在进讨中华军的战斗之中，清廷好不容易拼凑起来的水师舰队全军覆灭，这使得朝堂之上的争端更加严重了，满清是从战争之中走出来的，这个时候还不是女人当家，所以血性还在，他们商讨和争论的自然不是怎么割地赔款，而是如何应对日益严重的来自海上的挑战。
这里面就分成了两派，一派一满清大臣为代表，他们不善于水战，因此对于来自海上的敌人有一种天生的恐惧，因此主张在各地修建要塞和炮台，以拱卫各地的安全，这一派的代表人物就是鳌拜。
还有一派是以降清汉人为主的，包括范文程在内的众多大臣，他们相对于满人来说，见识更广，认识更深，知道想要确保海防的稳定不能一味的只是消极防守，他们拿出嘉靖年间倭寇肆虐东南沿海一带明军的对策来反驳这些满清权贵，认为想要稳固海防必须要兼顾陆地要塞的建设和海军的建设，认为只有建立一支强大的水师，才能缓解来自海上的压力，不然的话将会被拥有强大海军的敌军牵扯，主动权全部丧失，只能沦为被动应战，这样一来是不可能防守得了的。
从后世的观点来看，这两派之间，显然是汉人大臣们的观点更加正确，而根据后世马汉的海权论，一个强大的国家与之伴随的必然是一支强大的海军，所以从这一点上来看，满清时期虽然国土面积大增，幅员辽阔，人口繁多，经济占世界比重也很大，但是实在是算不上是一个强国。
但是这些从马背上成长起来的人，显然是不太重视这样的正确观点的，他们只认可战马和弯弓，对于汉人的东西也只是对火炮比较感兴趣，对别的都是一副瞧不起的样子：你们既然这么牛逼，那有为什么会被我们十几万人给打垮了？
遇到这样的情况。汉人大臣也毫无办法，毕竟这个时候是满人当权，不受重视是理所应当的。
清廷最后采取了一个折中的方案，那就是一边修建炮台。一边制造战船准备组建新的水师，而新的水师主将的位置众人又有了纷争，不过最后还是决定由原来的水师提督施琅麾下的总兵吴英来担任福建水师提督，汪明担任浙江水师提督，这两人都是在这一战之中得意保存下来的仅有的两员水军大将。不仅具有丰富的实战经验，更重要的是他们对敌军的战法战术有更多的了解，因此也是最能够想出破敌之策的人。
而在鳌拜的力主之下，清军的第一个炮台——大沽口炮台这个时候也开始破土动工了。
实际上在明朝嘉靖年间，大沽口曾经短暂的建造过一座建议的炮台，只是后来随着明朝国力的衰弱，加上沿海地带的威胁的消除，这些炮台便逐渐的荒废了下来，等到清军入关以后，这里只剩下一个炮台的基本架子。火炮什么的早就被农民起义军给拆走了。
和明朝时候面对的局面一样，这个时候清军面对来自海上的威胁不大，因此虽然占据了大沽口，并在这里修建了军城和营地，但是并没有重新修建炮台，这才使得上一次中华军的安北舰长驱直入，很轻易的就洞穿了大沽口的防御了，因为这里的军队根本就没有水军，对于来自海上的敌人只能干瞪眼，拿他们毫无办法。
清军在大沽口修建的炮台主要是封锁渤海湾的白河入海口。以防止敌军从这里登陆或者逆流而上直接威胁到天津甚至是北京城。
施琅给整个清军留下的最大的一笔财富就是他之前缴获的几门中华军的火炮，清军这个时候根据这种火炮仿制出来的新式火炮比原来的火炮在射程上面大大提高，虽然炮管的长度大大提高，并且制造工艺更加复杂。但是因为施琅的另一个成果——铁模铸炮的问世，使得清军的铸炮速度大大的提高，因此在各地的铸炮工人的日以继夜的努力之下，用于筹建炮台所准备的数百门火炮很快就全部准备就绪。
大沽口炮台的规模是清军建造所有炮台之中仅次于虎门炮台的一个大型防御要塞，其在南、北两岸修筑“威”、“镇”、“海”、“门”、“高”座大炮台和20多座小炮台，是一个规模宏大并且设置了层层防御理念的要塞。各个大小炮台一共装备有三百三十八门火炮，火炮的口径也不是统一的，而是按照大口径的火炮靠后布置的原则，将大型火炮安置在要塞的后面，被坚固的工事所保护着，清军想要依靠这些大口径的火炮来确保他们的津京一带的海防稳固。
中华军和清军在海上的这一战，使得中华军彻底的引起了清廷的警惕，甚至将中华军的海上威胁列位首要威胁，比来自北方异族的威胁还要提前。
这也使得清廷的防备更加厉害，以至于海上的线路虽然没有太多的威胁，但是陆地上的活动却愈加受到限制，因此项玉预想之中的大规模移民潮仅仅只持续了五个月的时间，就被清廷给掐断了。
在这五个月的时间里面，一共有超过四十万人通过中华军的运送来到了台湾，这个数字是相当的恐怖的，几乎在占到了这个时候大陆人口的一百分之一，以至于沿海一带很多村庄都彻底的被掏空了，以往一直困扰着当地官员的渔民的安置问题却意外的得到了解决，因为这一部分人中有很多都被中华帝国的移民政策所吸引走了。
中华帝国为了吸引大陆的百姓前来定居，不仅免费的分发田地，而且还提供住房和农具，前三年的税负还会免除，并且会派出技术员到移民定居的村庄中去进行指导，加上中华帝国是一个新兴的国家，岛内也没有地主和权贵阶级的压迫，这对于这些因为清廷的禁海令而丧失了赖以为生的手段的渔民来说，确实是很具有吸引力的。
并且中华军因为要建立粮食的战略储备，所以会对农民们生产出来的粮食施行最低保护价收购，这也避免了农民们的经济上的损失，使得他们免除了顾虑，因此台南一带的农业生产很快就发展起来了。。