而这个时候在晋江一带，张三亮的第二师已经成功的拿下了晋江城，接着又在海军的配合之下拿下了泉州，两万清军被歼灭或者被俘，第二师的战果比第一师还要丰硕。
在拿下了漳州府和泉州府这两个地方之后，中华军就在厦门城的外围建立了一道屏障，而这也是之前郑家军队一直控制着的范围，而这个时候，第一师和第二师继续在泉州和漳州府内扫清其他的清军，以彻底的将这些地区纳为自己统制。
就在陆军这边取得了重大的进展的时候，海军这边也爆发了激烈的战斗。
太湖的水师在经过集结之后，沿着大运河从杭州湾一带出海，不过他们的去路早已被中华军的舰队挡住了，双方很快就在杭州湾内爆发了激烈的海战。
清军这边的战船无论是体积还是吨位都处于劣势，因此这一场海战的结果几乎从一开始就没有悬念，清军的太湖水师的三百多艘战船一共被击沉了两百五十多艘，剩余的五十多艘战船都逃回了杭州城去，而中华军这边没有损失一条船，甚至连一名士兵都没有损失，这一战在一开战的时候中华军这边就大量的使用了火油进行火攻，整个杭州湾内大火冲天、浓烟滚滚，而这个时候海面上刚刚转了风向，冬天的西北风变成了夏天的东南风，这使得大火迅速的向着海湾内部蔓延，整个清军的舰队一驶出来就几乎被大火包围，因此绝大部分的战船都是葬身火海的。
在解决了清军的太湖水师之后，海州湾这边的舰队则分为了两个部分，一部分舰船继续留在这里以防止清军还有其他舰队从运河出海，另外的一支舰队则南下去支援陆军的战斗，为陆军提供火力支援。
而哎崇明岛这边，清军则一支没有动作，聚集在南京城下的清军战船几乎已经达到了阻塞了航道的程度，上千条大小战船都聚集在南京城的长江附近。而他们的对手则还在长江的下游崇明岛这边等待着。
而清军在等待一个时机，那就是春汛。长江和其他河流一样，在冬天的时候会进入一段时间的枯水期，虽然不会像黄河那样结冰冻河。但是江水的流速也会有一定程度的减缓，这样的话对于清军的战术来说显然是不利的。
而在三月中下旬一直持续到八月份，都是长江的汛期，在春天到来之后，各地的冰雪开始解冻。长江的水位和流速都会得到一定程度的提高，这使得占据了上游位置的清军可以实施他们的战术，那就是火攻。
历史上在长江上爆发的水战最有名的的一次恐怕就是赤壁之战了，而赤壁之战中，孙刘联军是从东南沿岸朝着西北方向进攻的，也就是从下游往上游进攻，这样一来实际上是处于逆流的状态，这对于联军的作战显然是不利的，可是正是因为一场东风使得联军的不利变为了有利，联军的火攻船接着大风冲进了曹操的舰队中间。这才将曹操的八十万大军付之一炬。
而这个时候风势还尚未稳定，但是越往后推，出现东南风的概率就越高，不过这个时候的风力一般都不大，对舰船的影响不是那么的大，尤其是对于长江这里弯弯曲曲的水道而言更是如此。
清军这个时候在大量的舰船中间准备了很多的火船，这些货船被铁索练成了一串，在进攻的时候将他们排成一排，接着水势能够迅速的冲进敌方的阵型当中，然后会对敌军舰队造成重大的杀伤。
为了保证杀伤的效果。清军在火船的船舱内还放置了大量的火药，等到舰上的火势烧到舱底的时候就会引爆这些火药，从而能够给敌方的战船以巨大的破坏。
不过，中华军这个时候占据了长江出海口的崇明岛。而一旦清军的战舰释放货船的时候，中华军的舰队可可以沿着崇明岛的岸边进行撤退，清军的火船极有可能会被岛屿所拦截，而且水势越是靠近岸边，就会越缓慢，因此这些火船很有可能还未能抵达中华军的舰队中间。就被湍急的江水卷进中间去了。
为此，清军制定了一个战术，那就是诱敌出击。
在这之前，南京城的水师舰队曾经抵达过江阴一带，但是很快就被中华军派遣的铁甲舰击沉，甚至连岸上的炮台也惨遭横扫，中华军的士兵甚至还一度占据了江阴炮台，虽然最后因为兵力不足的缘故放弃了江阴要塞，但是中华军的几艘铁甲舰表现出来的碾压一切的实力还是让清军十分震惊。
清军的火攻策略对中华军的普通战船的杀伤力很强，但是对这些铁甲舰是否奏效他们根本就心里没底。
不过随着春汛的来临，以及时间的推移，清军也不得不从南京城出发，上千艘战船浩浩荡荡的沿着长江顺流而下，而中华军这边早已严阵以待。
清军的战舰在驶过了江阴之后，中华军这边马上就派出了大批战舰前去迎敌，双方在江阴一带海域爆发了接触战，清军的战船吨位都比较小，在中华军的坚船利炮面前表现的十分脆弱，这使得清军不得不提前释放出他们的火船，而中华军这边显然对此早有防备，一见到清军使出火攻的策略，而立即向后撤退，由五艘铁甲舰断后，而这个时候，铁甲舰上面的88毫米的速射炮就发挥出了它的最大功效了。
中华军装备的八十八毫米口径的速射炮的发射速度非常快，而且在对付这种体积和吨位比较小的船只的时候威力也是足够的，因此五艘军舰一起开火，很快就将清军放出来的火船一个个的打掉了，清军在船上装备的火药这个时候也纷纷爆炸，因为船只都是连在一起的，所以一艘货船倾覆沉没之后会形成很大的阻力，使得其他火船的速度也跟着下降，以至于后来大部分的火船都被打掉的时候，火船几乎就停了下来，再难威胁到中华军的舰船了。。