西班牙人先交纳了一半的赔偿金，然后中华军这边负责帮助他们寻找船只，港口里面的商船这个时候还没什么人来认领，既然这样中华军也不客气，全部都划归自己的名下，然后又将这些船只高价卖给西班牙人，好使得他们能离开吕宋岛，等到西班牙人全部登船之后由中华军的战舰护送离岗，这个时候西班牙人再交纳剩下的另一半的赔偿金。
这期间中华军这边并不收缴西班牙人的武器装备，以便他们能够有一定的自保能力，但是为了避免出现意外，中华军在城中开辟了一条专用的路线，两边都有中华军的军队驻扎，西班牙人只能从这条规定的道上离开吕宋岛，并且一些行动都要在中华军的监视之下，以免出现什么岔子。
五月二十二号，在中华军的严密监视和控制之下，一万多名西班牙人从吕宋岛上撤离，带走了周围大部分的居民和商人，他们还算是幸运的，至少他们离开的时候生命财产上面是有保障的，不过几名吕宋的高官这个时候却是一脸的沉重，吕宋在他们的手中被弄丢了，这简直就是耻辱，很多人暗暗下定决心，有生之年一定要收回这座从他们手中丢掉的岛屿，这引发了双方接近十年的战争，这是后话这里不提。
西班牙人从王城之中撤出来之后，中华军这个时候的战斗任务基本上就算是彻底完成了，由于受到战争破坏和影响比较小，所以马尼拉和吕宋的恢复生产活动很快就要展开，岛上的华人这个时候也都放下心来，西班牙人被赶走之后他们暂时不再担心来自西班牙人的报复了。
因此他们很快的就投入到了战后的恢复和重建工作了，之前华人的居住点受到了一些炮击的损害，这一段时间中华军也一直在帮助他们重建房屋，加上数万民百姓的帮忙，因此很快就在之前的旧址之上重新建立了新的民居，而遭受一定破坏的城墙这个时候也要加以修缮。正好这个时候中华军这边得到了西班牙人的战争赔偿，于是便花钱雇请百姓们帮助军队修缮城墙。
因为之前西班牙的几名高官当着全体华人的面向华人郑重道歉，因此华人这个时候对于中华军的亲近和信赖得到了极大的提升。
这个时候马尼拉已经成功的打下来了，而项玉一直以来一直就想要的人口却不如他所料的那么多。马尼拉的华人只有十多万，这还是整个吕宋岛上的大多数了，因此跟项玉之前估计的人口有一定的差距，不过加上安北市的两万多华人，这个时候中华军的治下的华人的数量也已经达到了十五万了。这个数量其实也算是很可观了，虽然跟大陆上的一省无法相比，但是中华帝国目前所有的人口加起来已经接近九十万了，并且还在增加之中，九十万人按照七户出一的比例，至少能够提供三到四万的军队可供招募，这已经是一个很客观的数字了，而且吕宋岛上的华人应该也不止十五万这么少，因为还有很多的地方这个时候中华军的势力还没有延伸过去。
ωwш＿ttκǎ n＿C 〇
就在西班牙人离开五天之后，中华军便分成了五队。每队三百人，分别前去周边的村落去接管西班牙人的财产和产业，这个时候马尼拉的周围有很多西班牙人的村庄，这里面大多数都雇有一些保卫人员，主要是当地的土著人，西班牙人将他们雇佣成为庄丁，平时就是农庄的劳动力，战事就成了农庄的土军队，他们装备有简陋的武器，人数众多。有的庄子比较大，因此里面甚至还会装备火枪，但是目前为止还没有听闻哪个庄子的武装人员的数量超过了三百人，所以中华军便将军队分成三百人一组。前去清剿这些土部队，因为他们虽然人数不多，但是庄园的数量很多，要是万一他们联合起来一起发难，对马尼拉的威胁还是很大的。
马尼拉城受到外来军队的进攻的消息这些庄园的庄主这些天也都有听闻，前几天西班牙人准备乘船离开的时候还派遣士兵前来送信。说是让他们一起离开，只是这些庄园的庄主们对中华军嗤之以鼻，他们并没有听闻过这支部队，虽然对于他们能够击败马尼拉城里的西班牙的军队感到十分的吃惊，但是他们对于自己的安全倒是并不怎么担心，除了一些靠近马尼拉的庄园庄主随着西班牙人离开之外，更远一些的这些人都对中华军的通知视而不见。
对此项玉自然是豪不纵容的，这些人对于地方的危害实在是太大，加上他们手里都占据着大片的农田，因此马尼拉想要更进一步的发展，就必须从这些庄主的手中将他们田地抢过来，不然马尼拉的粮食的供应很容易就会受制于人，这显然不是项玉想看到的。
这些西班牙的庄主们对于中华军的这种决心并不了解，因此在见到庄园外面的军队的时候第一个感觉都十分的错愕，有些人选择了抵抗，有些人则选择了投降，对于这些人项玉之前早有规定，对于那些抵抗的人则一定要严肃处置，杀一儆百，以儆效尤，对于中这些选择投降的人，则稍微宽带有点，准许他们拥有一定的财产，当然大部分的财产是要充公和没收的。
马尼拉周围的农田的面积比较大，毕竟是供应超过三十万人口的粮食，因此大规模的清剿活动一直持续了十多天，一共收回了三百多个庄园，其中大部分人都乖乖的向中华军投降了，也有一些人选择了抵抗，他们的最终下场无一例外都攻破了庄园的防御，然后将财产没收庄主抓捕投入大牢。
通过收回这些人手里的田产，中华军目前一共掌握了三十万亩的土地，按照明朝时候的水稻的平均亩产量，三十万亩地一年可以产量接近三十万石，马尼拉这里的气候炎热，一年可以种植两季甚至是三季，因此产量势必会翻倍，因此这些土地已经足够马尼拉的粮食的供应了。
三十万亩地大部分都作为了中华军自己的军屯田，说是军屯田，但实际上并不会有军队来种地，都是租给当地的华人或者土人种植，中华军这边收取百分之五十的粮食，剩下的都是耕种的农户自己的，而且军屯田也不收取赋税。
中华军从收缴的田地之中拿出了十万亩地分给了华人的农户，马尼拉虽然有很多的华人商人，但是大多数百姓还是依靠着种田为生，他们手里面的土地有限，因此项玉平均每户分了三亩地，然后鼓励每家每户都去开垦荒地，新开的田地政府负责修建水渠，引水灌溉，并且免费提供农具和种子，三年之内不收取赋税，这一些列的举措使得百姓们对于开垦的热气极大的高涨，在短短三个月的时间里面就开垦出来了六十多万亩的土地，这不仅养活了马尼拉的数十万人口，更为中华军提供了大量的粮食的收入，为中华军日后的军事行动提供了很大的帮助。
自从马尼拉的局势稳定下来之后，项玉便一直十分忙碌，城里面有很多事情要处理，加上这个时候局面刚刚打开，一些事情都才起步，因此大大小小的会有许多的事情等着他拍板，项玉只好先从当地华人中间选取了一些能力出众上价的人才填充进入政府部门来，帮助中华军来处理眼下的事情。
马尼拉城市里面这个时候最主要的问题就是土人和汉人之间的矛盾难以调和，这件事情项玉从内心来说肯定是要更加偏袒汉人的，毕竟都是自己的同胞，但是站在长远的角度出发，吕宋岛上毕竟这个时候土人的人口数量更多一些，在这个时候高压政策并不是很适合，因为这样做虽然能够压住一时，但是迟早会引起土著人的反抗，等于是给自己埋下了一个长期的定时炸弹，因此这种方法并不可取。
项玉这个时候才知道后世的新中国为什么在民族问题上面要搞民族自治，种族问题不好处理的，但是在吕宋岛上搞民族自治显然是不可取的，因为遍布各处的都是土人，要是搞个自治区，那汉人就没有立足之地了，既然这种方法不行，那么就要想另外的办法了。
项玉之前就颁布了一些政策，主要是吸纳土著人，建立生番熟番的政策，这个时候因为中华军的强大的武力作为依靠，马尼拉的土著人表现的海比较顺从，因此项玉打算尽早的将这项政策当成法令颁布下去，以将城内的这十几万人给稳定下来。
要做到这一步，首先一个必须要做的事情就是人口的统计，必须将城中的这些土著人全部统计一遍，根据他们的规模给他们安排住所和耕田，最重要的是要建立起他们的户籍和档案，这些人都被视为熟番，相对于其他土人来说有一定的优待，并且会被中华军首先接纳，能够在马尼拉的城内正常的生活和工作。