回到东都之后项玉赶到了军营里面，这个时候皇城里面的大火已经扑灭，明军士兵也已经打扫完了战场，只是城中的清理工作还在继续进行，只怕还要持续一段时间，项玉之前一直在考虑打完东都这一战之后明军下一步应该怎么做，要不要马上调过头去进攻台东，这个时候他已经不那么急迫了，东都的局面还没有稳定住，明军这个时候去打台东不是太好，这样一来东都的恢复恐怕要花上很长时间。
所以项玉还是决定先集中人力物力将东都恢复好了之后在行决定，东都目前首先要做的事情就是改名字，毕竟东都这个名字是梁军自己取的都城的名字，这个时候已经明显不再适用了，至于东都的名字改成什么，项玉心里早有腹案了，就叫台南吧，毕竟后世它也是这个名字的。
明军在这一整个战争中间一共战死了四百六十九人，有一千一百多名伤员，其中大多数都是之前巷战中的箭伤，并不是很严重，加上明军军中有完善的医疗护理队伍，因此经过一段时间的治疗之后，伤兵中间的大多数轻伤的士兵都已经没什么大碍了，只需要修养一段时间就能够回到军中作战了。
这段时间可算是忙换了军中的医生和护士了，由于军中的男性数量要远远大于女性，所以明军的士兵们平时就很喜欢经常跑去伤兵营去逗弄这些女护士，后来项玉出于安全方面的顾虑，派出了一批士兵保卫伤兵营的安全，防止其他人的骚扰，这种现象这才稍稍好转，但是自此之后便经常有士兵因为头疼脑热、感冒发烧跑进伤兵营里面去。
项玉对此也没什么好办法，只能稍微限制一下，这一次军中的伤兵暴增，这些个家伙们终于找到了冠冕堂皇的理由光明正大的进出伤兵营了，不过一个伤兵可不是那么好当的，明军护士给伤员清洗伤口都是用的盐水，项玉记得后世医院里面的输液用的生理盐水是0.9%的浓度，这个眼下没办法精准计算，只能大致加些盐配置成接近生理盐水的浓度来给士兵们清洗，水里面含盐对伤口的刺激可是不小的，不是有种说法叫做往伤口处抹盐吗？虽然生理盐水的浓度比较低，但是还是疼的这些伤兵们龇牙咧嘴，好了嘛，这下子他们知道伤兵不好当了吧。
项玉自己到伤兵营中巡视一圈之后心里面放心下来，虽然护士门的工作量比较大，需要照顾的病人比较多，医生的数量也不够，但是士兵们的伤势并不是很重，要知道在古代伤兵的致死率是非常高的，接近百分之七十的残死率，即使在两百年后的克里米亚战争之中，当时医学技术已经得到了较大的发展，可是伤兵们的死亡率还是高达百分之五十，但是明军的伤员中间并没有出现这么这么高的死亡率，一方面是因为明军军中的医疗护理条件比较好，救治的比较及时，另一方面要归功于之前专门为每一名士兵装备的小型急救包，这个小包在战场上使用起来比较方便，这个时候的伤兵因为战伤死亡主要由于两个原因，一个是伤口失血，一个则是伤口感染。明军的这个急救小包可以在士兵们受伤之初就由士兵的同伴或者伤兵本人自己行给自己的伤口止血，可以有效地减少伤口处的失血，又能起到伤口跟周围环境隔绝的效果，以防止进一步的感染，给后续医疗护理伤口清创提供了时间。
这一仗明军虽然伤亡比较大，但是跟梁军的伤亡情况比起来，那时要好得多，梁军一共战死了超过六千名士兵，有将近三千两百名伤员，这些伤员跟明军还不太一样，他们大多数都是枪伤和炮击伤，要比明军严重很多，因此短短两天的时间里面，梁军的伤兵就已经死去了超过三分之一了，这倒不是明军这边偏心或者照顾不够，主要是他们的伤情和失血情况使得他们的救治变得比较困难。
除了伤兵以外，明军一共俘获了一万一千名梁军士兵，他们之中大多是都是战前刚刚招募的新兵，项玉将他们交给明军去城中各处清理干活，完事之后就会将他们放回家去，他们之中如果有人愿意留在明军中间，项玉自然也不会拒绝的，但是对于那些梁军之前的老兵，他们可没有这么好的运气了，由于梁军军纪散漫，而且喜欢吃拿卡要，所以项玉并不打算接纳这些老兵，尽管他们是郑成功带出来的，底子还不错，但是如果一个人变坏了，再让他变好是很难的，项玉不想在这上面花时间，干脆将他们全部打发道矿上去上工算了，反正日军战俘很快就要被送回日本去了，矿上这个时候正好比较缺乏人力。
除此之外，明军一共缴获了长短枪三千五百余支，火炮三十五门，冷兵器上万件，火枪全都是老式的火绳枪，这些对于项玉来说没什么意义，明军也用不上，也许还能发给民兵士兵，毕竟这个时候民兵的队伍还在不停的扩张，至于缴获的冷兵器项玉就完全没有了兴趣。
另外明军还从三座城里面搜出了大量的黄金白银和一些珠宝首饰，其中黄金一万三千五百两，白银一百五十万两，珠宝首饰若干，这些大多数是这些将领们的私人财产了，郑成功的父亲郑芝龙是海盗起家，他手底下的将领自然都有一定的私财，这些也都不奇怪，加上之前荷兰人留在城中的财产，这些加起来都被明军缴获了，冯信逃跑的比较匆忙，并没有携带很多的财宝随身，因此明军的收获还是比较大的。
这笔钱可谓是大大缓解了项玉眼下的财政紧张，明军和基隆城之前的一些列发展消耗了大量的金钱，虽然这个时候基隆城里面已经有了一定的税收，但是这跟明军在基础设施建设、科技研发、武器制造、士兵的军饷所产生的消耗比起来实在是入不敷出，而且这个时候基隆的商业还处于起步阶段，也不能增加税率，所以明军的财政越来越吃紧。
尽管项玉很早之前就定下了以战养战，通过对外战争来获得收益反哺给自身的发展，但是真正到了战争将要打响的时候才知道原来打仗也是很消耗财力的，战争就像是一场豪赌，赌赢了就大赚特赚，一本万利，赌输了的危害那真的是难以形容。
明军在台南一直停留了一个多月的时间，终于将城内之前的破坏清理干净了，梁朝的皇城此时也已经被明军拆毁了，剩余的宫殿改造了一下，做成了明军在台南的政府办公点。
随着局势的日渐稳定，之前逃走的一些百姓此时也陆续返回了台南，项玉也派人帮助他们重建家园，并且交给他们种植红薯的技术，只等下一季红薯收获了之后就将种子分发给广大农户，其实红薯是可以根茎采摘生长的，但是由于技术部成熟，项玉担心一旦弄不好农民们地里面再种植别的作物就来不及了，因此并没有推广这一技术。
此时台南周围之前种下去的早稻已经陆续到了收割的季节，明军士兵们帮助农民们抢收稻谷，这里面有很多土地的主人已经跑了，所以明军自己也得到了不少的粮食，这也使得明军的后勤队们可以稍微的松下一口气了，这段时间为了维持几千大军的粮食和物资供给，可把他们累的够呛。
解决了台南的事情，项玉眼下就面临着台湾最后的一个割据势力，台东的李云聪了，这家伙手里面还有五千士兵，占据着台东一点动静也没有，整个东都战役期间他都没什么反应，项玉自己也都有点疑惑，不知道此人心里打的什么算盘，说他聪明那也是真的聪明，早在战前的一些列举动就成功的骗过了明军，因此项玉才会有点重视这个对手，甚至担心他会趁着自己和梁军主力在东都城下决战之际率军偷袭自己，因此在东面布下了许多眼线，但是这人却并没有这样做，虽然东都之战结束的很快，但是他不可能一点动作也没有啊，可是却完全没有发现他有任何一点点的动作。
项玉摸不清李云聪想要干什么，其实后者这个时候也在犹豫，李云聪确实没有想要趁着明军和梁军决战之际趁机偷袭，这并不是说他没有眼光，只是他心里似乎觉得像冯信这么弄下去台湾是好不了的，反而由于他所在的地方比较靠近基隆，因此从一些从基隆过来的商人哪里了解了一些基隆发生的变化，他对项玉这个以前名不见经传，但是此时却已经是台湾岛内如日中天的人十分钦佩，钦佩他在那种条件之下竟然短时间之内从无到有，从弱到强一步步的将基隆这个地方建设起来，不仅如此，他手底下的明军的战斗力和梁军相比确实是要高出不少，不仅是武器装备更加优良，而且军队从士兵到将领的面貌都显得朝气蓬勃，这又让他有些羡慕。
李云聪今年不过二十三岁，他还很年轻，他不想默默无闻的度过一生，总想要干几件轰轰烈烈的事情，再加上他是一名汉人，面对此时祖国山河沦入异族之手，他无时无刻不在想着要怎么恢复汉人的大好河山，因此他才没有出兵，因为他不想对一个和自己志同道合的人动手，这是汉人的最后希望，李云聪不允许他毁灭在自己的手中。
考虑了良久，李云聪终于下定了决心，他取出纸笔，提笔写下一封书信。