慧能所创造的禅宗是中国佛教史上的一大改革，印度佛教没有禅宗。禅，梵语为禅那，意思是坐禅或静思，是印度各宗教共同的修行方法。佛教也把禅定作为修行的方法。这种方法是打坐静思，使心中任何念头都不发作，最后进入一种如同死人一样的境界。
佛教认为，得到了这种精神境界，死后灵魂便超脱生死轮回，进入涅槃世界。这是一种神秘主义的修行方法。佛教大小乘都拜禅定。南北朝时，有一个天竺僧侣达摩，来中国传教，大讲禅学，提倡修壁观，使心安静定像墙壁一样坚定。据说，他把这套禅学传给了中国僧侣慧可，以后传到第五代弘忍。认为人生来就有“清净心”（佛性），如太阳一样，只是被乌云遮蔽，显露不出来，通过禅定等修炼的功夫，断去和烦恼，“本心”便显现出来了。他们都注重“渐修”，即不断地修炼，甚至累世的修行。神秀所倡导的北派禅宗，推行的就是这种禅学。慧能所创建的禅宗，与此不同。它不追求烦琐的宗教仪式，不讲累世修行和布施财物，不主张念经拜佛，不研究经典，甚至不讲坐禅，主张专靠精神的领悟把握佛教义理，总之，提倡“顿悟”。
在慧能一派看来，念经、拜佛、坐禅都妨碍领悟佛理。唐朝有个马祖禅师，最初看重坐禅，每日打坐，谁都不理睬。有一次，他的老师，在他面前磨砖好久。他问道：磨砖做什么？老师说，磨成镜子。马祖说，砖焉能磨成镜？老师说，坐禅焉能成佛？他们甚至把佛像劈了当柴烧，表示悟到“一切皆空”的“真理”。显然，这样的宗派，是中国所特有的，是对佛教传统教义的一次大的改革。它的锋芒在于打击烦琐的经院神学。为了提倡“顿悟成佛”，慧能提出了“本性是佛”说，作为他的教义的理论基础。所谓“顿悟”，是说凭自己的智慧“单刀直入”，马上悟出佛理来。慧能解释说：“一闻言下便悟，顿见真如本性（指佛性）。”
他认为人人都有成佛的本性。他说：“当知愚人智人，佛性本无差别，只缘迷悟不同，所以有愚有智。”主张人人都有佛性，人人都能成佛，这不是慧能第一个提出来的。在他以前的佛教宗派，也有这种说法，如南北朝时期的竺道生就有所谓“一阐提人（指作恶多端的人）皆得成佛”的说法。慧能的佛性说的特点，在于把佛性看成是人的唯一本质，宣扬抽象的人性论。他说：“本性是佛，离性无别佛。”这是说，人性即是佛性，“佛”不是别的，就是自己的本性。所以他又说：“佛向性中作，莫向身外求。”把佛性说成是唯一的人性，这就为人人都能成佛提供了理论根据。慧能曾对弘忍说，人有南北，佛性并无南北，我的身份和你不同，佛性并无差别。
在慧能看来，所谓佛在心中，不是说佛性作为一种实体住在心中，像唯识宗所讲的“阿赖耶识”或华严宗所说的“如来藏”那样，被“无明”、“贪爱”所蒙蔽，通过修炼，使它发扬光大。而是说，“自性真空”，“无有一法可得”。
所谓“自性真空”，是说心处于一种“空虚”的境地，这种“空”，不是空心静坐，念念思空，而是心中不存在任何观念，连“空”的观念，甚至成佛的念头都不追求。他认为这种精神状态，即是“佛”的境地，也是人的本性。他把大乘教讲的“一切皆空”，归之为心中一切空，把空观引向内心的世界，使佛教的教义具有了鲜明的主观唯心主义的特色。靠什么能力才能得到这种“空心”的境界？
他们认为，既不靠经验，也不靠思维，而是靠人生来就有的一种认识自己本性的良能，这种能力，又称为“灵知”，所谓：“灵知不昧，即此空寂之知，是识真性。”由此，慧能得出结论说：“一刹那间，妄念俱灭，若识自性，一悟即至佛地。”就是说，只要靠自己的“灵知”，一刹那间领悟到心本来就是空的，当下便达到“佛”的境地。这就叫做“顿悟成佛”或“见性成佛”。为了宣扬“顿悟成佛”，慧能又提出了“无念为宗”说。他说，他的教义是“先立无念为宗，无相为体，无住为本”。在慧能看来，“顿悟成佛”，在修养方法上就是心不受外物的迷惑，这就是“无念”。他说：“于诸境上心不染，曰无念。”
据《坛经》记载，慧能和神秀争夺法嗣时，弘忍叫寺中群僧各作一偈（悟道的诗句），看谁对佛法领悟深刻便将衣钵传给谁。上座大弟子神秀作的偈是：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹（沾染）尘埃。”慧能认为，神秀作的偈未见“本性”，自作一偈说：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃？”弘忍看到慧能的偈后，感到比神秀的道行高，于是改变打算，把衣钵传给了慧能。慧能和神秀的区别是，神秀追求“清净本性”，没有把佛性本身也看成是空的，空得不彻底，在方法上讲“渐修”。慧能把佛性都看成是空的，对神秀讲的空又来一次否定，空得最彻底，在方法上讲“顿悟”。从佛教空观的立场看，慧能的境界比神秀高一层。
慧能认为，能做到这些，虽处于尘世之中却无染无杂，来去自由，毫无滞碍，精神上得到了解脱，这就是“极乐世界”，即是天堂。与此相反，心受外境的影响，追求形色声味，念念不忘相，必然无限烦恼，这就是地狱。由此他得出结论说：“前念迷即凡夫，后念悟即佛；前念著境即烦恼，后念离境即菩提。”这是说，此岸和彼岸，凡夫和佛的区别在于一念之间，一念不著境，不著相，当下即成了佛菩萨。他回答追求“西方净土”的人说：“东方人造罪，念佛求西方；西方人造罪，念佛。”
他认为，要认识到“自性真空”，就要做到“无念”，“无念”不是“百物不思”，万念除尽，对任何事物都不想，而是说在与外物接触时，心不受外境的任何影响，“不于境上生心”。这种方法，又叫做“无住”（不执著），就是说，心不执著在外境上，对任何事物都不思念和留恋它的形色声味。例如，眼看到美色时，心不住在美色上，不是闭眼不看它，这就叫“无住”。这种方法，又称“无相”，是说“外离一切相”，心中不存有任何关于事物的表象，不是说，不同事物接触。他认为，“净土”（指佛国）即在自身之中，在一念之间，不在天上什么地方。
为了论证“顿悟成佛”和“无念为宗”的教义，慧能最后终于抛出来主观唯心主义的世界观。他宣称，个人的心，不仅是成佛的基础，也是客观世界的基础。他说：“自心是佛，更莫狐疑。外无一物而能建立，皆是本心生万种法。”这就是所谓“心生种种法生，心灭种种法灭”，万事万物都随人心而生灭。
慧能一派禅宗宣扬的主观唯心主义哲学，对后来宋明道学中的心学一派起了很大的影响。
慧能的“无念”说，涉及主观的心和客观的境的关系问题。所谓“不著境”和“不著相”，无非是说主观不受客观的决定，主观不反映客观，在同客观事物的接触中，主观永远保持独立自主的境地。这种境地，只是一种虚构，在人的认识活动中并不存在。人的认识总是著境和著相的，总是对他所接触的事物和所思考的问题，有所肯定或否定，这就是存在决定意识。不著相，那是唯心主义的胡说。据说，慧能为其弟子神会讲“无念为宗”的教义时，他打了神会三下，问神会痛不痛？神会说：又痛又不痛。这就叫“无住”，不执著。实际上，他是感到痛了，但口里不能说“痛”，因为一肯定，便著了“痛”的相。但也不能说“不痛”，因为一否定，又著了“不痛”的相，都不是“自性真空”。这种既痛又不痛的逻辑，完全是形而上学的诡辩。慧能把这种诡辩称之为“出没即离两边”，即对事物的对立面都不作肯定或否定的回答。他们自认为有了这种境界，便“自由自在”了，其实这是使意识处于高度的麻痹状态，这就是所谓“佛地”。
据说，慧能得到衣钵后，南行传法，到广州法性寺时，见二僧争论风吹旖（寺院挂的一种旗子）动问题。一僧说是风动，一僧说是旖动，争论不休。慧能向前说：“不是风动，不是旖动，仁者（指僧徒）心动。”他的逻辑是只要人心不动，就可以保证客观世界不动；只要思想静化了，一切事物也就静化了。总之，心空，一切皆空。所以，他不像唯识有宗那样公开宣称整个世界都在我的意识之中；也不像般若空宗那样公开宣称整个世界都是空的。而是说，世界依赖于人心而存在，所以它是空的。
慧能提出的“后念悟即佛”，这是主观唯心主义的修养方法。按照慧能的这种说法，一个人无论做了多大的坏事，只要念头一变便成了好人。这就是所谓“放下屠刀，立地成佛”。所谓念头一变，无非是说用“空”的念头去克服“有”的念头，在灵魂深处来个突破。这样，凡夫便成了菩萨，坏蛋便成了好人。按照这种说法，一个人的阶级本性，靠他的念头一转就改变了。慧能提出的这种顿悟说，排除了社会实践对人们的认识和思想起的决定的作用，同样有鲜明的唯心主义的先验论的性质。