1945年8月15日日本投降时，荷属东印度群岛的军事职责落到了东南亚统帅部身上，但是就这个区域的大部分地方来说，东南亚统帅部接受该地区的职责只不过是一个月以前的事。
这个统帅部在1943年开始成立时，东印度群岛中唯一划归这个战区的一部分是苏门答腊。
荷兰在东方的其余领地都划归麦克阿瑟将军的西南太平洋司令部下面的太平洋战区。
然而，在1945年7月的波茨坦会议上，参谋长们把对整个东印度群岛的职责移交给东南亚统帅部——尽管据说荷兰提出反对，其理由是美国长期以来准备控制该地区，而英国则没有准备。
结果是，日本出乎意料地突然投降，使东南亚统帅部拿不出任何现成的计划来履行其新的职责。
不仅如此，日本的投降迫使这个统帅部马上在军事上重新占领几乎整个东南亚，而他们过去认为，重新占领得通过军事行动，要在十二个月内逐步完成。
然而现在的情况是：不仅印度尼西亚，而且马来亚，泰国，印度支那和缅甸的一部分都要立即予以占领。
这样，日本的突然投降使得东南亚统帅部陷入了极大的窘境。
除了由于筹划和调遣必需的军队去占领东印度群岛的问题而引起的耽搁外，在9月2日东京正式接受日本投降之前，在这群岛上也不可能做出什么切实有效的事
。
虽然七个同盟国军官于9月8日空降到爪哇，以便就当地形势提出报告，但是直到9月15日，东印度群岛代理副总督普拉斯博士才乘坐英国船坎伯兰号到达巴达维亚的港口丹戎不碌。
直到9月29日，首批军队才登陆。那天，一个连的英国步兵上岸，但荷兰军队尚未在现场露面。
这时，印度尼西亚共和国已经成立。
自8月7月日本人最初提出投降到15日最后投降这段时间中，日本人同意印度尼西亚独立。
在此鼓舞下，苏加诺博士和哈达博士于8月17日在巴达维亚宣布了共和国的诞生。
第二天，曾由日本人于1944年4月赞助成立的独立筹备委员会通过了共和国宪法。
这一文件的序言强调印度尼西亚的统一，而且第一条就宣布印度尼西亚是一个单一的国家。
实际上，共和派人士的目的是要建立一个把整个原荷属东印度群岛归于一个政治结构的国家。
国家元首将是由人民协商会议选举产生的总统，政府的实权将授予总统。
因为协商会议虽然被称为权力机关，但它每五年才召开一次正式会议。
将有一个年阁和国务会议协助总统工作。另外还有一个人民代表会议。
不过国务会议和人民代表会议只有在一项补充的法律颁布后才能成立，在未成立期间，总统在一个全国委员会协助下行使它们的权力。
结果是：权力将掌握在总统和由他本人任命的内阁手中，而由印度尼西亚全国中央委员会协助并监督，这个委员会是按总统的法令产生的，并于1945年10月被授予立法权。
这个委员会的委员由各政党提名。这样，名义上的宪法仅仅部分得到实施，但是这个文件体现了共和派领导人的政治主张和他们想建立一个包括整个印度尼西亚群岛在内的独立的全民族共和国的决心
。
作为一个临时性措施，第一任总统由筹备委员会选举，这个委员会选出了苏加诺博士为总统，哈达博士为副总统。
筹备委员会还拟定了国家行政方案，在很大程度上恢复了日本占领前所实行的制度。虽然印度尼西亚人替换了荷兰的地方长官和其他官员。因而当英国军队第一次到达巴达维亚（印度尼西亚人称它为雅加达）时，共和国已经成立，并已在某种程度上治理国家。
同时，许多荷兰侨民仍然留在集中营里，他们原来是战俘或被拘留的平民。
到那时为止，唯一的变化就是看管他们的不是日本卫兵而是印度尼西亚卫兵了。
可以看到，东南亚统帅部的处境是很不轻松的。它占领印度尼西亚的首要目标，就是要解除估计近三十万日本军队的武装，并把他们遣送走。其中大部分人是在爪哇和苏门答腊，还有小批部队分散在其他岛上。
另外一个紧急任务就是要释放和救济估计近二十万名战俘和被拘留的平民。如果印度尼西亚人把英国军队看成是把自己从日本暴政下拯救附来的解放者，并希望尽快恢复战前情况，因而英国军队受到印度尼西亚人欢迎的话，英国人的工作就一定会简单得多。
但印度尼西亚人对待英国人根本没有这样一种感情。此外，英国军队实际上面临的政治局势，似乎是完全出乎意料之外的。
荷兰人对其殖民制度的成就感到应有的自豪，并确信他们在东印度群岛执行的使命，使印度尼西亚人和他们自己都感到满意，因而他们想重整旗鼓，继续他们在1942年中断的事业。
再则由于把这地区移交给东南亚统帅部的时间较晚，司令部缺乏情报，以致不能预见到其他情况。
因此共和国的出现产生了一个完全意想不到的因素。很明显，在那个时期，如果说东印度群岛存在着一个政府的话，这个政府就是共和国政府。
从日本人投降到首批盟军到达的六个星期中，日本人允许共和派完全控制这个国家。
尽管日本人有责任继续控制这个国家，直到盟军来接管为止，但是他们把所有的公用事业，如广播电台、铁路、邮政电讯、电话和发电厂，都移交给印度尼西亚人，这样，整个行政和经济机构就转到了共和派的手里
。
日本人违反了投降条款，把大量储备的武器和其他军事装备交给了受过日本人训练的青年运动人士，这些人就暂时成了国内除日本军队外的唯一的军事力量。
这样，共和国的实力地位也大大加强了，特别是掌握了无线电台，使它有很大的有利条件在全世界进行宣传。
确实，共和国的实际控制权并没有超出爪哇、马都拉和苏门答腊部分地区。
虽然独立运动已经扩展到其他岛屿，其力量相对来说还比较薄弱，然而共和国是当时存在的最近似政府的机构，盟军司令除了和它谋求合作以外，很难找到其他途径。
如果把共和国撇在一旁，而想在这个时期恢复荷兰人的统治，那一定会引起很大的反感。
事实上，共和派向盟军司令提出警告说，任何荷兰军队登陆都将遭到武力抵抗。
荷兰人事后认为，如果当初在巴达维亚立即使用一点武力，可能在解决问题时对他们有利，但在此时此地，一种相反的意见占了上风，即认为推翻唯一现存的政府可能会引起混乱，这会危及盟军想营救的内地的欧籍战俘和被拘留者的生命安全。
他们还认为，要是结果爆发一场内战的话，战俘和被拘留者的处境确是很危险的。
更有一种考虑是，对日战争当时已经结束，盟军已无热忱投入新的完全非意料所及的战斗，而且，这种军事行动会招致一场内战的种种恐怖。
此外，当时意识到，内战的爆发会妨碍印度尼西亚经济的恢复，而这点对世界其他地区都是非常重要的。
战前，荷属东印度群岛生产的奎宁占世界出口的百分之九十，木棉占百分之七十五，胡椒占百分之八十，橡胶占百分之三十七，还有相当数量的椰子树产品、油棕树产品、茶叶、锡、咖啡和糖，这些物资供应的中断正在造成严重影响。
因此，当时采取的方针是促进荷兰人和印度尼西亚共和派人士之间的谈判，以期和平解决争端。