满城内的清兵，大部分是旗兵，还有小半壮勇，此时已没有退路，在江宁将军祥厚的率领下，负隅顽抗，拼命死战。加上祥厚、副都统霍隆武督兵严格，防守得当，太平军一时间竟然攻不下满城。
而满城原是明代修建的皇城，宽阔雄伟，城高墙厚，易守难攻。加上满城总兵力有八千余清军，旗兵就有近四千，加上几千壮勇，和住在满城内的旗人，生丝存亡之际，都爆发出巨大的斗志。都统霍隆武甚至逼着将满族妇女和老人儿童也拉上城头守城。
杨秀清见只差满城一处未攻克，恼怒的同时，又心痒痒，只要占领这满城，便能全占了江宁城。而且，满城里的财富，想必是最多的！当即，他命令将满城团团包围，同时进攻。
次日，在猛烈炮火的掩护下，太平军从各个方向同时展开强攻。
秦日纲、胡以晄、曾水源、朱锡琨等同率太平军连续发动三次进攻，都被八旗兵击退，太平军踏尸而上，前仆后继。双方伤亡都十分惨重，战斗激烈程度远远超过江宁外城的攻防战。
激烈的战斗，让双方都死伤惨重！
满城城头上的八旗兵战死上千人，超过城内旗兵的三分之一，旗人妇女儿童，更是死伤千余。
而太平军由于不惜代价地强攻，也是遭遇有史以来最大的惨重损失，阵亡居然达到三千余人，还有近二千人受伤。
杨秀清也被满城里的旗兵凶猛的斗志和战力所震惊，但他当然不会承认自己下令强攻的错误。
借口体恤将士们连日奋战的辛苦，杨秀清命令主攻的四军将士暂时休整。
他调来翼王石达开的左军和北王韦昌辉的右军，让他们二军继续猛烈进攻满城。
憋着劲的翼王左军和北王右军，不知旗兵底细，一齐而上，顿时又是一场惨烈的杀戮，双方仿佛是交换性命一般，相互收割着对方的首级。
满城内的旗兵，情知城破后必然惨死，是以个个奋不顾身，竟然爆发出巨大战力。不到二个时辰，北王的右军便死伤上千人，北王恼羞成怒，又迫于东王之命，将自己的最能打仗的弟弟韦俊也派出。而石达开也是暗自憋着一口气，将自己几个堂兄弟也全部押上，督军奋战，这样一来，连番作战的满城守城旗兵和壮勇，自然吃不消，连番败退，眼见就要攻下城来。
杨秀清命令鸣金收兵。石达开和韦昌辉暗自愤怒不已，情知东王眼见胜券在握，又要搞小动作，但太平军等级森严，便是北王翼王，亦不敢违背东王的军令。他们只得悻悻收兵。
不过，这回，倒也不能怪杨秀清搞手段。而是他发现了满城内的旗兵，都非常疲倦，都是强忍着支撑在战斗。因此，他宣布收兵，让城内的清军松懈下来休息。
他知道，人在高度劳累之后，若是硬逼着，却还能坚持，但一旦松懈下来，想在绷紧，便不成了。
杨秀清又命人在城外架设高台大喊，说是准许旗人投降，投降不但不杀，还放其离开江宁城。旗兵见到有活下去的希望，顿时纷纷不想再继续作战，精神和斗志一下子，全部松懈下来。
杨秀清命令满清内的壮勇开城门投降，并许诺金银和高官，一时间，城内的壮勇心动不已。
江宁将军祥厚和副都统霍隆武眼见情势不妙，命令旗兵将蠢蠢欲动的数十名壮勇斩杀，但这样一来，却让其余的壮勇更是四散奔逃。
城外的杨秀清得知满城内情况后，立即重新组织已经休息好的秦日纲、胡以晄、曾水源、朱锡琨等率军继续猛攻。
满城内的旗兵好多都连续战斗，没有间歇休息，又连日饭都没吃，已经累得不行，一躺下便睡着不醒，无力再战。其余旗人老人和妇女儿童，均不堪一战，四处溃逃，太平军趁机一举攻破了满城。
江宁将军祥厚，眼见城破，自刎而亡。
副都统霍隆武却率领手下五百精骑兵，想打开城门，冲出包围，但很不幸，正巧碰上正无处发火的翼王左军将士，一番砍杀，五百骑兵在街道上无法冲起速度来，不但没骑兵优势，反而成为靶子，很快被屠戮一空。
霍隆武被上百把长矛戳中身子，千疮百孔，从外面看已经全是矛柄，看不见人。
满城内的旗人和壮勇连忙大开城门投降求饶，但杨秀清和众将士恼怒被旗兵杀死的数千兄弟，随着东王杨秀清的一句冰冷而斩钉截铁的声音：“都屠尽了，不许放走一个。”
很快，满城内剩余的二千旗兵和三千壮勇，全被太平军杀戮一空。其余的普通旗人，包括妇女儿童，四处躲藏，被五万多名太平军将士逐家逐户地搜寻，斩杀。
最后，整个满城内，共计一万四千多名满清旗人，全都被太平军屠戮一空。一时间，满城内，血流成河。
太平军彻底占领江宁城。
正月二十九日，一大早，杨秀清率领北王、翼王、秦日纲、胡以晄等太平军一干大员前往长江江畔，迎接天王洪秀全进江宁城。
杨秀清身穿大红袍、头戴貂皮帽，面无表情地望着远处渐渐驶来的巨大明黄色龙舟。同样是一身大红袍的韦昌辉和石达开紧随其后，其余人员或遵太平天国制戴官帽、或扎黄甲，簇拥跪迎，恭候天王下船。
龙舟靠近，率先数十人跳下船来，将船固定。又十余人下来，手持木板，以自己的背脊为支撑，将木板斜靠在船舷和岸边，显然是供天王下船踏步之用。
这时，百余名少年亲卫，簇拥着一名头戴明黄盘龙金冠，脚踏华丽的黄缎绣龙鞋之人下得船来。
只见此人身着正黄绣龙袍，十分华丽，几乎垂至脚面，绣花的黄色缎袍，上面缀着浮起的金饰和金银红三色丝盘成的龙纹，十分威严。只是苍白的面颊，露出兴奋地潮红色，眼睑有些泡肿，一看便是沉浮于酒色之中，一副被掏空了的肾虚之相。
此人正是天王洪秀全！在前面的殿前右二指挥蒙得恩，小心翼翼地搀扶着他，慢慢下了船。
洪秀全瞟了众人一眼，双目一变，脸上已是堆满笑意，哈哈笑道：“东王，都是自己兄弟，又是新占江宁，何苦兴师动众地前来迎接朕？”
杨秀清脸上此刻也是堆满笑容，恭谨地回答道：“天王兄，您乃太平根本，迎接您，才是天大之事！”
洪秀全满意地点点头，拉着杨秀清的手，一道往前走去。
行了十余步，便早有一辆十六人抬的明黄盘龙黄呢大轿，在那等候，却是东王杨秀清提早安排，供洪秀全乘坐。
洪秀全见了这个十六人的黄呢大轿，面色微沉，眉间便是一皱。旁边的杨秀清察言观色，见天王不喜，再一看黄呢大轿旁站着的十六人，顿时一惊，暗自郁闷：“咳，自己事情一多，竟然忘记了身边这位好面子讲礼制的天王兄，素来喜欢八八之数，这只有十六人抬的轿子，难怪他面色不善。”
当下，他连忙吩咐身后跟随的东殿簿书曾水源一番，又转头赔笑和天王闲聊了几句。半刻之后，曾水源领着48名身材魁梧，头戴黄帽身穿明黄马褂的壮汉来到盘龙黄呢大轿处。杨秀清连忙恭请洪秀全上轿。
见到64名孔武有力的轿夫，洪秀全有些满意，进入轿内。
这时，天王的依仗也纷纷下得船来，赶紧赶至四顶黄轿的前面，精神抖擞地打起依仗，几百人高举旗帜，64对敲锣手，64对吹鼓手，均身着在武昌城内统一的明黄马褂状制服，吹吹打打，在曾水源等人的领路下，往江宁城进发。
天王64抬大轿之后，紧随着的，是36名廣西大脚女人，虽冬日里着短衫长裤但一丝不觉寒冷，个个手持日照伞，骑马相从。
东王、北王和翼王三顶十六人抬的黄轿，紧随大脚女人之后，再往后又跟随着上千骑马的天王卫队，以及上百名骑马坐轿的王娘等家眷。
接着又是几千兵将，喧嚷声闻几十里，让江宁城中之人震惊不已。
洪秀全选择的是从水西门进入城中，因为有个水字，暗自符合他的洪字。
到达水西门外，洪秀全让人停下轿子，钻出轿来，看着巍峨的江宁城楼，心中感慨万千！
十年前，他参加完第四次科举，结果又未中举，还是一名落魄的秀才；五年前，他还潦倒无比，想找那名叫罗孝全的洋牧师出家入教，结果被认为心不诚、认识不够而遭拒绝；一年多前，他率领万余人的队伍，被满清围剿，在广西瑶山之中四处躲藏。
但没想到，今日，他竟然能站在这朱元璋曾经站过的水西门前，准备接管这座六朝古都，当做自己的国都！
从今往后，这个近百万人的巍巍古都，便是属于他一个人所有！
而且，随着自己麾下的将士四处出击，占领的城池会越来越多，总有一天，他会回到那座曾经参加过四次科举的广州城，让那些曾经嘲笑过自己的考官和考生们，还有那些客栈老板小二们，甚至，那个那些可怜过自己的路人们，让他们知道，他们都错了！他们错过了一位伟大的天才，一位地上天国的缔造者！
不过，他忽然脑海中出现了一名儒雅的读书人模样。南王！
“云山！离我而去，占领广州也不向我禀报，到底是被迫无奈，还是你真的另有想法？不管怎样，想必你现在想必开始后悔了吧。如今我拥有这繁华的都城，数十万将士，贵为天王。假如你一直跟随于我，此刻便能有一场富贵！若是你现在来投奔我，前来求我，可能，我会给你个机会，可能，又不会给了，因为你，也有野心了。”
“天王，吉时已到。可以入城了！”正当洪秀全想入翩翩时，蒙得恩的声音打断了他的遐想。
洪秀全连忙收拾好心情，重新上了轿子。吉时----未时二刻末、三刻初之际，洪秀全坐着黄呢大轿，通过水西门，正式进入江宁城中。