亚洲地理的一个显著特色是中亚有一个高耸的区域，人们称之为帕米尔高原，或称“世界屋脊”。起势于帕米尔的大山脉，或多或少都会绵延连贯到大陆的顶端。兴都库什山脉朝西南方延伸，通过阿富汗，直达伊朗高原，在19世纪成为中亚英国政权和俄国政权的大致分界线。在帕米尔以北，天山向东北延伸，然后向东接入蒙古高地。从历史地理的观点来看，也就是说，并非严格遵照自然地理，天山山脉向东北的绵亘，是由阿拉陶山、塔尔巴哈台山、阿尔泰山和萨彦斯克山接续下去的，这样在同一时期就在俄国迅猛增长的势力与中华帝国的领土之间形成了一道分界线。
从帕米尔南部起势的昆仑山脉，向东延伸到中华帝国的心脏，把新疆与西藏分隔开来。喀拉昆仑山也是从帕米尔南部分支，向东南绵延，与昆仑山一起划出了的西藏高原的一大部分。喀拉昆仑山以南是雄伟的喜马拉雅山和印度。在喜马拉雅山、喀拉昆仑山和昆仑山之间那片无人荒漠的某一处，英国的统治足迹未到，而天子的庇荫同样止步。在某种意义上，可以认为帕米尔是19世纪3大强国——英国、俄国与中国的交会点，把亚洲大陆划分为3大块。由于回民运动，清政府的权力在帕米尔到陕西的这一中国板块上消退了，只是因为左宗棠将军在1868－1881年间的天才努力，清政府的权力才得以恢复。
乾隆的军队从蒙古踏着乌兰巴托－乌里雅苏台－科布多这条路前进，控制了天山以北蒙古与巴尔喀什湖之间的大区域，一般称之为准格尔。清军很快就与喀什噶尔的统治者发生了争斗，此人有浩罕王国撑腰。中队征服了整个喀什噶尔，进入浩罕，直达塔什干，迫使浩罕人承认乾隆为他们的宗主。波尔格说，乾隆这次征战动用的兵力为15万人。新疆中部和南部实际上只包括天山与昆仑山之间从帕米尔延伸到罗布泊以东的那个地区。这个地区又叫喀什噶尔。准格尔的北部被划入了塔尔巴哈台县，征服的所有土地取名为“新疆”，意为“故土归新”。这片新领土在北部与俄国与蒙古接壤，在东部与蒙古与甘肃接壤，在南部与西藏和克什米尔交界，在西部与阿富汗与浩罕毗邻。它的面积超过50万平方英里，但其人口即便在1864年之前或许都没有超过300万。
天山从西向东横贯新疆，形成一个分界，把这块土地的大约1/5划分在山北，把它的大约4/5划分在山南。南部叫做塔里木盆地，几乎全是荒漠，边缘散布着一些绿洲，西边和北边较多，新疆中部与南部的居民，就聚居在这些绿洲之内。盆地边缘比较重要的人口中心，从南开始列举，依次为：和阗，叶尔羌，喀什，阿克苏，库车，库尔勒，吐鲁番，以及东部的哈密。从北向南穿过塔里木盆地没有常规路线，只有从东端到西端有常规交通。
天山以北地区分为两个部分，东部，或严格意义上的准格尔，以及西边的伊犁河谷。东部的主要中心为巴里坤、古城、乌鲁木齐和玛纳斯。伊犁河谷极为肥沃，养活了可观的人口。主要城市是老固尔扎和新固尔扎，两城相距约25英里，都在伊犁河边。新固尔扎是乾隆修建的，是整个新疆的行政中心。在造反时期，它的人口约为7.5万。这里驻扎着一支精锐的卫戍部队，它是全国各地官员的著名流放地。直到本世纪（指20世纪）清王朝结束为止，这里一直是罪犯居留地和流放地。
在严格意义上的准格尔，人口由中国回民和蒙古人组成。在伊犁河谷，回民与蒙古人、汉人和满人杂居在一起，其中以回民为主。这里的政府类似于中国内地边缘区域所有特区的政府。
塔里木盆地的居民几乎全是维吾尔人，与更往西去的居民关系很近。在这个地区，清政府通过各个城镇的头人来进行统治。统治者没有试图限定维吾尔人的语言、宗教或习俗，清政府的统治对这些人非常宽松。
从中国内地有两条主道通往新疆。一条是从北京通往甘肃肃州以西嘉峪关长城西端的官道的延伸。这条路从嘉峪关到安西－哈密－吐鲁番－阿克苏－叶尔羌－喀什一线，一直通往西土耳其斯坦的各座城市。还有一条人迹较稀的路线，从安西沿着塔里木盆地的南缘通往和阗与叶尔羌。这就是马可波罗在13世纪访问中国时所走的路线。另一条通往新疆的主道，是从归化和包头出发，前往巴里坤－古城－乌鲁木齐－玛纳斯－固尔扎一线，还可通往西土耳其斯坦。这是大骆驼帮行走的路线。
有两条翻越天山的主道，与这两条东西大道相连。在东边，有一条路从哈密通往巴里坤，再往西，有一条路从哈密通往乌鲁木齐。翻越天山的其他通道非常稀少，而且人迹罕至。事实上，一条大道是沿天山以北延伸，另一条大道是沿天山以南延伸，因此它们分别叫做“北路”和“南路”。久而久之，这两个名称就跟天山以北地区和天山以南地区联系起来了。新疆北部通常称为“北路”，而天山与塔里木河之间的那个地区就叫做“南路”。不论走哪一路，要从中国内地前往新疆，都要经过一片广阔的荒漠，而要在新疆维持一支部队，就成为一个永恒的问题。
当乾隆的军队于1770年前后占领塔里木盆地时，喀什噶尔王国走到了尽头，和卓王族逃到了巴达赫尚，后来在浩罕寻求避难。许多年来，在喀什复辟和卓的希望是渺茫的。大约在1812年，浩罕的统治者停止向北京进贡，这在中亚是一个信号，表明中国的控制正在削弱。这件事鼓舞了觊觎喀什王位的和卓，他们希望重登王位。而浩罕的统治者以各种方式支持他们的要求，只是没敢公开向中国宣战。
在1826、1831、1845和1857年，觊觎王位的和卓在浩罕组织了远征军，成功地在新疆西部发动了小型反叛。这一地区在清政府统治之下繁荣昌盛，居民方面很少有思变的愿望。所以清军不难把部队派往这个地区，并且很快就恢复了秩序。值得注意的是，用于镇压那些叛乱的军队和全新疆的卫戍部队一样，几乎全部是回民。帝国政府一直使用这些回民，他们的忠诚度从来没有遭到怀疑，即便在他们要跟同教中人作战的时候。
由于喀什地区反复发生叛乱，清政府对反叛者的镇压越来越紧，对他们的敌意迅速地在居民中蔓延。1857年的暴乱是由和卓伪王瓦里汗领导的，情况一时颇为严峻。清政府在塔里木盆地各城驻军的办法，是紧邻城镇建立坚固的堡垒，而不是把堡垒建在城镇之内。这些驻军有一个习惯：当紧急情况出现时，他们会缩回堡垒等待援兵。瓦里汗占领了喀什地区的几个城镇，而且似乎越战越强。但是，当驻军的强大援兵到来时，他的追随者们失去了勇气，他的妄想破灭了。
1862年，陕西回民发动了回民运动，很快就波及陕西全省和甘肃全省。它的传播性很强，新疆的回民不久就针对汉人起事。各地驻军中的回民反戈对着他们的老板，见到汉人、满人和蒙古人就会加以屠杀。
首次暴动发生在哈密和吐鲁番，那里的回民攫取了政权。乌鲁木齐和玛纳斯以回民为主，在同教中人的领导下，建立了以他们的先知为首脑的地方政权。
新疆西部暂时还很平静，但是看到东部所有地区的穆斯林从中国官员手中接过了权柄，这里也于1864年发生造反。驻军部队参与了动乱，这里的中国当局很快就消失了。只有在喀什和英吉沙尔中国当局还能挺下来，也许是因为这些地方的军队是满人和非穆斯林中国人。他们缩进堡垒，静观其变。
同一年在伊犁河谷发生的暴动格外血腥，因为这里有一大批非穆斯林居民。新固尔扎城被毁，整个河谷的汉人、满人和蒙古人都被屠杀。不久回民内部发生了内讧，很快战争就升级到白热化的程度。
在塔里木河流域，来自吐鲁番的回民扫荡南路，很快就控制了西至阿克苏的所有地区。在喀什、叶尔羌与和阗，地方派别在争夺主导权，没人试图控制整个地区。吉尔吉斯的强盗头伯克司迪尔在喀什要求控制权，但是遭到激烈反对，他最后送信给浩罕的汗，请他派和卓布素鲁克汗——瓦里汗的堂兄弟，到喀什来僭取王位。