1294年英法两国爆发战争，为拓展财源，腓力四世违背誓言和古老传统，而昧着良心向神职人员征税，并警告说如果不交税，那么你的教会财产将被扣押，这严重触犯了教会的利益和权威，腓力四世与教皇的矛盾明朗化。
和其很多前任一样，卜尼法斯八世顽固的坚持教皇至上论，他于1296年2月颁布了著名的教谕《教士不纳俗税》。
“没有教皇授权，国王不能向任何神职人员或教会财产征税，如果有神职人员非法交税，那么他将被停职，如果是主教将被免职，非法征税的统治者会被开除教籍，他们的国家禁止一切宗教活动。”
教谕的措辞强硬，但教皇并未点名抨击腓力四世，原因在于教皇需要腓力四世支持其在西西里晚祷战争中的利益，交战一方的查理二世是腓力的支系叔叔。
1296年8月法国国王痛下杀手，以处于战争（与英国）时期为由，禁止教会的收入流出法国，同时驱逐在法国的外国银行家。
因此教皇最重要的资金来源被切断，此刻他偏偏需要钱来化解西西里危机，卜尼法斯不得不稍作妥协，发布了一个教谕表明教皇不会禁止神职人员在必要的情况下帮助法王，教谕重申腓力必须遵守《教士不纳俗税》，并暗示与教皇作对是不明智的。
卜尼法斯八世接连遭遇不利局面。科隆纳家族的死对头枢机主教奥西尼（奥西尼家族也是罗马的望族）、西西里战争的盟友查理二世都对教皇的意大利政策表示不满，同时卜尼法斯的西西里斡旋也告失败。
面对内忧外患，教皇写信给腓力的口气一封比一封柔和，教皇发布新教谕声明：《教士不纳俗税》暂不适用于法国；腓力可以在他认为必要的情况下向教会征税。
1297年8月，教皇追封腓力四世的祖父路易九世为圣徒（圣路易），1298年英法战争的停战仲裁过程中，卜尼法斯也是一味取悦法国，教皇和法王的第一轮较量以前者失败告终。
教皇的意大利死敌科隆纳家族没有息事宁人，1297年5月，斯特法诺.科隆纳抢劫了教皇运往罗马的财物，卜尼法斯大怒，科隆纳家族同意归还财物，但拒绝交出嫌犯。
科隆纳家族的两位枢机主教还掀起了一轮轮针对切莱斯廷退位合法性的强烈质疑，断言教皇选举不合法，指责教会买卖教职。
卜尼法斯将科隆纳全族革除教籍，同时召集十字军攻击后者的领地和最坚固的城堡帕莱斯特里纳，1298年10月，科隆纳家族投降，全体成员跪在教皇面前祈求宽恕，后者仍然下令将帕莱斯特里纳夷为平地，并在土壤里撒盐，就如同当年罗马军队占领迦太基城的所作所为。
但丁在《神曲》地狱篇里痛斥卜尼法斯的暴行，将其打入第八层地狱，两位枢机主教和部分家族成员越狱逃往法国投靠腓力四世，卜尼法斯的两个死敌联合起来。
1300年2月22日，卜尼法斯八世宣布本年为圣年大赦，这是基督教历史第一个大赦年，大获成功，有二十万人前往罗马朝圣，教皇的宗教权威得到巩固，朝圣活动也给教廷带来意外之财。
卜尼法斯八世之后的教皇把大赦年当作敛财工具，克雷芒六世于1350年举行了一次，他之后，大赦年从50年缩短为33年一次。
第一次较量结束以后，教权与王权再次进行了第二轮较量。
1300年前后，虽然也有摩擦，但教皇和法国国王的紧张关系趋于缓和，法国国王甚至派军帮助教皇平定佛罗伦萨和西西里叛乱，但两人关系再次破裂的导火索是1301年夏天腓力逮捕了一个法国主教，这位主教被控叛国和异端邪说，在国王法庭受审，腓力的行为严重违反了教会法——只有教皇才能审判主教。
1301年12月教皇要求立即释放主教，并号召法国的主教们到罗马组成一个委员会，审查法国的宗教和国王政府的问题。
卜尼法斯同时写了一封机密私信给腓力，信中再次申明教皇与国王的关系：国王对教皇的不敬是不可理喻的，是无信仰的预兆。
结果这封信被腓力的首席顾问皮埃尔.弗洛特篡改而且公开，信件里教皇气势凌人，肆意打压国王的传统封建权力。
1302年4月，腓力四世顺势召开了法国历史上第一次三级会议，煽动起全国的反教皇运动，卜尼法斯意识到信件是被弗洛特扭曲，怒骂后者道德败坏，并预言其不得善终，结果一语成谶，教皇同时警告法王——他已处在灾难边缘，而此时腓力四世的确面临棘手的佛兰德斯人叛乱。
法国东北部的佛兰德斯地区是欧洲的纺织业中心，极为富有，佛兰德斯从英国进口羊毛，因而与其关系密切，并常与后者结盟对抗法国。
1302年7月11日的金马刺战役，佛兰德斯训练有素的步兵占据有利地势，一举击溃法国重装骑士为核心的军队，参战的皮埃尔.弗洛特身亡。
早在1300年法国与英国重启战端，在弗兰德斯与英国的两面夹击下，局势对法国极为不利，因此腓力四世向教皇妥协，他派特使参加在罗马的主教审查委员会，全面承认卜尼法斯八世的合法地位。
教皇也做出相应的姿态，表明不会对腓力四世施以逐出教会的绝罚，不过这样的姿态在腓力四世看来更像是威胁。绝罚是教皇的杀手锏。
最成功的一次绝罚是在1077年，被革除教籍的神圣罗马皇帝亨利四世亲赴意大利的卡诺莎城堡，在冰天雪地里站了三天，恳请格里高利七世宽恕。
1302年8月，在教皇的斡旋下，西西里晚祷战争各方终于签订和平协议，解决这个心头大患后，卜尼法斯于1302年11月18日，发布了教会史上最著名的诏书《一圣教谕》。