赵禹南洋富豪的身份，令得元廷各方势力垂涎，争相结交献媚。而赵禹便在各方之间游走斡旋，激化了原本就存在的矛盾，同时埋下许多隐患。
在赵禹等人的精心策划下，萨平利用自己的身份以及家族的影响力，令得一干蒙古贵人对于明年粮价大跌之事深信不疑，纷纷抛售自家囤积的粮食，一时间，大都粮价狂跌。与此同时，颜垣利用为朴大宝翻新宅邸的机会，查探到朴大宝多年积攒的财货，将之尽数盗出，加上赵禹北上大都所携带的钱财，在大都粮价狂跌的时候，收购了大批的粮食，借助朴大宝的力量，由海津镇用海船秘密运往山东。借助这一批粮食，已经加入殿前卫的崂山派佟百涛在山东为殿前卫经营起庞大势力。
在蓝教主的帮助下，赵禹查探到六派人士被关押的地点，并将消息转告张三丰等人。
一直潜伏在赵敏身边保护，扮作苦头陀的光明右使范遥找到了赵禹，告知原来赵敏在扬州时有了赵禹的骨肉，秘密前往上都待产，如今才返回来。
王保保惊闻妹妹竟然有了江南反王的骨肉，与赵敏大吵一通，兄妹决裂。他更指示麾下高手将妹妹与外甥软禁在一个隐秘的地方，万念俱灰下，为了汝阳王府的前程，终于决定投靠太子，却不料此举恰恰坚定了太子除掉汝阳王的决心。
蓝教主以身犯险，帮助赵禹寻找到了赵敏被囚禁之处。就在赵禹成功解救出赵敏之时，惊闻汝阳王被刺杀得手！赵敏悲痛欲绝，与元廷势不两立。与此同时，赵禹的身份也被识破，而与他过往甚密的蓝教主也被太子关押起来。
为了营救蓝教主，赵禹策划一干武林人士营救被关押的六派人士，夜闯宫阙，击杀大内侍卫总管番僧赤都，以此声东击西之计成功救出蓝教主，并且让太子误以为皇帝将要除掉他，从而悍然率领麾下护卫攻击皇宫。一时间，整个大都陷入混乱当中。而张三丰等人在付出惨重伤亡后，也终于将被关押的六派人士解救出来。
太子兵败，被王保保护送一路逃到陕西，而博罗帖木儿更是一路追杀，双方陷入混战当中。
赵禹率众经由海路安然返回南方，却在归途上遇到前往中土的波斯明教一行人。赵禹将波斯明教一行引到应天，并且察知到如今波斯明教的恶劣形势。波斯明教中人到了应天之后，便开始煽动中土明教弟子加入他们，却发现中土明教的教义已经完全与波斯总教的教义相悖，而且中土明教的弟子们对他们也缺少尊敬。正当他们心灰意懒之际，却发现了多年前派往中土的圣女黛绮丝。
赵禹回到王府后，察觉到小昭态度有些怪异，细问之下才知紫衫龙王竟然潜入应天，逼迫女儿盗取倚天剑。大怒之下，赵禹率众前去抓捕紫衫龙王，恰撞见黛绮丝在波斯明教众人围攻下道出金毛狮王谢逊和屠龙刀已经落在她手中的消息，并且想以此来保住自己的性命。赵禹出手制止了波斯明教众人，上前仔细询问，才知先前杨不悔是在骗人。
惊诧之下，赵禹一面命人去迎回金毛狮王，一面派人出海寻找殷野王等人的下落。杨逍自责之下，欲自裁谢罪，被殷天正制止。而纪晓芙却因疼惜女儿，私自将杨不悔放走。
杨不悔前往投奔张无忌，并且将这个消息告知。正派人士唯恐倚天剑屠龙刀全都落入赵禹手中，便与张士诚合谋封锁海路，成功将谢逊截入手中，并且筹划屠狮大会。张无忌营救义父不得，又被武当派同门所厌弃，无奈下与杨不悔再次来到应天，在楚王府门前长跪谢罪，希望赵禹能够出手救回义父。
与此同时，一直没有出手营救六派人士的少林竟与朱元璋合谋，刺杀刘福通，朱元璋成功掌握了河南红巾军。而徐寿辉也引狼入室，接纳了陈友谅，被陈友谅篡夺了军权。两方兵合一处，进犯应天。一时间，应天四面楚歌，形势危在旦夕。
赵禹故意放纵朱元璋大军杀到应天城下，与此同时，早在西域时他安排在陈友谅身边的五行旗秘营成员此时早已经掌握了陈友谅军中大权，大军经过鄱阳湖后，杀掉陈友谅，驰援应天。内外合击，彻底击溃了朱元璋大军，而朱元璋也死在了乱军之中。
凭此兵威，赵禹率领大军兵犯苏州，而方国珍也彻底投靠了赵禹。张士诚力不能敌，自缚出城投降，原本正在筹划的屠狮大会也不了了之。谢逊成功被解救出来，而屠龙刀却下落不明。各派武林人士仍然不肯顺服，灭绝师太当众宣布了刀剑之中的秘密，于是各派人士纷纷出海，寻找屠龙刀的下落，寄望以此来打败魔君。
平定江南之后，赵禹命徐达常遇春兴兵北伐，而此时元廷大军仍陷入混战之中，根本无力抵抗。北伐大军势如破竹，一路杀入大都城中，传承百年的大元国祚就此覆灭！
元帝等一干蒙古贵人们仓皇逃亡上都，徐达常遇春北伐大军一路追击。而在将近上都时，常遇春旧疾复发，性命危在旦夕，赵禹携医仙胡青牛奔赴上都，救下常遇春，同时擒获未及逃远的元帝，将之押回应天。
是年，赵禹正式在应天登基为帝，国号大明。于此同时，王保保拥戴元廷太子登基为帝，重建大元，一路往西而去。
新朝第二年，失踪数年之久的殷野王等人终于回到中土，并且带来一个震惊世人的消息。他们漂泊海外，一路往东行去，竟然发现一片丰饶广袤的土地。那片土地地广人稀，无比肥沃，同时生长着无数在中土不曾出现的物种。块茎肥大的番薯，颗粒饱满、形如珍珠黄玉的蕃米……
这个消息令新朝上下震荡无比，赵禹更是亲自参与到进贤院对于新物种的研究中。为了更清晰了解那块新土地，赵禹命令殷野王等人将自己一路行进路程详细记录下来，刊行天下，鼓励民间前去探索。对于财富土地的渴望，整个新朝掀起了远航的热潮，然而由于路程着实太过遥远，茫茫大海中天灾人祸不断，无数人葬身在海洋中，然而也有一些运气好到了极点的人终于到达海洋的彼岸，那块富饶无比的广阔大陆，并且收集那些罕见物种，返回中土，获得惊人的封赏厚赐！
新的物种研发进度喜人，许多农作物已经成功在中土种植下来。而这其中，尤以元朝废帝这位鲁班天子的研究最为惊人。他竟借助新大陆带回的一种树胶设计出不须人力划动，只凭借沸水热气推动便能自动行驶的龙舟！
元帝将此奇物进献朝廷，赵禹大喜过望，册封元帝为王，准其世代传承，非谋国之逆不得废除。有此榜样，整个大明新朝掀起格物致知的狂热浪潮！
正当一切欣欣向荣时，阴霾却在渐渐逼近。新大陆的据点上突然出现红皮肤土著人，那些人骁勇善战，甫一接触便给了大明子民迎头痛击，损失惨重，只有一些身负武功之辈存活下来，并且将消息传递回来。赵禹大怒，欲要兴兵讨伐却被群臣劝阻，无奈下只能号召民间江湖人士前往新大陆。为了缓和正道武林与新朝的矛盾，张三丰百岁高龄自告奋勇，率领一干武林高手出海远洋。赵禹亲自送行，并册封张三丰为护国法师，许武当派世代传承。
随着往来中土与新大陆的人越来越多，江南却突然爆发瘟疫，无数人因此身亡。赵禹紧急召集天下名医商讨救治之法，终于在五毒教蓝教主和医仙胡青牛的帮助下，寻找到医治恶疾的良策，将瘟疫完全清除。
大明开国二十一年，明皇赵禹壮年驾崩，太子赵方即位为帝。新朝伊始，国舅王保保自缚归朝，愿举西元一国为藩篱，请求大明出兵救助危在旦夕的西元。新皇征召西域胡虏壮士，组建远征军，讨伐窃据察合台汗位的帖木儿王，并于花剌字模国彻底击溃帖木儿。由是，西域南洋万国来朝，共尊明皇为新成吉思汗！