在人族都城陈都的北方十数万里外，有一个中型的人族部落，名有熊，在姬水附近，部落首领名叫少典，他的两个夫人，一个叫女登，一个叫附宝，乃是一对姐妹。
有一天晚上，附宝见一道电光环绕着北斗枢星，随即那颗枢星就掉落了下来，附宝由此感应而孕。
附宝怀胎二十四个月，生下了一个孩子，便是轩辕黄帝了。轩辕刚刚出生，广成子便是来到了有熊部落，正式收轩辕为徒。此子是天生的道胎，是一块修道璞玉，为了方便教导他，广成子便直接在有熊部落住了下来。
时间过得飞快，轩辕也是在广成子的教导下慢慢长大，在其十五岁时，就已经开始帮助其父亲少典处理一些部族之事了。广成子遂要求轩辕白天帮少典治理部落，到了晚上再来跟自己修行。
渐渐成人后，轩辕已是将部落打理得井井有条，有熊部落的发展也是蒸蒸日上。少典见状，便以自己年老，精力体力不足为借口，将族长之位让给了轩辕。
有熊部落在轩辕的带领下渐渐的发展壮大了起来，附近部落听闻他是修士仙人之徒，更是一大贤之人，于是纷纷举族投入了轩辕的麾下。随着有熊部落发展壮大为一个强大部落，轩辕之名也开始在人族传播开来了。
当时人族田地广阔，耕作无数，因为经常不能划分好是谁的土地，而引起争端，轩辕在一番苦思后，遂以步丈量分配田亩，将部落里的土地合理分配，协调劳作，从而使得耕作更加细化有效，粮食大大增产。
在粮食充足的情况下，轩辕又根据所学开始大力训练军队，严格治军，使得有熊部落的军队战力大大提升。
轩辕素有雄心，有感人族部落分散，常有争斗内耗，遂决定行王霸之道，一统人族。所以在有熊部落军队战力提升之后，就开始了对外扩张，凭借着过人的修为和领军能力，很快便是整合了北方大半的人族部落。
此举引起了很多部落的不满，他们没有信心对抗轩辕，于是告状告到了人族共主神农氏那里。
神农氏也觉得轩辕的举动太过放肆了，遂联合支持他的众多部落联军欲要与轩辕一战..
双方几番交锋后，没占到什么大便宜的神农氏，佩服轩辕治军和领军能力的同时，有感那些支持他的部落首领实则都是为了各自私力，人心不齐，慢慢认可了轩辕的做法。
正所谓不打不相识，神农氏和轩辕很快达成了共识，双方罢兵休战，神农氏决定将人族共主之位传于轩辕。
那些有私心的部落首领虽然心中不愿，可却无法违抗神农氏的命令，毕竟他们难以改变整个人族更多有识之辈的决定，轩辕的崛起已是大势所趋。
与此同时，在洪荒西南的大部落九黎部族中，蚩尤诞生成长了起来。拥有巫族的血脉的九黎，一向不服人族管理，信奉巫修，加上巫族剩下的几位大巫的支持，同样修炼到了大巫层次的蚩尤，遂决心通过征战杀伐一统洪荒人族，到时巫族也可跟着兴盛起来，占得人族高位，甚至他蚩尤成为人族共主，得到人皇之位。
在九黎通过杀伐扩张壮大起来时，在陈都，神农氏有感自己功德圆满，正式将人族共主之位让给了轩辕。
地皇归位，教导神农氏的玄都，以及其间帮助过神农氏的孔宣，都是得到了些功德，孔宣更是收了神农氏的女儿女娃为弟子，修罗一脉也终于算是有了一位三代弟子了。
九黎部落，蚩尤在得知轩辕继承人族共主之位后，认为时机已经成熟，如今轩辕刚刚成为人族共主，根基不稳，正是九黎起兵的好机会。
在蚩尤的带领下，尤其是一些巫族强者的加入，令九黎大军战力强大，所向披靡，几乎不可抵挡..
得知九黎起兵，已是接连攻破收服了不少人族部落，轩辕大怒，遂亲自领兵出征。九黎虽强，但他背后也有广成子，还有玉鼎、慈航、清虚等几位师伯，甚至有修罗一脉这个大靠山，岂会怕了早已衰落的巫族呢？
轩辕与蚩尤战于逐鹿，九黎大军凶悍，因有巫族血统，力大无穷，多有能生撕虎豹的勇士，轩辕的军队虽然精锐，一开始也是连连受挫落败，以至损兵折将。
军队不如人家精锐，这可怎么办？广成子他们虽修为高深，总不能直接出手去屠戮九黎大军啊！
正踌躇无奈时，玉帝派西王母弟子九天玄女下凡，传授了轩辕兵书战阵之术，其中包含了训练天兵之法。轩辕研究之后，重新训练军队，很快便是让麾下大军战力提升，借助战阵和兵器之利，总算是勉强能够对抗得了九黎大军。
多番交战后，见奈何不了轩辕的蚩尤，遂下令摆下玄阴大阵，此阵法阴毒玄妙，乃是巫族传承下令。蚩尤又有风伯雨师两位大巫相助，顿时让轩辕头疼不已。广成子等，以及九天玄女，也都奈何不了那玄阴大阵。
好在后来修罗一脉最擅长阵法一道的云霄仙子前来，探出了玄阴大阵的门道，指点广成子等人破阵，大败九黎大军。
玄阴大阵被破后，广成子等大战蚩尤和风伯雨师，哪怕三人尽皆都是大巫，面对有着厉害灵宝在手的广成子等人，也没能占得了什么便宜，甚至还吃了些亏，关键时刻九凤现身将蚩尤他们救走。
血海修罗殿中，看着面前悬浮的煞气逼人的屠巫剑，目光闪烁的修罗老祖突然有所感应，抬头看着在殿内身影凝聚浮现的后土娘娘，不禁挑眉有些意外道：“难得啊！后土娘娘今日怎么有暇来我这儿啊？”
“屠巫剑？”看到修罗老祖面前悬浮的那柄散发着浓郁煞气和凌厉气息的屠巫剑，秀眉微蹙的后土娘娘，不由目中闪过了一抹伤痛复杂之色：“我此来，乃是为了求老祖，让我巫族保留一些元气吧！”
修罗老祖听了却是不置可否：“娘娘，你此话不该来对我说的。非是我要对付巫族，而是巫族不甘寂寞，欲要阻止人皇归位，逆天而行，终究会落得个惨淡下场的。”
“不过娘娘放心，此番我只为轩辕证道，至于巫族，既已渐渐和人族融合，人族是不会将其赶尽杀绝的，”修罗老祖转而又道：“后羿身为巫族大巫，消失得悄无声息，娘娘莫非以为我不知道他去了何处？还有刑天，他真的死了吗？娘娘为了巫族，也真是费尽心思啊！”
闻言神色变幻，目中闪过了一丝复杂之色的后土娘娘，则道：“希望老祖记住今日对我的承诺。”
待得后土娘娘说完身影消散离去，伸手轻拂过屠巫剑使得剑上煞气内敛的修罗老祖，这才将真武喊来，吩咐他将屠巫剑送去逐鹿，交到轩辕的手中。
另一边，蚩尤可不是轻易服输的人，逃走之后，很快便是召集九黎大军再次杀了回来。这次，他没有和轩辕硬拼，而是让风伯雨师操控风雨，欲要借助自然之力征服轩辕的军队。
九天玄女随即召来天上的女魃让风消雨止，又让应龙蓄水淹没蚩尤大军，再次打败蚩尤..
蚩尤帅九黎大军败逃，轩辕帅军追击，没想到九凤和雨师联手做法，弄出了大雾..