经过两天的轰炸，台湾的日军战斗机数量已经剧减到不足一百架，各个军事目标也都遭到了飞机的猛烈攻击，不过对于居民区在张良的命令之下，并沒有采取轰炸。虽然这样做会让敌军的一部分有生力量躲过最初的轰炸而保存下來，但是张良制止了这样做，当负责登陆的部队以此事向张良询问时，张良的一句话说道：“那是我们中国人自己的土地，哪里的百姓也是我们自己的同胞，这个命令不能下，那是对自己同胞的屠杀！”
在空军的打击下除了继续加强要塞的防御之外，对于海岸地区只有四个守备师团，日军也终于感觉到有些薄弱，除了呼叫国内的支援之外，在台湾本地日军再次在当地人中间组建了十个国民保卫师团，近12万人其中除了两个布置在东部地区之外剩下的八个全部和那四个守备师团一起布置在西海岸地区，以防备中国军队可能在海岸地区的登陆。虽然在海岸地区布置了十余万人，但是明显防守力量不强，先不说那八个沒有经过正规的军事训练，只懂得开步枪的新兵，为了保证安全，这些新组建的部队除了步枪和少量的机枪之外根本就沒有什么重型的装备，就连步枪有相当一部分都是一些单发步枪，对于这支新组建的部队日军可谓是防备到了极点，就连军官也全部都是警察或者从日军的部队中抽调。
六月三十日，这一天登陆开始之前，我军空降兵的任务是在登陆滩头两侧距海岸10至15千米的浅近纵深空降，阻止敌预备队的增援，并从侧后攻击日军海岸防御阵地，配合海上登陆，由于在最初的1～2天里，我军打算只登陆6～8个步兵师，只有在建立起可供装甲师展开的大登陆场后，才将装甲师投入作战，如果在装甲部队上陆前日军反应过來突破了登陆部队的防线，将会给登陆带來灭顶之灾，所以空降兵的行动在登陆初期对于登陆胜利是至关重要的。
我军第1空降师是最早投入战斗行动的部队，早在午夜00:16，他们就被空投到登陆地区的左翼地区，他们的目标是夺取浊水溪附近的桥梁，以防止日军不多的装甲部队前往海岸支持，伞兵们迅速占领了这些桥梁并成功地控制了他们，直到那天稍后的登陆的突击队员赶來，此行动的目标还包括夺取在这些地区的地堡。虽然地堡沒有被摧毁，但是在战斗过后，地堡中除了6人以外，其余全部伤亡，不过大部分都是被日军的军官在临死前射杀的。
但是登陆也不是一帆风顺的，我军第2和 第3空降师就沒那么幸运了，由于沒有经验的领航员和地面情况复杂，再加上敌军的高射炮火的突然拦截，部队被散落在各处，有些伞兵很不幸地降落在了海中或内陆中那些被日军守备部队故意淹沒的低洼地区，很多人由于装备沉重，而被淹死在仅及膝深的水中，在24小时后，2师只集合起约3000人，但是，从整体战略上來看，我军可以说是因祸得福，伞兵们被投放在整个登陆预定区域，使日军陷入一片混乱，伞兵们各自为战，分散了日军的兵力，再加上日军守备部队大部分都是新兵，这让我军的登陆部队取得了不小的战果，并且他们使日军指挥官大大高估了伞兵的人数，调动了更多不必要的军力，从很大程度上分散了海滩登陆场的压力，很多人在这一天后的很多天仍在敌后独自战斗，2师在6日早上占领了登陆区的一个小村庄，这个小村庄也就成了整个台湾第一个被解放的城镇。
早晨五点，登陆部队的舰炮首先开始对海岸地区进行覆盖式射击，选定的登陆海滩全长6.4公里，海岸多为30几米高的峭壁，地形易守难攻，这里的登陆作战任务由我军第九军承担，但是我军由于情报有误，认为这里的日军守备部队只有一个守备联队的兵力，还多是后备役人员，沒有装甲车辆，战斗力很差，而实际上日军已经在这方向把兵力增加到了一个步兵师团的兵力，而这个师团的一个主力联队就驻守在这个登陆地区的滩头，可惜直到登陆部队出发后我军情报机关才找到突然失踪的这个师团的下落。
登陆当天天气状况极端恶劣，我军在登陆前就因风浪过大损失了10艘登陆艇和300余名官兵，在登陆艇上的陆军官兵多为晕船和湿冷所苦，还沒到达作战地点就基本精疲力尽了，登陆作战开始后也非常不顺，海滩西段预备的32辆水陆坦克中有27辆刚一下海就因台湾海峡的风浪过大而沉沒，幸存的5辆坦克中还有2辆很快被日军老旧的37mm炮火炸毁，由于潮汐影响和秩序混乱，登陆的我军陆军士兵很多都搞不清方向和集合点，大批士兵挤在滩头任凭日军炮火攻击，整整两个小时的时间里日军沒有一名士兵在西段冲上海滩，在东段也仅仅占领了9米宽的一段海滩，登陆行动几乎完全失败。
然而我国海军为登陆地区的这一海滩带來了转机，由于海滩登陆部队长时间沒有任何联络传來，分舰队的海军指挥官意识到登陆地区海滩上的形势可能已经极为严峻，于是17艘驱逐舰和浅水重炮舰不顾触雷、搁浅和被日军布置的155mm海岸炮炸翻的危险，前进至距海滩仅730米处，在近距离为登陆的我军部队进行火力支援，而此时我军的敢死队此时也爬上了日军守备部队的一个防御死角的海角，结果发现这里所谓155mm海岸炮居然是电线杆伪装的，沒了后顾之忧的海军肆无忌惮地向日军据点倾泻炮弹，先前被堵在海滩上的我军也在精锐部队第一师--这支张良的起家部队的带领下开始冲锋，中午时分登陆部队第二梯队提前登陆，而在空军的指引下，海军的战列舰和巡洋舰也开始对岸射击，日军的防御至此基本崩溃。
当我军登陆滩头成为巩固统一的登陆场后，就按预定计划向内陆发展，我军第1集团军向北进攻计划夺取台北夺，担负主攻；我军第2集团军猛攻嘉义，造成直取台南的假象作为佯攻。
日军虽然最初的反击已告失利，但并不甘心就这样任由我军发展，日军司令部调整部署，使用步兵防守台北至台南一线，抽出有限的装甲部队以反击手段來阻止我军的进攻，但还沒等新的部署调整好，我军第二集团军就先发制人发动了攻势，打乱了日军的计划，有力保障我军其他部队对台北方向的攻击。
7月3日，我第7装甲师在向台湾北部的台中县推进途中，与正从台北赶來的日军正规部队甲等师团之一的第9师团遭遇，双方随即爆发激战，我军人员、坦克损失很大，被迫后撤。虽然我军的进攻沒有进展，暂时被日本人阻止住，但却将日军精锐的第9师团吸引在台中地区，为我军其他部队进攻创造了条件，当我军占领南投县后，日军从南投地区无法抽出部队，只好从台湾东部的花莲和台东两县紧急调來日军国民保卫师团第10师团，攻击我军侧面以消除我军对台北的威胁，我军经激烈战斗，击退了日军这支完全有新兵蛋子组成的新师团，并乘胜于7月4日突破日军在苗栗地区的防线，最终于7月6日攻占了新竹县。
根据台北总督府的指示，在该地区的4个师团必须全力阻滞我军的前进，然后向桃园县且战且退，死守桃园，建立新的宜兰~桃园防线，但是作为新组建的部队，这4个国民师团几天來在战斗中兵力装备消耗很大，已无力胜任坚守桃园县的重任，即使退入桃园县，充其量不过使桃园县多坚持几天而已，所以这些部队的士兵纷纷要求向总督府请求将这些部队直接撤往台北，回合台北的日军两个甲等师团和以前扯撤到这里的两个重炮旅团和一个守备师团加强台北的防御，但总督府拒绝了这些士兵和那些在部队中重人军官职务的日本人的意见，当新竹到桃园交界处的新防线地区出现被突破的征兆时，这些不是正规部队，大部分以前只是军事警察的日本军官们拒绝了总督府的指示，果断命令所有能联络上的部队迅速向东撤退，这才挽救了不少部队被我军直接歼灭的悲剧，残军全部撤到了宜兰县。
7月8日 ，我军攻占了台湾北部的桃园县近三分之二的地区，南面的佯攻部队也亮出了自己的獠牙，开始对嘉义的日军开始了猛攻，并在这一天突入嘉义市区，在晚上完全控制住了这一地区，残余的日军退往台南，日军的处境更加的艰难，我军的进攻也到了关键的时候，