他尊荀贬孔，鄙视王守仁和曾国藩，同康、梁保皇党尊孔辟荀，吹捧王守仁和曾国藩，形成了明显对比。在同康有为的论战中，他还揭露说，清王朝“尊事孔子，奉行儒术”，完全是为了“便其南面之术，愚民之计”。从政治上揭露了保皇党的尊孔论的真实用意。
针对康有为竭力神化孔子的企图，章炳麟对孔子在历史上的地位作了评价。他认为，孔子并不是“神”的化身、不是什么“大教主”，孔子顶多不过是一位历史学家和教育家，同司马迁、刘歆是一类的人物。他还认为，孔子一向不赞成宗教迷信，主张“敬鬼神而远之”，孔子是个“泛神论”者。据此，他指出，康有为等今文经学派，“以孔子为巫师”，搬出来《公羊春秋》的神秘主义，讲什么“三统三世”，把孔子奉为“神”，其目的无非是借孔子的招牌宣扬“满汉不分，君民同治”，为巩固清王朝的统治效忠。章炳麟把孔子说成是一个泛神论者，是对孔子学说的歪曲。但他之所以如此评论孔子，在于反对康有为的“建立孔教论”。
章炳麟虽然谴责了孔子，也认为“提倡国粹不是要人尊信孔教”，但有时自己又以孔子自居，说什么“上天以国粹付余”，他如果死了，使中国“闳硕壮美之学”绝于余手，是则余之罪也”。
他还反对男女平等，反对文字改革，反对提倡白话文；他没有把对封建旧文化的批判同反对封建制度联系起来，不能揭露孔子学说的实质。为了宣扬国粹主义，他还是把孔子抬了出来，说什么“世无孔子，宪章不传，学术不振，则国沦戎狄而不复，民陷卑贱而不升”，又把孔子吹捧为“救国救民”的“大圣人”。显然，这是不可能驳倒保皇党的尊孔论的。
三、唯物主义无神论思想
章炳麟是我国近代史上有名的无神论者。他开始是一个唯物主义无神论者，继承了我国古代无神论的传统，结合西方的生物进化论和资产阶级的人种学，反对了宗教迷信和封建神权论。从1906年以后，他转入了唯心主义，又从主观唯心论的观点批评了有神论。他之所以反对有神论，原因之一正如他自己表白的：“唯物之说，犹近平等；唯神之说，崇奉一尊，则与平等绝远也。欲使众生平等，不得不先破神教。”
他的无神论的主要锋芒，是打击一神教的说教，其目的之一在于宣传资产阶级的自由、平等观念，是为资产阶级革命服务的。
1899年，他先后写了《天论》、《儒术真论》、《视天论》、《菌说》等文，阐发了荀子、王充和范缜等人的无神论思想，批判了灵魂不死、上帝创世说和目的论等唯心主义有神论。依据当时天文学的知识，他指出，所谓“天”，不是像古人说的是一个积气而成的实体。因为离开地球若干尺以上，越往上而气体越稀薄，所以他说：“若夫天体，余尝谓苍苍之天，非有形质，亦非有大圜之气。”那么，所谓“苍苍之天”究竟是什么东西呢？他认为，这实际上是笼罩在地球外部的大气。他说：“余尝持视天之说，以为远望苍然者，皆内蒙于空气，外蒙于阿屯（Atom原子）以太而成是形，非果有包于各耀（星球）而成太圜之体者也。”又说：“盖日与恒星，皆有地球，其阿屯以太，上薄无际，其间空气复厚，而人视之苍然，皆众日之余气，固非有天也。”这就是说，所谓“天”，实际上就是“地气”。所以他又说：“在地曰气，仰瞻则曰天，犹云与两也，非有二质，故其所见异尔。”
章炳麟断言既没有“天”，又没有“帝”和“鬼神”，这是对古今中外神权论的严重打击，因而也从根本上否定了为封建政权作辩护的“天命”论。康有为等保皇党，在戊戌变法失败后，大肆宣扬“天命”，说什么光绪皇帝未死，“有天命存焉”，中国他日必能立宪。章炳麟揭露说，这同汉朝王莽在灭亡前夕求救于“天命”一样可笑，神权论的说教，同样救不了保皇党的命。他说：“拨乱反正，不在天命之有无，而在人力之难易。”他指出，改造社会，推动历史前进，不是靠“天命”，只能靠革命。可以看出，章炳麟的无神论反对封建有神论的斗争，正是近代史上两条政治路线的斗争在哲学上的反映。
由此他得出一个结论：宇宙中除了恒星和行星以外，并没有“天”。他认为，一切恒星都是太阳，太阳都有自己的“地球”（行星），人类所要的地球是从太阳中生出来的，地球上的万物都依赖太阳而生存，所以古人崇拜“天”、“祭天”，实际上是崇拜太阳，“假言曰帝，其真即日”。
章炳麟充分肯定荀子“明于天人之分”的唯物主义观点，认为这是“以天为不明”的光辉思想，它否定了“以日为天，以天为帝”，以“上帝”“有恩威生杀之志”，“有福善祸淫之说”。这就是说，章炳麟认为，太阳是一个物质实体，并非人格神。他还说：“万物之生灭消长，皆由太阳之光热致之，而苍苍者无与焉。”
这是说，万物生灭与太阳的关系完全是一种物质的自然关系，而根本不存在什么神秘的“天”的意志。再则，关于日和地、日和众日之间的关系，他也根据当时天文学的知识指出，这是由于物质引力的作用，“以己力绕本轴，以摄力绕重心”。又说，“体大者必能摄小体”，“地球为日所摄”，“日球亦因摄而动”，“地球及诸恒星之统于天河，夫何待言矣”。据此他认为，追寻太阳的“所自出”，是“卒不可得”的，结论只能是“日无所自出也”，“何必上帝”？于是，他明确宣称：“若夫天与帝，则未尝有矣。”这是依据唯物主义的自然观有力地反对了有神论的说教。
章炳麟依据生物进化论又进一步驳斥了“上帝造万物”的目的论。他指出，基督教的上帝创世说同汉代《淮南子》中讲的“黄帝造人”说是一类的货色，这种理论早被无神论者王充的“天道自然”、“万物自生”的学说驳倒了。他阐发王充的观点说，地球上的生物都是靠太阳的照射和风雨的资助生出来的，生出来以后，都因自己的“智愚馗健”的不同，互相吞食；通过竞争，大蝙蝠变成了恐龙，大蜥蜴变成了鳄鱼。人类也是从动物发展来的，人开始不过是“一尺之鳞”，后来发展为猿猴，猿猴又逐渐变成了人。人类进化有早晚，在生存竞争中，有的进化为文明种族，有的成了野蛮人种。他还认为，万物生长的老根是太阳，阳光对待人类和草木的滋长并没有什么区别，太阳并非钟爱于人。因此他又得出结论说：“物生于日而其为祸福，则日勿与焉。”这样，又驳斥了认为老鼠生来就是为了给猫吃的目的论。章炳麟认为，生物间的互相胜负是由于智愚的差别造成的，而智力的大小又是被其形体的大小决定的。这是宣扬一种机械论的自然观。他反对目的论的斗争并没有超出机械论的水平。
1906年，章炳麟发表了《无神论》，从逻辑上驳斥了基督教的神学理论。基督教神学曾宣称：上帝耶和华，“无始无终，全知全能，绝对无二，无所不备”，所以是“众生之父”，是造物主。章炳麟指出，这些说法同上帝创世说在逻辑上都是自相矛盾的。他驳斥说：基督教承认上帝七天创造了世界，又宣称世界有末日，可见世界是有始有终的；既然有始有终，创造世界的上帝之心也一定生灭无常。因为上帝是“体”，世界是“用”，现象不离开本体，现象有生灭，本体的性质也必有生灭，所以上帝并非无始无终。关于“全智全能”，他驳斥说：如果说上帝全智全能，他就不应该创造出魔鬼来与自己对立；如果说，魔鬼不是上帝创造的，上帝就不是全智全能的了。
关于“绝对无二”，他驳斥说：上帝用“质料”创造了万有，如果说“质料”存在于上帝自身之中，万有则从上帝身中“自然流出”，便谈不上创造；如果说“质料”存于上帝之外，与上帝并立，上帝就不是绝对无二了。关于“无所不备”，他又驳斥说：如果上帝无所不备，万善具足，便不应创造人类，以增其善；如果说上帝创造人类是为了求善去恶，上帝就不是无所不备了。他还驳斥说：如果上帝是“众生之父”，他一定有人格，既有人格，就要有配偶才能生殖子女；既有配偶，他就不是独一无二的。如果上帝不需要配偶便能生殖，上帝便是最下等的单细胞动物。最后，他得出结论说：“若万物必有作者，则作者亦更有作者，推而极之至于无穷力。”这是说，万物如果是神创造的，神又待别的东西来创造它，如此推论下去，便没有穷尽。章炳麟认为，这就犯了逻辑学上“循环论证”的错误。所以结论只能是“无神”，没有造物主。
章炳麟的这些辩论，都在于证明“上帝”的观念是人们虚构出来的，正因为它是虚构的东西，所以其论点不能自圆其说，必然是自相矛盾。章炳麟的这些辩论，揭露了基督教神学在理论上的虚构，不仅显示了逻辑的力量，而且生动有趣，富有战斗性，为我国无神论史增添了新的一页。
章炳麟对西方基督教神学的批判，在一定程度上表现了革命民主派对帝国主义文化侵略的反抗精神。他指出，基督教崇拜一神，其害在“使人人思想自由一概堵塞不行”，中国人信基督教就要“退入野蛮”时代。他说：在中国有些人信仰基督教，“不是崇拜上帝，实是崇拜西帝”，基督教毒害了中国人的民族意识。
章炳麟在对一神教的批判中，还称赞了西方近代唯物主义者斯宾诺莎的泛神论，认为“不立一神而以神为寓于万物”，“离于世界，更无他神”——这些观点都是很深刻的，美中不足的是保存了“神”的称号。他认为，既然叫做“泛神”，“神”的名字便可以去掉了。在对有神论的批判中，章炳麟还斥责了康德的不可知论。康德认为，上帝有无问题，超出人的认识范围之外，所以既不能肯定为有，也不能断定为无。章炳麟批驳说：一个东西的存在，不外通过感觉（“见量”）、内心省察（“自证”）和推理（“比量”）来证明，可是关于上帝的存在，既不被感官所证实，也不为内心所觉察，而且推论起来逻辑上又自相矛盾。因此，只能是“虚撰其名”，如同没有实体的影子，不妨断其为无（同上）。章炳麟认为，既然人的各种认识能力都不能证明神的存在，神就是不存在的。这是从左的方面批判了康德为宗教迷信保留地盘的不可知论。以上这些观点，都具有唯物主义的性质，同样是章炳麟的无神论中的积极因素。
章炳麟在反对有神论的斗争中，还分析了宗教迷信产生的根源。他认为，宗教迷信起源于人的愚昧无知。他说：由于古人对奋异的自然现象不可理解，于是以为“必有鬼神以司之”，这样，祭天祀鬼、崇拜神灵等迷信便产生了。如古人所说的“河伯”、“海若”等神，其实都是大乌龟，因为不常见，其力胜人，所以被尊之为“神”。又如，人死以后，形体腐朽，智力消失，并没有不死的灵魂。可是由于古人对死亡无知，亲戚死后，总不忍心其死去，于是摆设供品；祭祀亡灵，以为馨香的气味足以感动其魂魄来尝，这样又产生了鬼神崇拜。章炳麟指出，这些迷信早被古代的无神论者董无心和王充识破了，他称赞董无心说：“其圣足以干百王之蛊。”他还分析了原始的怪力崇拜，把这种迷信称之为“荧惑”。他说：人生来就有欲求，对他所追求的东西总想得到满足，昼夜思念，达到狂热的程度，便产生一种幻觉，以为真有一个神圣的东西能驱使他的形体，于是向它顶礼膜拜。章炳麟把这些宗教迷信总称之为“幽灵崇拜”，认为它是同野蛮人的知识未开的状况联系在一起的，进入了文明时代，这些迷信自然就消失了。
从1906年开始，他就搬出佛教唯心论，一方面用来反对一神教；一方面又用来建立他的“无神教”。按照章炳麟的说法，佛教追求的是“绝对本体”，即“真如”、“涅槃”、“阿赖耶识”等，不是人格神的上帝，它不在天上，而在“众生”的心中，人们在精神上把一切差别对立的念头都破除了，就能把握住这个“绝对本体”，就可以从尘世中解脱出来，成为有高尚道德的人。这是用主观唯心主义的手法来宣扬有神论。