四月底的时候，中华军的大半部队这个时候都返回了基隆，除了海军还有比较繁重的护航任务之外，陆军士兵们已经放假了，而军官们则还要做一次战后的总结报告，写完之后要上交上来给项玉批阅。
这并不是走形式主义，而是项玉想了解手底下的这些将领们通过这一次的作战得到了什么样的体会，而且他还比较关注低级将领们的感觉，这些人不同于决策者，他们在战场上和清军以及当地的百姓们直接接触，因此具有最直观的印象和感觉，而收集这些情报并且加以分析，也是一项很重要的工作。
中华军这一次作战之中一共调动了一万三千名陆军，一万两千名海军，这几乎是整个台湾的全部兵力了，而且吕宋岛上的海军部队除了王佐才这个时候带着两艘铁甲舰组成的舰队在爪哇海一带活动之外，马尼拉城外能够调动的海军几乎全都赶到了台湾前来参战。
可以说这一次作战时倾尽了中华军目前所有的实力的一次巨大冒险，虽然要冒着一定的风险，但是其收益也是很可观的。
中华军这边一共牺牲了一千一百六十七人，其中陆军牺牲了四百六十人，海军这边牺牲了七百零七人，从数字上来看海军的损失是比较惨重的，真实的情况也差不多，海军这边一共损失了九艘舰艇，重伤了六艘舰艇，轻伤的舰艇多大五十余艘，受伤的水兵人数也达到了九百多人。正是因为在长江航道里面中华军有八艘舰艇被击沉，因此清军在之后上报给清廷的奏折之中将这一次作战说成是大捷，表示在经过南京城的守军和各地清军的配合之下，全军将士戮力一心奋勇杀敌，最终重创敌军，击沉敌军大型舰船九艘，击伤数十艘，毙敌无数，敌军溃败而逃。南京城安然无恙。
当然了，奏折里面写的漂亮，但是实际上的结果大家都是心知肚明的。
中华军和清军一共经历了数十次的战斗，其中比较大的战斗有九次。中华军这边击溃和全歼了四个方向来的清军，一共歼敌两万九千余人，俘虏了一万四千多人，而且直接和间接的调动了数十万的清军，不仅如此。中华军的海军先后达到了杭州、江阴。、镇江和南京，造成清廷整个东南的震动，两江总督甚至为了保卫南京城而调动了十三个州府的军队到南京城来增强守卫，最后直到中华军撤兵了，这些增援的军队还没有完全赶到，想想都觉得滑稽。
清廷在江南一带的军队一共有四五十万之多，损失两万人对于他们来说并不算什么，这个时候募兵有比较简单，因此这里的缺口很快就能够补上来，但是中华军这个时候的威胁是进一步的扩大了。之前只能说是停留在海上，对清廷沿海海上的船只和渔民们的威胁比较大，但是清廷施行禁海令之后沿海一带已经没有什么东西可供中华军劫掠了，因此这样的威胁还算是可以接受。
就算是在这之后中华军开始上岸进行小规模的袭扰，但是总的来说对沿岸各州县的威胁几乎没有，这种小规模的骚扰只能起到疲兵的作用，还远不足以让清廷感到担心和恐慌。
但是这个时候中华军竟然开始深入内地，甚至抢占了州府县城，并且还进行了人口和物资的抢夺，这一点让清廷有种似曾相识的感觉。仔细想想不就是自己当年用于对付明朝的策略吗？
宁波府被中华军攻占的事件引起了清廷的高度警惕，一些有远见的人士已经感觉到了中华军这边的态度转变，他们不再是局限于打一枪捞一把就跑的目的，开始逐渐变得更加贪婪。而其目的显然不只是人口和财产这么简单。
为此清廷决定调遣四川、云贵、两江的军队向东部署，并且加大水军的建设力度，在太湖、洞庭湖、鄱阳湖等靠近长江的水泊里面编练水军，各地在原来的基础上大修炮台，这种单纯的防御设施虽然对于清军的反攻没有丝毫的帮助，但是在这个时候能够起到重要的防御作用。
除此之外。五万清军再一次进入了广东，部署在潮州、惠州、肇庆一带，这里地势靠海，是中华军的袭击目标，尽管尚可喜这个时候拥有十二万之多的军队，但是主要都集中在广州一带，在各地的驻军并不是很多，如果是平时作为安全防卫任务来说，这样的兵力自然是足够了，但是如果要面对像这一次中华军的这种规模的进攻的话，那自然是难以抵挡。
除了尚可喜的广东，耿继茂的福建也没能幸免，因为福建面临的局势比广东还要险恶，而且耿继茂的军队实力相比于尚可喜来说要远远的不如，因此清军派遣了八万军队进入福建，分别部署在漳州、泉州、兴化、福宁、永春这五个地方，和广东的情况一样，为了避免过度的刺激到耿家父子，所以清军并没有进入福州府。
耿继茂的军队原本就只有十万人左右，这个时候随着与中华军的冲突的加剧，他的这些兵力显得有点捉襟见肘，但是这并不意味着他就欢迎清军直接将军队派到自己的辖区，尽管他这个时候也是大清国的一员，但是毕竟是已经开府自治了，而且福建水师还一直赖在泉州府内不肯撤离，这已经让他很没面子了，东南三番之中，唯独就他一人辖区内还有不属于自己调度的清军，自然心里十分恼火，这个时候清军打着加强防御的幌子继续增兵，耿继茂的心中自然是大大的不满了。
其实这个时候除了云南的吴三桂之外，广东和福建的两人都被清廷派驻了军队，但是这两地的安全情况确实不容乐观，因此两人的不满和反对这个时候也是没有丝毫的作用的，清廷为了遏制中华军的发展空间，在这两地布军的决心是十分坚定的。。