孙中山认为，世界的进化分为三个时期：“其一为物质进化之时期，其二为物种进化之时期，其三为人类进化之时期。”他所说的“物质进化”，是指宇宙的形成和发展。关于宇宙的形成，他说：“元始之时，太极看成是原始物质的一种形态，作为世界的始基。”认为由于“以太”的运动产生了电子，电子又凝集成各种化学元素，由化学元素构成了各种物质，各种物质凝聚起来便形成了地球。从原始物质“以太”到产生各种化学元素，最后形成各种天体，孙中山认为这是一个进化的过程。这是宣传一种唯物主义的宇宙形成论，是同上帝创世说的神权论相对立的。
孙中山所说的“物种进化时期”，是指生物进化的阶段。关于生物的进化，他说：“由生元之始生而至于人，则为第二期之进化。物种由微而显，由简而繁，本物竞天择之原则，经几许优胜劣败、生存淘汰、新陈代谢，千百万年乃成人类。”
政体的进化也是这样。当世界上已经有了先进的民主制度，一个落后的民族和国家，无须再经过“由野蛮而，由而君主立宪，由君主立宪而始共和”那样的次序，同样可以实行最新的民主制度。例如，菲律宾人原来是一个未开化的民族，后来受了西方先进制度的影响，抗拒了西班牙和美国的侵略，便直接建立起独立和共和的国家。据此，他驳斥康有为和梁启超的“断难躐等”说，“吾侪不可谓中国不能共和，如谓不能，是反夫进化之公理也，是不知文明之真价也”。他还指出，世界各国的立宪政治，都“必以流血得之”，“同一流血，何不为直截了当之共和，而为此不完不备之立宪（指君主立宪）乎”？
在这里，他肯定了两点：生命开始于“生元”，“物竞天择”是生物进化的规律。什么是“生元”？他说：“据最近科学家所考得者，则造成人类及动植物者，乃生物之元子为之也。生物之元子，学者多译之为细胞，而作者今特创名之曰生元，盖取生物元始之意也。”他所说的“生元”，就是指作为原始生物的单细胞。“生元”是怎样来的呢？他认为是从无机界发展来的。他说：“前者之化学，有有机体与无机体之分，今则已无界限之可别，因化学之技术，已能使无机体变为有机体矣。”所以他把“生元”的出现看成是自然界进化的第二个阶段。这又是宣传一种唯物主义的生命发展观。
孙中山的“生元有知”论，是从法国生理学家Carrel“细胞有知”说的生机论那里搬来的。这种生机论是19世纪以来生物学唯心主义的一个流派。他们把作为生命开端的原始细胞看成是具有知觉和思维能力的有机体，这是一种形而上学思想，它否认了生命现象从低级到高级发展的过程。辩证唯物主义认为，思维作用只是高级物质人脑这一有机体的功能，原始生物不可能有人的思维能力。孙中山不懂得生命发展的辩证过程，终于承认了“细胞有知”说，在生物进化论上倒向了生机论和目的论。
关于“生元”的性质，孙中山解释说：“按今日科学所能窥者，则生元之为物也，乃有知觉灵明者也，乃有动作思为者也，乃有主意计划者也。”这就是说，原始细胞具有知觉和思维的能力。他认为正是因为原始细胞有这种机能，人才有聪明知觉，人体内消化器官才有新陈代谢的作用，动植物才有各种各样的形态。因此，他又说：“孟子所谓良知良能者非它，即生元之知、生元之能而已。”他把这种理论称为“生元有知”论。
孙中山在《孙文学说》中提出的自然发展观，其基本倾向是唯物主义的，具有无神论的性质，由于他不能摆脱形而上学的局限性，不能科学地回答从无机界到有机界的过渡问题，在解释生命现象时又使他陷入了唯心主义。国民党反动派把孙中山的进化论中的这个弱点竭力夸大，提出了什么“唯生论”的宇宙观，胡说什么作为物质元素的电子和原子都有精神的性能，整个宇宙都是原子的意志和精神创造的，变相地宣扬上帝创世说。
关于人类进化，孙中山说：“人类初生之时，亦与禽兽无异。再经几许万年之进化，而始长成人性，而人类之进化，于是乎起源。”
人类的进化是逐渐摆脱“兽性”而形成“人性”的过程。他认为人类和动物不同，人类进化有自己特殊的法则，人类进化的法则是“互助”，而不是“竞争”。他说：“物种以竞争为原则，人类则以互助为原则。社会国家者，互助之体也。道德仁义者，互助之用也。人类顺此原则则昌，不顺此原则则亡。”孙中山关于人类社会进化的论述，具有合理的因素。自从严复在中国宣传达尔文进化论以来，人们都把生存竞争看成是社会进化的法则。但这种理论，从本质上说，是西方垄断资产阶级和帝国主义压迫人民和侵略落后国家的哲学。
依据这种进化论，他认为，人类社会进化的目的，就是依据互助的原则，解除现在世界的各种痛苦，实现“天下为公”的大同世界。他认为他提倡的三民主义，特别是民生主义，就是为实现世界大同而斗争。依据这种进化论，他批判了社会达尔文主义。他说：“欲以物种之原则，而施之于人类之进化，而不知此为人类已过之阶级，而人类今日之进化，已超出物种原则之上矣。”这是说，不能把“物竞天择”的原则搬到人类社会中来。他指出，把生存竞争的学说搬到人类社会中来，在国与国、人与人之间讲“优胜劣败，弱肉强食”，就是提倡“有强权无公理”；鼓吹霸权主义，这是和“自由、平等、博爱”的精神相违背的，“是一种野蛮之学问”。他认为，中国是一个共和的国家，“共和之国，首重乎权”，不能讲“弱肉强食”的霸道哲学。孙中山作为一个革命的民主主义者，在中国第一次揭露了社会达尔文主义的反动性。但是，孙中山批判社会达尔文主义的理论武器是互助论，不是阶级论。这种理论的哲学基础是资产阶级人性论，是历史唯心主义。孙中山说：“天演淘汰，为野蛮物质之进化；公理良知，实道德文明之进化也。”
他认为，“互助”出于“公理良知”，“博爱”来于“人性”，从而把资产阶级的博爱主义和人道主义看成是人类文明进化的标志，并且宣称“社会主义之真髓”就是“人道主义”。这样，他又成了人道主义的鼓吹者。辛亥革命后，孙中山大力鼓吹起人道主义，同样是资产阶级的妥协性和软弱性的表现。由于他提倡资产阶级人性论，竟然把革命政权让给了北洋军阀。他企图用“爱”的说教来感化帝国主义和封建势力，叫他们放下屠刀，拥护资产阶级共和国。这完全是唯心主义幻想。
四、注重“行”的知行观
孙中山关于知行难易问题的辩论，具有合理的因素。其目的在于提倡“不知亦能行，能知必能行”，反对“不知则不欲行，知之又不敢行”，强调“行”的重要，同时勉励人们努力探求科学知识和革命道理，劝诫革命党人在实践面前不要有惧怕困难的退缩思想，打击了资产阶级右派的投降主义路线，这在当时有一定的积极意义。
但辛亥革命后在中国没有也不可能建立起资产阶级共和国。这是因为帝国主义不允许半殖民地的旧中国建立资产阶级专政的国家。
可是1911年的革命爆发后，有一部分人却认为革命已经成功了，今后的任务是发展实业，大搞建设甚至认为革命的政党和革命军队都可以解散了。他们喊出了“革命军起，革命党消”、“共和国立，革命军消”等口号。在这种情况下，孙中山领导的革命民主派迅速发生分裂。其中右派势力采取与反革命相妥协的方针，不赞成孙中山的革命建国的计划，认为“理想太高”，不能实现，甚至要求取消革命党。他们走上了投降袁世凯的道路。同时许多革命党人脱离了革命，有的在反袁斗争中不愿同袁世凯彻底决裂，孙中山领导的反袁斗争，又遭到失败。孙中山在总结失败的教训时，研究了“知”和“行”的问题，提出了“行易知难”说，作为清算党内右派思想和号召革命派重建资产阶级共和国的理论武器。他的知行学说是为他的政治斗争服务的。
但是“知难行易”说同“知易行难”说一样，在理论上是错误的。孙中山为了论证他的“知难行易”说，又研究了知行先后的问题。
他认为，人类知识进化的过程，可以分为三个时期：“第一由草昧进文明，为不知而行之时期；第二由文明再进文明，为行而后知之时期；第三自科学发明后，为知而后行之时期。”前两个时期，又为一大阶段，统称为“先行后知”的阶段。他说“先行后知，进化之初级也；先知后行，进化之盛轨也”。这两大阶段，他又称为“以行而求知，因知以进行”。关于第一阶段，他解释说：“古人之得其知也，初或费千百年之时间以行之，而后乃能知之；或费千万人之苦心孤诣，经历试验而后知之。”
这是说，行在先，知在后，知是从行中来的。关于“行而后知”，他又解释说：“夫习练也，试验也，探索也，冒险也，之四事者，乃文明之动机也。生徒之习练也，即行其所不知以达其欲能也，科学家之试验也，即行其所不知以致其所知也；探索家之探索也，即行其所不知以求其发见也；伟人杰士之冒险也，即行其所不知以建其功业也。”
孙中山把知行问题看成是革命党人的“心理建设”的基础。他认为，革命建设之所以失败，是因为革命党人在思想上受了中国几千年来的“知之非艰，行之惟艰”学说的毒害，既不求知，又不励行，视“建国方略”为“理想空谈”，放弃建设之责任，于是造成了军阀的“假共和”局面。他说：“此说（指“知易行难”说）者予平生之最大敌也！其威力当万倍于满清。”他认为，在中国要实现“真共和”，必须推翻“知易行难”说，提倡“行易知难”说。“知易行难”的说法，始见于《书经·说命》，后来一直为封建地主阶级学者奉为真理。地主阶级学者所以鼓吹“知易行难”，其目的在于勉励人们按着封建教条而行动。孙中山坚决反对这种说法。这是资产阶级反对封建主义意识的一种表现。
孙中山认为，知和行比较，知是难的，行是容易的。他说：“天下事唯患不能知耳，倘能由科学之理则，以求得其知，则行之决无所难。”他举出饮食、用钱、作文、建屋、造船、筑城、开河、电学、化学、进化十项事例，用来证明“知难行易”的道理。例如，饮食一事，是人们日常生活中最容易行的，可是要知道饮食的道理，要掌握生理学、医学、卫生学、化学、物理学等许多专门知识，这就非常不容易了。又如，建筑房屋，没有造房子的知识的人，盖房子就很困难，懂得了造房子的道理，盖起房子就容易了。
他认为，人们在实际生活中做了许多事情，做起来并不难，但很难透彻了解其道理，如果对事物的道理知道透彻，做起来就更容易。这就叫做“知难行易”。据此，他不仅批判了封建时代的“知易行难”说，而且批判了王守仁的“知行合一”说。他指出，王守仁把知当成行，宣称“知而不行，是为不知”，仍是以知为易，以行为难，同样是错误的。中国的改良派康有为和梁启超因崇信王守仁的“知行合一”说，结果使维新变法遭到失败。他说：“中国之变法，则非先知而不肯行，及其既知也，而犹畏难而不敢行，盖误于以行之较知之为尤难故也。”由此，他得出结论说：革命建国之事，“非不能也，不行也；亦非不行，不知也；倘能知之，则建设事业，亦不过如反掌折枝耳”。总之，他认为只要革命党人树立起“行易知难”的新思想，就可以成功地建立起民主共和国。