由于印度尼西亚国内和荷兰国内都发生混乱，谈判被推迟下去。
在印度尼西亚，由老革命家陈－马六甲领导，在6月29日发动政变，沙里尔被绑架，接着是一场大混乱。
但是苏加诺重新掌握了行政控制权，宣布国家处于紧急状态，发动政变的首领都被抓了起来，沙里尔获泽。
与此同时，在荷兰正在举行普选。
从5月21日内阁辞职之日起，到7月2日新的天主教—工党联合内阁组成，这一段时间内，印尼局势的解决不可能有任何进展。
天主教党有强有力的代表权的一个荷兰政府的组成，并没有使荷兰对印尼的政策立即发生改变
。虽然它对以后的发展有一定的影响。
范穆克现在受权执行1946年2月10日的计划。
虽然荷兰人在共和国所控制的那些地区无法进行活动，但在群岛的大部分地区，执行他们的政策没有遇到阻碍。
现在有相当数量的荷兰部队已到达印度尼西亚，在爪哇、苏门答腊和马都拉以外的地区负起了军事责任，没有遇到多少抵抗。
但在这三个岛上，则仅据有桥头堡，并在这些岛屿的每岛周围经常发生敌对行动。
由于荷兰军队的到来，英国军队于5月份开始撤退。
到7月13日，在除了爪哇、苏门答腊和廖内以外的所有地区，荷兰军队和荷兰殖民军已取代了英国军队。
在爪哇，几乎每天出现同共和国游击队的零星冲突，英国军队早已把泗水、三宝垄和万隆移交给荷兰了。
撤离拘留者的工作也取得了很大进展，根据同印度尼西亚共和国的协商，在爪哇中部的日本投降人员已置于盟军的控制之下。
除爪哇、马都拉和苏门答腊之外，荷兰正在有效地行使着权力，范穆克并能在7月16日在望加锡附近的马利诺召开一个大会，由来自婆罗洲、西里伯斯、摩鹿加群岛、小巽他群岛、邦加、勿里洞和廖内等地的代表参加。
爪哇和苏门答腊被排除在被邀请名单之外，理由是那些岛上的局势使人们不可能自由地表达他们的意愿。
另一方面，共和派人士则认为，那些参加会议的代表只不过是荷兰的傀儡，范穆克这次行动的幕后意图是要建立一个敌对组织，以便使人看来印度尼西亚共和国不是印度尼西亚民族主义唯一的代表。
虽然参加马利诺会议的成员是由地方委员会或议会挑选产生的，但看来荷兰当局确实对候选人行使了某种形式的否决权。
马利诺会议主张建立一个联邦国家，取名为－－印度尼西亚合众国，由四个成员国组成，即爪哇，苏门答腊（显然包括邦加、勿里洞和廖内）、婆罗洲和大东（即西里伯斯、摩鹿加群岛和小巽他群岛）
。
印度尼西亚合众国为建立政府机构，还需要有一段同荷兰王国合作的时期，如果没有这样一个阶段，印度尼西亚合众国就不可能就荷兰和印尼未来的关系应在什么基础上继续发展这一问题作出一个自由和独立的决议。
同时，荷兰和印度尼西亚合众国间还需要有持久的、自愿的作。
会议并同意婆罗洲和大东的代表应该参加将来同共和国政府进行的任何谈判。
婆罗洲、大东、邦加、勿里洞和廖内将成立一个总政府委员会，准备宪法改革的措施。
这些建议后来于1946年10月1日在槟港由主要少数民族即欧洲人、华人和阿拉伯人的代表召开的会议上得到批准。
遵照在马利诺定出的原则，于8月24日成立了一个婆罗洲和大东问题谘询委员会，该委员会由六个负责政府各部门的荷兰人和七个印度尼两亚人组成。
10月3日，谘询委员会决定，婆罗洲和大东两邦，在与爪哇和苏门答腊达成协议之前，应有自己的中央组织。
因此，共和派不仅面临着建立一个把苏门答腊从爪哇分割出去的印度尼西亚联邦的建议——这个建议是与他们的论点即苏门答腊和爪哇是一个共和国的不可分割的部分这一原则相违背的，而且还面临着一个萌芽中的联邦制度的形成，而这个联邦是共和派目前无权参与的。
很明显，荷兰鼓励成立许多小型的政府单位而不赞成统一的自治的印度尼西亚的政策，是投合大多数外省头面人物的心理的。
但是。虽然荷兰的政策可以被认为是企图分割和削弱民族主义运动，也应看到，参加马利诺会议的各地区的代表们无论在当时或以后都并不是盲目追随荷兰的主张的。
即使在马利诺，人们也批评荷兰的战前经济政策，并通过决议，要求把爪哇银行收归国有，结束荷兰皇家轮船公司对岛屿之间的航运业的垄断。
马利诺会议以后不久，在8月13日，沙里尔重新行使其共和国总理的职权
。
这时为了吸收一些马斯友美党的成员进入共和国内阁，内阁进行了改组。
虽然马斯友美党人的加入，毫无疑问是有利于共和国的统一事业的，但是他们反对荷兰的倾向，对同荷兰政府达成协议来说，却是一个新阻碍。
再则，荷兰与印度尼西亚武装部队在爪哇和苏门答腊继续发生摩擦。
为了报复盟军的进攻行动，印度尼西亚共和国于7月24日停止对被拘留者的撤退工作，被拘留者有三万人仍留在共和国手中，结果使得营救工作停顿了两个月。
1946年8月，荷兰议会通过法律，决定设立一个总委员会代表政府，同印度尼西亚共和国谈判，这个委员会被授予很大的权力，它不必象范穆克那样经常需要向海牙请示。
从荷兰派来的总委员会的三个成员，即舍默尔霍恩、前总理范波尔和前荷兰海运公司董事德博尔，于9月17日到达巴达维亚，在那里与另一个成员范穆克会合。
英国政府方面委派它在东南亚的特别专员基勒恩勋爵作为调停人。基勒恩勋爵访问了爪哇，安排从9月27日开始继续撤退被拘留人员。
他同印度尼西亚共和派和荷兰人都进行了讨论，10月间，他主持了由沙里尔率领的共和国代表团和荷兰总委员会之间的会议。
此外，成立了三方面的停战委员会，10月14日，该委员会同意，现有的军事部署应予保持，各个方面的部队不应该增加到超过他们的现有人数，联合委员会在条件可能时，应尽快发布停火令。
实际上，停火令是在11月4日发布的。
政治谈判要求各有关方面具有高度的政治家气派。
共和派现在不得不至少暂时放弃建立单一的印度尼西亚国的任何希望，不得不承认有必要成立联邦，其中大部分外省将组成不同于共和国而与共和国具有平等地位的成员国。
但是他们不准备接受在马利诺会议上制定的原则，即苏门答腊应该脱离爪哇，荷兰人表示愿意承认这一点。