方以智，字密之，生于1611年（明万历三十九年），死于1671年（清康熙十年），安徽桐城人。他酷爱自然科学知识，自幼塾中诵读之余，即好穷物理，曾谓“不肖以智，有穷理极物之僻”。明清之季，西学东渐，方以智一面秉承家教，以《易》学传世；一面又广泛接触传教士，学习西学。经过孜孜不倦的努力，他终于在哲学和科学两方面都取得了很大成就，达到了相当的高度。
方以智学识渊博，《清史稿》本传中说：“以智生有异秉，年十五群经子史略能背诵。博涉多通，自天文、舆地、礼乐、律数、声音、文字、书画、医药、技勇之属，皆能考其源流，析其旨趣。”这一评价并不过分，他在许多领域都有自己的独到见解。他在崇祯时，曾任翰林院编修。李自成率领农民军攻入北京，方以智逃至南方，又受到巨奸阮大铖等的迫害，辗转到达广东。明桂王建立永历政权，任方以智为经筵讲官，又被太监王坤诬劾免职。永历三年，超拜礼部尚书、东阁大学士，固辞不就。永历四年（1650年），清兵攻破桂林、广州，方以智削发为僧，表示决不降服清朝。出家后，改名弘智，别号愚者大师。
他早年著作有《通雅》、《物理小识》，晚年著作有《药地炮庄》、《东西均》、《易馀》、《性故》、《一贯问答》等。此外有《浮山前后集》、《博依集》等。（《易馀》、《性故》、《一贯问答》等现仅有抄本。）
一、哲学与科学的关系
方以智论学术，区别了“通几”和“质测”。所谓“通几”指哲学，所谓“质测”指自然科学。他解释“通几”说：“通观天地，天地一物也。推而至于不可知，转以可知者摄之，以费知隐，重玄一实，是物物神神之深几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰通几。”
这所谓“几”指细微的变化，亦即事物运动变化的内在源泉。“以费知隐，重玄一实”是说由现象认识本质，最深刻的本质也属于客观实际。“物物神神之深几”即事物运动变化的最深刻的原因。“通几”即是研究事物变化的深微根源的学问。
方以智论“通几”和“质测”的关系道：“质测即藏通几者也。有竞扫质测而冒举通几，以显其宥密之神者，其流遗物。”这是说，“质测”，即包含着“通几”，那脱离质测的通几，一定会陷于空虚。所以他又说：“学者勿欺而已，通神明之德，类万物之情……或质测，或通几，不相坏也。”这就是说，哲学与科学是相辅相成的，决非相互妨碍。方以智关于哲学与自然科学的关系的理解，可以说是非常深刻的。
方以智解释“质测”说“物有共故，实考究之，大而元会，小而草木蠢蠕，类共性情，徵共好恶，推共常变，是曰质测”，“质”指实物（不是性质之质），“测”是考察。“质测”即对于实际事物进行精细的考察以发现事物运动变化的固有规律。
明代后期，西方天主教的传教士开始到中国传教，带来了西方古代的以及哥白尼以前的自然科学。他们介绍西方科学的目的在于宣传耶稣教的宗教教义。方以智研究了当时传教士所输入的自然科学，但坚决反对传教士所宣扬的宗教思想。他说：“万历年间，远西学入，详于质测，而拙于言通几。然智士推之，彼之质测，犹未备也。”又说：“太西质测颇精，通几未举。”
从西方传入的自然科学有一定的长处，但连带传来的宗教思想是拙劣的，没有价值的。方以智对于西方的文化知识采取分析的态度。当时有一些人接受了西方传入的自然科学，同时也接受了耶稣教；另一些人反对耶稣教，也拒绝西方的自然科学。与这两类人相比，方以智的态度是正确的。方以智批评耶稣教所谓上帝说：“所谓大造之主，则於穆不已之天乎，彼详于质测，而不善言通几，往往意以语阂。”
在“通几”与“质测”之外，还有所谓“宰理”，即关于社会政治的学问。方以智说：“考测天地之家，律历声音医药之说，皆质之通者也，皆物理也。专言治教，则宰理也。专言通几，则所以为物之至理也。”又说“儒者守宰理而已。圣人通神明，类万物，藏之于《易》……学者几能研极之乎”，“质测”是研究“物理”的，“宰理”是研究“治教”的，“通几”则研究“所以为物之至理”即根本原理的。
方以智很强调总结前人经验智慧的必要性。他说：“古今以智相积，而我生其后，考古所以决今，然不可泥古也。……生今之世，承诸圣之表章，经群英之辩难，我得以坐集千古之智，折中其间，岂不幸乎。”人类认识发展的过程是一个长期的积累的过程，后人应该总结前人所已经取得的智慧。方以智“大成贵集”的墨想是有深刻意义的。
他认为，所谓造物主，只能是“於穆不已之天”，即自然界的变化过程的总体。这是明确地从唯物主义观点反对宗教的造物主观念。方以智用中国固有的唯物主义思想反对当时西方传教士所传布的宗教神学，这确实有重要的历史意义。
二、唯物主义的自然观
方以智的早年著作《物理小识》是一部科学知识资料类编，选录了从古以来至明代后期关于自然科学的研究成果和传说，书中也包含关于哲学问题的议论。
他认为，火是一切运动的根源。方以智虽然重视火的作用，但他认为火也是属于气的，所以他的哲学还是气一元论，不能说是火的一元论。
方以智气一元论的特色是他提出“气形光声为四几”的崭新学说。他说：“气凝为形；发为光声，犹有未凝形之空气与之摩荡嘘吸，故形之用止于其分，而光声之用常溢于其余。气无空隙，互相转应也。”又说：“气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也，而未凝未发之气尚多，故概举气形光声为四几焉。”“四几”是指四种变化状态。形是气所凝聚而成的，光声是气所发出的，都是气的表现状态。总而言之，都是气；分而言之，是四种状态。光声都是物理现象，都是自然科学研究的对象。方以智把气形光声称为“四几”，即认为这是四种最基本的物理现象。
《物理小识》中所宣扬的哲学观点基本上是唯物主义的气一元论。《物理小识》说：“世惟执形以为见，而气则微矣。然冬呵出口，其气如烟；人立日中，头上蒸亩，影腾在地。考钟伐鼓，窗棂之纸皆动，则气之为质，固可见也，充一切虚，贯一切实，更何疑焉？”气较形为细微，但也是人的感官所能感触到的，确然无疑是客观实在。虚空中充满了气，具体的物都是气所构成。
他又说：“一切物皆气所为也，空皆气所实也。”“虚固是气，实形亦气所凝成者。”无论虚实，都是气。又说：“气行于天曰五运，产于地曰五材，七曜列星，其精在天，其散在地，故为山为川，为鳞羽毛介草木之物。”星辰山河以及动植物都是气所变成的。
方以智讨论了关于五行的问题，认为基本只有水火二行。他说：“问中国言五行，太西言四行，将何决耶？愚者曰：岂惟异域，邵子尝言水火土石而略金木矣。……《易》曰：一阴一阳之谓道，非用二乎？谓是水火二行可也，谓是虚气实形二者可也。……直是一气而两行交济耳。”五行统于二行，二行只是一气。在水火二行中，火又是最主要的。他说“凡运动，皆火之为也”，“天恒动，人生亦恒动，皆火之为也”。“天道以阳气为主，人身亦以阳气为主。阳统阴阳，火运水火也。”
方以智强调理在气中，他说：“圣人合虚实神形而表其气中之理。……彼离气执理，与扫物尊心，皆病也。理以心知，知与理来，因物则而后交格以显。岂能离气之质耶？”
他肯定了虚实神形都是气的变化，肯定了理在气中，而对程朱客观唯心主义的“离气执理”和陆王主观唯心主义的“扫物尊心”，都进行了批判。他又说：“本末源流，知则善于统御，舍物则理亦无所得矣，又何格哉？”这也是说，理是物之理，离开物是找不到什么理的。
方以智也讲“理”和“神”。所谓理指事物运动变化的规律，所谓神指事物变化的内在动力。他说：“一切物皆气所为也，空皆气所实也。物有则，空亦有则，以费知隐，丝毫不爽，其则也，理之可征者也。而神在其中矣。”又说：“神不可测，而当前物则，天度同符……此则有所以为物、所以为心，所以为天者，岂徒委之气质而已乎？”
理即是物则，也就是物、心、天的所以然，即一切事物的根本规律。理是丝毫不爽的，神是不测的，而不测之神即在不爽的理之中。这所讲的神与理的关系，含混不明，总之是认为神与理是相互密切联系的。
方以智反对“舍物以言理”，也反对离器而言道。他说：“为物不二之至理，隐不可见，质皆气也；征其端几，不离象数。彼扫器之道，离费穷隐者，偏权也。”理在物中，道在器中，隐在费中。假如把道说成为超离器物以外的，那就偏谬了。他肯定了道器的统一关系：“性命之理必以象数为征。未形则无可言，一形则上道下器，分而合者也。”道器虽有区别，然而是不相离的。在理气、道器关系的问题上，方以智在《物理小识》中坚持了唯物主义的观点。
方以智在《物理小识》中也谈到心与物的关系。他认为，心也是一物，而能认识天地万物。他说：“盈天地间皆物也。……器固物也，心一物也。”又说：“天地一物也，心一物也，惟心能通天地万物，知其原，即尽其性矣。”
一方面，心也属于物；另一方面，万物都是心的认识对象，心与物可以说有统一的关系。但方以智却由此得出了心物不二的错误结论。他说：“即性命生死鬼神，只一大物理也。舍心无物，舍物无心，其冒耳。”又说：“日月星辰，天悬象数如此；官肢经络，天之表人身也如此。……无非物也，无非心也，犹二之乎？”
没有客观的物质世界，也就没有人的认识，“舍物无心”是正确的。客观事物是心的认识对象，但对象并不依靠认识而存在。“舍心无物”是不正确的。方以智讲“舍心无物”，这就陷入于唯心主义了。方以智的《物理小识》中的唯物主义思想是不彻底的。
方以智讲神，有时把变化动力的神与人的精神作用的神混为一谈。他说：“天以气为质，以神为神。地以质为质，以气为神。人兼万物而为万物之灵者神也。”
天地之神指变化的内在动力，人的神指精神作用，方以智把两者混淆起来了。此外，关于鬼神是否存在的问题，方以智采用了依违两可的态度，他说：“孔子言知幽明之故，鬼神之情状，而岐伯曰道无鬼神，独往独来，盖谓无入不自得，谓之不落祸福，鬼神无如我何，非曰无鬼神也。”
又说：“有以信致专者，即有以疑致畏者，即有以不信致勇者。……故曰有体物之鬼神，即有成能之鬼神，即有作怪之鬼神。权在自己，正己毕矣，彼如我何，圣人知之，故能转物。”可见，他不否认鬼神的存在，又企图对于鬼神的传闻作出一定的解释，而结论是不要怕鬼神。
在《物理小识》中，方以智还谈到空间与时间的问题，提出了“宙轮于宇”的光辉命题。他说：“以推移之中消贪心，以规矩之宇辨物则，而一万俱毕矣。去者已去，来者未来，今又逝也，贪执何为……灼然宙轮于宇，则宇中有宙，宙中有宇，春夏秋冬之旋轮，即列于五方之旁罗盘，而析几类应，孰能逃哉？”
宙即古往今来的时间，宇即上下四方及中央的空间。宙轮于宇，即时间在空间中旋转流逝。未来转为现今，现今转为过去。空间中的万物都随时间的轮转而流逝。宙即在宇中，宇即在宙中，空间与时间不是彼此独立的。方以智“宙轮于宇”的命题含有精辟的观点，但只是思想的火花，没有详细的发挥。