女娲文化演变史上有一个奇怪的现象，许多学者有意无意的曲解女娲性别和身份，让女娲传说变得神秘和矛盾，其中最为啼笑皆非的莫过于把女娲说男性。这种做法在清代最为频繁。
例如清人陈康祺《郎潜纪闻》说:金秦桧门宗伯，奉命祭祀古帝王陵，回奏女娲圣皇，于是陵殿塑个像，村妇女都去祭祀，很惊讶看到听到命令有关部门整顿。奉圣旨照所议行。康祺论断:妇女祭祀，原本属于禁止命令。若说女娲氏是男、是女，那茫茫太古时代，荒幻难考察，百家纪说，更多错误……古书籍大都指向为女身的很多，但是怎么知道这不是互相附会。并且将妇女做为天子，道德正义有违于当今阳刚，恐怕会被后世流传垢弊，就如同唐朝人曾用这贡奉献媚武则天。听说从宗伯奏报后，河南地方官员拟改为男人像，臣的意思也类似不安。据《列子》注说:"女娲是古代的天子。"只有采取他的意思更换形象，装饰是木材为主，而刻写说:"古代皇女娲"，就可以称对正并且典礼也不荒废了。让知礼的清楚本质。
这则笔记反应了多方面的信息:一是清朝妇女地位低下，连祭祀都是骇人听闻的行为;二是女娲是众多妇女心目中有至高无上的神祗，她们甘愿犯禁受罚也要祭祀女娲，女娲信仰已经深入人心。
朝廷强行禁止女娲崇拜，也有不得已的苦衷:妇女祭祀女娲很可能点燃压抑千年的女权激情，进而破坏男尊女卑的社会秩序。
对女娲性别，陈康祺只是怀疑，而赵翼的《陔余丛考》干脆说"有男人而女名者。如帝有女娲氏"同书《女娲或以为妇人》说:女娲，是远古的圣明帝王，上古没有文字，但是用音节呼叫，后面的人因为读音而贴上字，正好得到这个"女娲"二字，当初最早并不是因为她是女人，所以加上这称号的。《风俗通》说:女娲祈祷祭祀上天，为女子婚姻设置行媒从这里开始。《路史》因为这个，记载女娲辅佐太昊，对苍天祈祷，而充当妇女，订正姓氏，职位婚姻，这就是神媒。那么女娲也只系创设婚姻媒人的人，而不能是女子的。于是后人根据女娲的名字，于是有认为女人的。王充《论衡》引董仲舒的说法:久雨不止，就去祭祀女娲。按照董仲舒的思想，因为女娲为古代的女性帝王，男人属阳女人属阴，两股气息(不调)造成危害，所以祭祀女娲以求保佑了。王充又说:现 在一般图女娲大多是妇女的形象。所以女娲被谣言传说是女人，这来历便久了。
赵翼的言论有意曲解女娲性别，没有提供女娲为男性的证据，臆断女娲非女，曲解古文。创置婚姻媒妁就不能是女人--这种逻辑不可靠。他还把已经去世一千六百多年的王充也拉来"佐证"。
不过王充也有丑化女娲之嫌:"久雨不止，祭祀女娲"，在礼节上有什么见地。伏羲、女娲，都是圣人一流，舍弃伏羲去祭祀女娲，《春秋》不说原因。一般画女娲的形象，是妇女的形象，同时又称她为"女"。董仲舒的思想，大概认为女娲为古代的女性帝王。男人属阳而女人属阴，阴气造成危害，所以祭祀女娲求福保佑了。
王充揣测董仲舒祭祀女娲的意图，因为女娲的女性身份造成阴阳不调进而导致干旱灾害，祭祀她的根本目的不为求福而为避害，这里的女娲俨然凶神恶煞，灾祸之源。
曲解女娲传说的做法是改变女娲的身份，设法把她从独立女神降格成依附于伏羲的对偶神。先秦时期就有女娲造物传说，秦汉明确记载女娲炼石补天，虽把女娲和伏羲相提并论，但未说二神有什么特殊关系，女娲神系是独立自主的行为。
到了东汉，《风俗通》让女娲伏羲成了兄妹，唐代的卢仝说"女娲本是伏羲妇"，两人结为夫妻并生儿育女，这种说法看似理所当然，却又与人民广泛接受的传统观念格格不入，女娲既是媒妁之神，亲自制定了"男妇同姓，其生不蕃"的婚姻制度，却又自身"知法犯法";既有抟土造人的本领，也不需依靠兄妹结婚孕育人类。
该是时人已经发现了这个矛盾，晚唐李亢发挥想象，在《独异志》里为二人成婚制造了合理的细节:上天如果让兄妹两人是夫妻，云聚拢;如果不让，云散开。"于是云烟马上就合在一起，妹妹就来到哥哥身边，于是结草为扇，以挡住两人的脸。现 在人们娶妻拿着扇子，就是这样的例子。
需要注意的是这里并没有说"兄"就是伏羲，作者也知道二人并列三皇，强行婚配有伤大雅。况且当代已有伏羲女娲为夫妇的传说，虽然语焉不详读者自然会合二为一，李亢之狡黠可见一斑。用合理情节设置成功掩盖了新作品与旧传说的矛盾，把"娶妇执扇"的风俗附会到女娲身上，成功的把女娲伏羲结成夫妻。
这些学者缘何煞费苦心的曲解女娲性别和身份。丑化女娲是为凶神、变女娲为伏羲妹发生在东汉，正值儒家思想发扬光大，"天尊地卑，男尊女卑"广泛普及的时期，再加上两汉政治一大特色是经常性的太后垂帘，外戚秉政。对女主执政黑暗统治的深刻恐惧使女娲遭受牵连，对外戚秉政的司空见惯又让"二皇"结成兄妹。