训处的职责是负责讨虏军军官的培养、选拔和士兵的训练，以及组织完善不同军中的联合作战。”
“情报处的职责是搜集和提供一切有利于作战的情报，包括敌军的情报，战场环境、天气、武器装备等一切因素，为作战处和作战部队提供情报支持。”
“后勤处的主要职责是负责讨虏军将士的吃、穿、住、行等后勤需求，并制订作战军队的行军交通方式，提供工程兵勤务和营地、构筑阵地等方案，帮忙联系支援部队尽快到达。
“军事科学处的主要职责是研发并生产先进的武器装备，并提供先进的测量、统计、地形测绘等帮助。现阶段是招募和收集各类工匠，还有洋人的科学家，研发新式武器装备。”
一口气将自己对总参谋部五大处的设想说了出来，冯云山将后世普鲁士和华夏的军事总参谋制度基本都涵盖在内。
左宗棠刚开始还只是觉得这个总参谋部只是圣王发明的一个新名词，仿照满清的军机处设立的一个机构。最多招几个幕僚，帮忙参赞军事。
随着冯云山越说越多，越说越顺，一个严密而系统的军事指挥机构呈现在左宗棠眼前！他越思量，便越觉得这是一个伟大的军事创造。
这个总参谋部一旦建成，必将成为指挥讨虏军的一个关键机构，不但能将成为一个培养军队精英和专门研究战争经验的学堂，还是一台高效地发动战争并用尽一切办法取得胜利的利器。
说完总参谋部的职能和人员任命，冯云山当下便说了自己的一些军制改编的想法，让左宗棠等人进行整理，都编入到《中华讨虏军编制章程》里面去。
……
二天后，冯云山首先宣布改组圣教，将原来的拜上帝圣教，改为中华复兴会。
冯云山自任会长，是最高领导人，任命罗大纲为副会长。下设执行委员会，为中华复兴会的权利组织机构。
执行委员会成员人数不固定，全部由冯云山任命，对冯云山负责。
执行委员会下暂时设立庶务部、宣传部、调查部、财政部、内务部、外务部以及安全部、教化部与工匠部等九个下属机构。
在冯云山的构想中，庶务部是整个中华复兴会的各类行政事务中心，并为自己提供智囊幕僚的支持，有点类似于后世的某办公厅，总体牵头诸般事务。
而宣传部，则负责在中华复兴会内部和外部进行各类宣传活动，特别是对广大百姓的宣传。
调查部，则是抓中华复兴会的内部调查和纪律，以及辖区的百姓、军队、商贾等各类调查处理，有点类似后世的纪检委。
财政部的职责较为清晰，抓收入与支出，相当于原来圣教中的总圣库。
内务部，负责内部管理，会众的培养与发展，类似于后世的组织部。
外务部，则负责对外的联系，外交与商贸。乃是外交、商务、统战和对外联络的综合机构。
安全部，则负责冯云山的保护工作；对中华复兴会所辖百姓的保护；对各类案犯、奸细间谍的抓捕缉拿，以及对敌人的破坏与暗杀活动。
教化部，则负责教化中华复兴会中兄弟和所辖百姓，发展教育和医疗卫生。
工匠部，则负责占领区的一切建设，发展房屋、交通、水利、矿场以及其他设施。
所有圣教会众，自动转为中华复兴会会员。
本来，冯云山只想将圣军编制整编改革一下，但随着他与手下的讨论和自己的思索，发现不改编圣教，便无法改编在圣教基础上成立的圣军。
圣教的改动，影响实在是太大，但冯云山已经意识到，随着太平军的进一步攻占南京城，建立起稳固地太平天国地方政权，依照洪秀全和杨秀清两人的性子，迟早跟原来的历史上一样，会实行一些天怒人怨的民间政策，尤其是禁止百姓有私有财物，所有一切要上交圣库，以及灭绝一切其他宗教、焚烧一切其他书籍的行为，导致民心大失。
因此，冯云山决定改组圣教，与将太平天国名声彻底搞坏的洪杨等人划清界限。
反正，理由已经找好了，天地会“逼”着自己这样做的！只要给自己一些时间，发展起来，便彻底不用与洪杨两人虚与委蛇。
紧接着，冯云山又宣布，废除原来的“太平圣军”称号和一切圣军有关编制、职务，设立“中华讨虏军”。
冯云山将中华讨虏军军制，在采用后世普鲁士和北洋军阀三三制军制的基础上，又稍微做了些修改。
随后，冯云山颁发了《中华讨虏军编制章程》。
《章程》首先规定了讨虏军的军制。
最基层的军队编制为班，最大编制为军。
由下往上依次为班、排、连、营、团、旅、师和军。
《章程》规定，中华讨虏军由中华复兴会唯一指挥，会长冯云山是最高统帅。
为加强中华复兴会对讨虏军的指导，连以上的建制单位，都必须成立分会，由上一级建制单位指派会员担任专职指导员，协助主官抓好军队的军事建设。
连、营级设对应级别的指导员，团级以上设中华复兴会执行委员，简称执委，主官本单位内的中华复兴会内部事宜，负责本部官兵的晋升、提拔等，位高权重，仅次于团长等职务。
班：士兵10人，加上正副班长，共计12人。
排：三个班为一排，加上正副排长，共计38人。
连：三个排为一连，每连设立连部，含连长、指导员、副连长、司务长、传令兵和医护员、文书等人，并且每个战斗连都还配有8人的炊事后勤班，人数总共在130人。
营：三个连为一营，每营设立营部，含营长、指导员、副营长、传令兵和文书，还有5人编的营警卫班，共400人。
团：三个营为一团，每团都设立团部，含团长、团执委、副团长、团副执委、团参谋长以及几名传令兵和文书，还有直属团部的警卫排38人，侦查排30人，2个医护班20人，共1300人。
这是标准步兵团的编制。另根据武器装备和战斗需要，成立特殊作战任务的炮兵团、工兵团、辎重团等编制，人员则根据具体需要。
旅：旅又分为甲等旅和乙等旅两种，甲等旅含四个团，乙等旅含三个团。
旅部内有旅长、旅执委、副旅长、旅副执委、旅参谋长、副参谋长等人，并在旅一级编制中设立参谋部，分为作战组、情报组、作训组、军需组等，内有几十名参谋，负责整理战斗情报信息，为旅长提供资料并提出作战建议，由旅参谋长主管。
旅部内还设有直属的警卫连、侦查连、传令排、医护班、炊事后勤班等。
甲等旅约5700人~6000人。乙等旅4500人。
另外，还预留混编旅的编制，等日后中华讨虏军中有大量野战火炮后，在甲等旅中再加入炮兵团、爆破连、工兵团等编制，届时，混编旅将达到8500~10000人的规模。