吕布兼领兵部尚书，不过他这个兵部尚书并不是一帆风顺就得到手的。
自从吕布倡导的全民皆兵制度开始实施以来，兵部开始兼管各地郡兵、县兵、乡兵，这些郡县兵虽然没有吕布的中央军精锐，战力跟其他诸侯的战兵却也不相上下，有许多世家人物为了壮大自家的势力，动用各种关系，想坐上兵部尚书的宝座。
当然那些世家人物知道吕布是首倡全民皆兵，吕布所掌握的中央军是各地郡县兵的教导军，吕布做兵部尚书应该是当仁不让，他们就让家族在朝廷的官吏在其他内阁辅臣面前诋毁吕布，说吕布既掌中央军，又掌兵部，邺城朝廷的兵权全归吕布所有，吕布势力大了，原没有野心也会变得有野心，没准就会成为董卓第二，一时之间，那股谗言使得“董卓第二”成了吕布的代名词。
当时吕布还身在河东，卢植等内阁辅臣被那些谗言所动，重新对吕布产生了质疑，他们便乘着吕布不在邺城的机会，想委任尚书令黄琬的族弟黄祖为兵部尚书。
黄祖虽然在演义上出场不多，形象很猥琐，但他在这个历史上，因为是江夏安陆世家大族黄家的子弟，是一代名臣黄香之后，虽然他能力一般，但经过家族的刻意宣传，三十多岁的黄祖“深通武略”的虚名已经名扬荆州乃至冀州，黄祖从江夏投奔成为尚书令、内阁辅臣的族兄黄琬，黄琬顾及家族利益，便刻意扶持黄祖上位，却不管黄祖的实际能力跟吕布比起来有天地差距。
内阁的任命书呈递给太后审阅盖上玺印的时候，太后何莲凤颜大怒，怒斥黄琬：“你身为尚书令，想委任你族弟黄祖为兵部尚书，难道内阁是你黄家所开？！你们江夏安陆黄家莫非想做皇家不成？！”
何太后这样怒斥，黄琬连忙趴伏在地，一个劲地叩头谢罪。
何太后之所以凤颜大怒，是因为吕布只是提议改组尚书台，真正参与改组的正是尚书令黄琬，黄琬等人把尚书台改组成内阁，架空了皇室的部分决策权，何太后并不甘心失去手中的权力，便借机发飙。
太傅卢植也一直觉得黄祖是徒有虚名，将略寻常，无法执掌兵部，只是碍于老友面上，没有反驳，现在看何太后不同意，他便问道：“太后属意何人执掌兵部？”
何太后冷冷一笑道：“首倡全民皆兵的是吕布，首倡改组内阁建立兵部的是吕布，最有能力统帅天下兵马的是吕布，本宫最信得过的武将是吕布，他现在在河东郡与董卓麾下大将杨定、南匈奴于夫罗鏖战，为了朝廷安危抛头颅洒热血，你们却把他刻意忽略，你们扪心自问，是否有愧？！”
杨彪颤声道：“太后，吕布已经执掌了朝廷最精锐的中央军，若是再通过执掌兵部进而执掌天下郡县兵，那朝廷的兵权可全归吕布所有了，吕布原本可能没有野心，可当他势力大了，有能力问鼎至尊宝座了，野心自然也会萌生出来，没准他就会成为第二个王莽，第二个董卓，请太后熟思之！”
何太后一拍凤椅：“杨彪，你们弘农杨家还有许多子弟身在弘农，为董贼卖命，你们杨家为了保证家族利益，首鼠两端，有何资格来说赤胆忠心的吕布！若非吕布，我与天子皆死于董卓之手，吕布有再造社稷之功，你们对朝廷立下的功劳敢跟吕布相提并论吗？！吕布得到今时今日的权力地位，全是他一戟一戟打出来的，而不是像你们这些多半靠着父辈荫蔽而来的！本宫把话说在这里，便是你们这些世家大臣们都背叛本宫，吕布也不会背叛本宫！”
在宫中当值的王越、吴崇等人皆抽出兵器，对杨彪等人怒目相向，杨彪这才意识到，他们身在邺城，在这里不论是皇宫还是邺城外围，守备兵马全是吕布的嫡系，他们若再强行把原本该属于吕布的兵部尚书夺走，他们这些世家大臣怕是立刻会被忠于吕布的将士袭杀。
这些世家大臣胆小如鼠，他们迫于太后和中央军将士的压力，任命吕布为兵部尚书，但他们为了限制吕布的兵力，在兵部的职责里特别强调，兵部对郡县兵只有管辖权，并无指挥权，能够指挥郡县兵的只有各级郡尉、县尉。
吕布对那些世家大臣如此用心良苦的画蛇添足一笑置之，郡县兵在战争中大部分时候都属于从属地位，一旦战争爆发，中央军军务院和兵部就有临战的指挥权，拒绝被指挥的郡尉、县尉只会落得身首异处的下场，更何况这些郡县兵的教官几乎全是中央军将士，这些郡县兵根本无法脱离吕布的掌控。
吕布想到自己这个兵部尚书得来的缘由，眼神里泛出一阵冷厉，扫视了黄琬和杨彪一眼，这些世家大臣在对付董卓的时候跟自己一心是自己的盟友，但在争取内部权力的时候他们却是自己的敌人，等到天下初定之际，这些世家大臣值得留下来的恐怕不多，不肯为了国家利益而放弃家族利益的世家大臣都不值得留在朝廷留在世上。
黄琬回顾完内阁六部改组的过程，并未留意到吕布眼神里转瞬即逝的寒光，笑问道：“奉先公，不知您为何旧事重提，让我回顾尚书台改组为内阁六部的过程？”
吕布努力把自己心里对这些世家大臣的反感压制下去，毕竟他还要利用这些德高望重的世家大臣的影响力去吸引天下士人，去打击那些敌对诸侯，在这些世家大臣可被利用的价值没有榨光之前，吕布不准备跟他们交恶，除非他们主动交恶。
吕布微微一笑道：“尚书台经过这么一改组，每个部都增加了不少职责，也增加了不少有司，增加了不少官吏，分布在各个部司的官吏都需要有一个确定的官秩，自然还是按照俸禄来确定官秩，但每个部司的官吏跟下面州、郡、县官吏协作的时候，如何区分他们的官职大小，如何确立地位尊卑？”
黄琬一愣，跟其他辅臣面面相觑：“用官秩不就可以区分官职大小，确立地位尊卑了吗？”
吕布朗声笑道：“内阁六部位高权重，可按照朝廷旧制，尚书令秩千石，尚书仆射秩六百石，六部尚书秩各六百石，以秩来论尚不如一郡太守，可以官职大小、地位尊卑而论，远胜之。”
听吕布这么一说，内阁辅臣以及六部尚书侍郎们都陷入了沉思，以前的天子那么设置尚书的低秩，是凸显尚书的位卑权重，便于控制，而现在内阁已经改组了，尚书位高权重，再沿用原来的秩很不合时宜。
黄琬轻轻一笑道：“建议朝廷把尚书令、尚书仆射、六部尚书的秩做一番修改，不就可以了吗？”
吕布猛地摇摇头道：“尚书令，您难道觉得，一个官位的尊卑大小仅仅靠俸禄就能确定的吗？有些官位是清贵显官，比如宗正，只是身份的象征，对朝廷并未做出多大贡献，朝廷却需要养着他们，你觉得应该给他们丰厚的俸禄吗？有些官位对朝廷贡献很大，比如户部郎中，但因为各种原因，那个官位就无法清贵显要，难道不应该给他们丰厚的俸禄吗？我觉得，我们应该出台一个标准来衡量官职地位，把官职高低与薪俸多寡分开。”
黄琬等内阁辅臣都领悟到吕布的意思，便笑问道：“奉先公，请细述端详。”
吕布便把后世一千多年通行的九品官制说了一遍，不过为了跟军中将军、校尉、都尉、武士二十级军衔相对应，又因为吕布甚为讨厌那个九品中正制，所以他提出了十品官制，每一品分为正、从二级。
正一品，有太傅、太师、太保、大将军、州王爵；次一品有太尉、司徒、司空、车骑将军、骠骑将军、诸四征镇大将军、尚书令、郡王爵。
正二品，有诸四安平大将军、四方将军、左右仆射、太子少傅、太子少保、郡公爵；次二品有尚书、侍中、光禄大夫、诸征镇安平将军、九卿、司隶校尉、御史中丞、持金吾、将作大匠、大长秋。
正三品，有各部侍郎、州牧、龙骧将军、虎贲将军、辅国将军、度辽将军、城门校尉、县公爵等；从三品有大州刺史、州将军、建威、建武等建振奋扬将军等。
正四品有州刺史、四方中郎将、羽林中郎将、虎贲中郎将、诸护夷中郎将、县侯爵等，从四品有州丞、典农中郎将等。
正五品有鹰扬、折冲等杂号将军、大郡国太守相、大郡国校尉、乡侯爵等，从五品有郡国太守相、郡国校尉、给事中、太学博士、国子祭酒、典农校尉。
正六品有尚书左右丞、尚书郎中、秘书郎、侍御史、奉车都尉、驸马都尉、诸博士、公府长史司马、骠骑车骑长史司马、廷尉正监评、诸护军、司盐都尉、亭侯爵；从六品包括骠骑、车骑、卫将军府从事中郎、四征镇公府从事中郎、公车令、大县县令、大县县尉。
正七品有县令、县尉、诸军长史司马、护羌戎蛮夷越乌丸中郎将长史司马、诸军诸大将军正行参军、门下督、典农都尉等，从七品有部曲督、大县县丞、议郎、诸公府掾属、门下郎等。
正八品有四平四安将军长史司马、三品四品将军正行参军、郡国太守相中丞长史、县丞、州郡国校尉司马，从八品包括五品将军长史司马、县主薄、县功曹、乡令、乡尉、乡傅等。
正九品，有乡丞，从九品有乡佐、乡主薄等。
正十品，有亭长、亭尉等；次十品，有亭丞、里长等。