依据这种自然观，他批判了佛教的虚无主义本体论。他说：“释氏之末流，灭裂天地，等诸声光之幻，以求所谓空寂。此不惟自绝于天地，乃并不知有声光。”这是反对佛教唯心主义以声光为“虚幻”从而把物质世界说成是虚幻的谬论。他指出：“天地非幻，即声光亦至实，声光虽无体，而以所凭之气为体。”这是说，宇宙中没有真空的领域。他用气一元论，论证了物质存在的普遍性，驳斥了虚无主义。最后，他得出结论说：“古圣人正五色以养明，定六律以养聪，岂能凭虚无而创造哉？亦实有是物而不容废也。”
这是肯定物质世界是真实的，又驳斥了佛教的出世主义。他指出，佛老崇拜“虚无”，和“实学”相对立，是变法维新的一大障碍。因此他又提出了“毁天下寺观庙宇”的主张，要求把寺庙变为“议院学堂诸公所之用”，把寺庙的财产作为筹备变法的费用。
依据这种自然观，谭嗣同还批判了程朱理学的唯心主义，指出，宇宙中充满“气”，不能离“气”而讲“理”。他说“岂有理之所至，而气之所不至乎”，他认为，宋明道学的错误在于把“理”和“道”看成是“虚悬无薄”的东西，同样是变法维新的一大障碍。对于程朱理学的“道”体、“器”用的唯心主义，他也曾明确表示反对。他认为：“故道，用也；器，体也。体立而用行，器存而道不亡。”
因此，他谴责道学说：“自学者不审，误以道为体，道始迷寓徜恍，若一幻物，虚悬于空漠无朕之际，而果何物也耶？于人何补，于世何济。”他认为，在民族危亡的关头，“不一讲求维持挽救工农商贾之道，而安坐饱食，以高谈空虚无证之文与道”，只有亡国灭种。据此，他还驳斥了道学家所虚构的“先天图”、“太极图”、“五行八卦”以及谶纬、卜相、占验等各种神怪迷信，认为这些东西无非是提倡“虚妄”，愚弄人民。他得出结论说：“必如西人将种种虚妄一扫而空，方能臻于精实。”以上这些都是谭嗣同思想中表现出来的唯物主义因素，而且由于他依据近代自然科学给予补充、论证，从而又带有某些机械唯物论的因素。但是，谭嗣同并没有由此而走向唯物主义，相反却提出了一整套唯心主义的哲学体系。
把物质性的“以太”，与精神道德观念的“仁”混淆等同起来，这是谭嗣同在理论上走向唯心主义的一个转折点。正是由此，谭嗣同在“仁为天地万物之源，故唯心，故唯识”的命题下，明确地宣布：“以太者，亦唯识之相分，谓无以太可也。”所谓“唯识之相分”，是佛教否定客观物质世界真实存在的一种唯心主义谬论，他认为，客观物质世界只是主观意识所变现出来的一种虚假的现象。
不仅如此，他还认为：“且眼耳所见闻，又非真能见闻也。”为什么呢，他论证说：“眼有帘焉，形入而绘其影，由帘达脑而觉为见，影既缘绘而有是，必点点线线而缀之，枝枝节节而累之……迨成为影，彼其形之逝也，亦已久矣；影而待脑而知，则影一已逝之影，并真影不得而见也。……眼耳之果足恃耶否耶？鼻依香之逝，舌依味之逝，身依触之逝，其不足恃，均也。”这是说，感觉不仅不能得到客观事物的真形，甚至连得到的影像也不是真实的。所以，他的结论是：“恃五以接五，犹不足以尽五，况无量无边之不止五。”
总之，谭嗣同认为凭借感官去认识世界是根本不可能的，也就是说客观物质世界是不可知的。相反，如果用佛教“转识成智”的神秘的“知”，又是无所不识的。
在他的“仁学”体系中，谭嗣同把物质性的“以太”与道德观念“仁”等同起来。他受到康有为“仁爱”哲学思想的影响，认为“仁为天地万物之源”。他和康有为一样，借用中国古代“仁”的观念来宣扬资产阶级的自由、平等、博爱思想，这是当时政治斗争上的需要。为此，他们又都企图从理论上来阐明为什么“仁”体现了平等、博爱的道理。就谭嗣同来说，他的理论说明是：“仁以通为第一义。”所谓“通”，包括“中外通”、“上下通”，“男女内外通”、“人我通”。照谭嗣同的说法“通之象为平等”，所以上述四方面的“通”，也就体现了中国与外国的平等、上下的平等，男女的平等和人与人之间的平等。从这方面来讲，谭嗣同认为：“以太”是“所以通之具”，也就是说，“仁”是世界的本体，而“以太”只是体现“仁”的“通”的性质的工具。因此，他有时也说：“天地间亦仁而已矣。”
在认识论上，谭嗣同也完全搬用了佛教法相宗的唯心主义理论。首先，他否认人的思维活动是物质运动的产物。他说：“夫人固号为有知矣，独是所谓知者，果何等物也？谓知出乎心，心司红血紫血之出纳，乌睹所谓知耶？则必出于大脑，割脑而察之，其色灰败，其质脂，其形洼隆不平，如核脑仁，于所谓知，又无有也。”那么，人之“知”究竟为何物所生呢？他回答说：“其动者，意识也，大脑之用也；为大脑之体者，藏识也。其使有法之动者，执识也，小脑之体也；为小脑之用者，前五识也。”又说：“吾大脑之所在，藏识之所在也。”由此可见，谭嗣同并不把形如“核桃仁”的物质的大脑看做产生“知”的本体，而是把佛教法相宗所虚构的精神性的“藏识”、“执识”看做产生人的意识的本体。
如上所述，“藏识”既是人的意识的“本体”，又是天地万物的“根源”，那么人对天地万物的认识，归根结底无非是“藏识”自己对自己的认识而已。所以他又公然声称：“吾贵知，不贵行。”为什么呢？他说：“事知亦知，不知亦知。是行有限，而知无限；行有穷，而知无穷也已，且行之不能及知，又无可如何之势也。”
应当指出，谭嗣同这里所“贵”的“知”，指的是佛教所谓“转识成智”的“知”，这种“知”既然是由“藏识”转变而来，当然是“无穷”、“无限”的。至于常人的“知”，那他认为是不可能认识世界的。他曾明确表示，客观世界存在着人的“思力之所必不能到”的领域。
由于他轻视“行”在认识过程中的主要作用，必然轻视感性认识的作用。他认为，常人的感觉器官只有“眼耳鼻舌身”五种，它们所接触的也仅只是“色声香味触”五者而已。然而“以法界虚空界生界之无量无边，其间所有，必不止五也明矣，仅凭我所有之五，以妄度无量无边，而臆断其有无，奚可哉”！
五、对封建纲常的名教批判
谭嗣同，字复生，号壮飞，生于1865年（清同治四年），死于1898年（清光绪二十四年），湖南浏阳人。
他是19世纪末资产阶级改良派中的激进人物，当时新文化运动中反对封建旧礼教的勇敢战士。1895年，中日甲午战争爆发，他发出了救亡图存、变法革新的号召，并且在湖南组织了学会，热心追求西方资本主义文化，积极提倡新学。
1896年，他以父命到南京候差，感到十分苦恼和困辱，又跟当时的宣扬佛教的杨文会研究佛学，受了佛教唯心主义的影响。1897年，他又回到湖南，和梁启超等一起办时务学堂、南学会、《湘报》等，积极开展维新运动。1898年，他到北京参加了康有为主持的新政。政变失败后，被捕下狱。
被捕前，有人劝他逃走，他说：“各国变法，无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”他终于在封建顽固派的迫害下牺牲了。他的著作有《谭嗣同全集》。他的哲学著作有《思篇》、《报贝元征书》、《仁学》、《以太说》、《论全体学》等。
谭嗣同是我国近代史上资产阶级阵营中第一个起来向封建的纲常名教挑战的启蒙思想家。1896年，在改良主义运动的影响下，他写了著名的哲学著作——《仁学》，发出了冲决封建网罗的号召，和封建主义展开了一场大论战。
在帝国主义瓜分狂潮的刺激下，他从资产阶级的爱国主义立场出发，谴责了卖国投降的封建王朝。他认为，列强势力已侵入内地，要塞被霸占，权利被夺去，财源枯竭，人民穷困，中国已处于亡国灭种前夕，只有变法维新，中国才能得救。他向清王朝提出警告：再不进行变法，人民只有走武装起义的革命道路。他说：“志士仁人求为陈涉、杨玄感，以供圣人之驱除，死无憾焉。”
谭嗣同从批判清王朝的残酷统治出发，进一步批判了中国几千年来封建的独裁政体。他揭露说：封建帝王穷竭天下人民的生命膏血，供其一人之享乐；设立各种法律，叫人民俯首帖耳，串受酷刑之苦；他把自己说成是“天子”，“挟一天以压制天下”，用“天命”来愚弄人民，这是世界上“至不平等”的事情。
他认为，君主不善，“人人得而戮之”，无所谓“叛逆”，“叛逆”一语是封建帝王捏造出来恫吓人民的；中国人把服从君主的统治美其名为“忠义”，以相夸示，“真不知人间有羞耻事”。从而他得出结论说：君主本来是人民“共举”出来的，先有民而后有君，不是君，而是民择君；君主好比大家推选出来管理财务的办事员，不称职，就应该把它废掉。
谭嗣同在反对封建主义的斗争中，竭力提倡自由、平等和博爱，鼓吹民主主义和人道主义，以此作为批判封建主义意识形态和推行改良主义政治路线的理论根据。他是中国近代史上宣扬资产阶级人道主义的代表人物之一。谭嗣同对清王朝的抨击，在当时说来，是非常大胆的言论。他受了太平天国农民革命运动的影响，在他的政论中含有反对清王朝的倾向，使他成了改良派中的激进的思想家。
由此，他得出结论说：所谓“三纲”，是封建帝王用来奴役四万万人民的枷锁，是“独夫民贼”制定“一切刑律制度”的准则，它不仅迫害了人的身体，而且禁锢了人们的思想。他控诉说“三纲之慑人，足以破其胆而杀其灵魂”，“不惟关其口，使不敢冒言，乃并锢其心，使不敢涉想。愚黔首之术，故莫以繁其名为尚焉”。
他认为，五伦之中，只有朋友一伦没有流弊，体现了平等、自由和独立自主的原则，其他四伦都应变为朋友的关系。最后，他又批判了两千多年来封建主义的思想体系。他认为，维护等级制度的学说始于荀子和法家，唐代的韩愈作了阐发，到了宋明道学，变本加厉，更为残酷。从而他又得出结论说：两千年来的政治都是秦政和大盗，两千年来的旧学都是苟学和乡愿，大盗和乡愿互相勾结压迫人民；中国人“但读宋明腐儒之书”，“自命为礼义之邦”，实际上却是“人间地狱”。