万历三十七年，东林党人和非东林党人的斗争从幕后走上台前，从暗斗发展到明争，双方开始在朝堂上展开恶斗。
这年二月，御史郑继芳弹劾户部给事中工科右给事中王元翰侵占公私财产，“奷赃数十万”。王元翰曾上疏要求起用顾宪成等被罢免的十多名人士，被认为是东林党人，这是他被攻击的真实原因。
郑继芳在上疏的同时，暗中派人对王元翰家进行监视，主要观察哪些东林党人与王元翰往来并防止转移财产。王元翰悲愤不己，把家里的箱子、柜子全部抬到朝廷门口，让士兵搜查，然后恸哭辞朝而去。
非东林党人小试牛刀，干掉了王元翰这个小虾米，于是乘胜追击，屠刀举向了东林党的大鱼淮抚李三才。在东林党的反对者后来编写的《东林点将录》中，李三才名列第一，超过老资阁的首辅叶向高，被称为托塔李天王，可见他是一个不同凡响的人物。
李三才比较有政治手腕，好玩弄权术，擅长拉关系。史书上说他“才大而好机权，善笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下。”共同的兴趣爱好使顾宪成与李三才走到了一起，两人私交甚厚。
万历三十二年八月，顾宪成专程赴淮安找李三才“商议国事”。李三才也为了顾宪成复出奔忙。万历三十五年七月，他上疏建议启用被废弃的官员，其实就是为顾宪成跑官要官。
李三才干着漕运总督的肥差，兜里向来“不差钱”，生活很奢侈，但在生人面前却装得很朴素，以示清廉。有一次他宴请顾宪成，开始双方还不是很熟，饭桌上只有三四个青菜。经过一天畅谈“国事”，双方很投机，引为同志。第二天，李三才再次宴请顾宪成，山珍海味上了一大桌子。顾宪成很奇怪，问道：“昨天就几样青菜，今天怎么这么丰盛呀”，李三才笑着说：“昨天没东西，就上得少，今天偶然有点东西，所以就上得多”。
内阁首辅朱赓退休以后，一直找不到合适的继任人选，万历想让王锡爵复出任首辅，于是派人请他出山，同时给他出了一道考题，题目是：如何对付强悍的言官。年己七十四岁的王锡爵不想再出来招惹是非，十分犹豫，但是对于皇上出的考题，他还是作出了答复，他的答案是：一概留中不发，就当是禽鸟之音。为了防止泄密，王锡爵派自己的家人将信送到朝廷，并交待家人无论如何也不能让任何人见到这封信。
李三才对于朝廷的动向十分关注，此次万历找王锡爵的事情被他得知，虽然他与王锡爵有师生之谊，关系曾经很密切，但政治上却不是一个派系，因此他不希望王锡爵成为首辅。为了弄清王锡爵给万历复信的内容，李三才心生一计。
当信使路过淮安的时候，李三才以叙旧为名请他吃饭，由于是老相识，信使也没有在意，于是欣然赴会。在饭桌上李三才频频劝酒，将信使灌醉，然后打开他随身携带的箱子偷看了信件的内容。
信使走后，李三才便将信件的内容透露了出去，铁齿铜牙的言官们听说王锡爵将他们比作禽鸟，怒火万丈，对王锡爵进行了大规模的口诛笔伐，信使还没有走到京城，弹劾王锡爵的奏疏己经堆满了万历的御桌。
万历对此事并不在意，依然坚持起用王锡爵，然而本来就犹豫不决的王锡爵十分受伤，他无论如何也不愿赴任，甚至连信也不敢再给皇帝回，这样，王锡爵任首辅的事就不了了之。
万历三十七年，内阁缺人。有人建议内阁不应当只用翰林，应当结合地方官员，意在让李三才入阁。李三才作为东林党的骨干，一旦入阁，将对非东林党人构成很大威胁，因此非东林党的官员将其列入黑名单，作为定点清除对象。
其时东林党人员还比较隐蔽，藏在暗处。非东林党官员推测，如果攻击李三才，东林党人必定上疏申救，这样就会使东林党人浮出水面，暴露身份，从而一网打尽。
议定以后，非东林党人开始引蛇出洞，发动了一场围点打援的战役。
工部郎中邵辅忠打响了第一枪，万历三十七年（1609年）十二月，他参论李三才大奸似忠、大诈以直，实际上是一个贪婪、虚伪、阴险、霸道的小人。余党纷纷跟进弹劾，火力很猛。
东林党人不知是计，给事中王绍、马从龙、御使董兆舒等“交章论救”。连身居家乡的顾宪成也憋不住亲自出马了，他写信给大学士叶向高、吏部尚书孙丕扬，为李三才辩护，御使吴亮还将顾宪成的来信“附传邸报中”。
非东林党人看到东林党人势力如此之大，唏嘘不己，火力进一步加大。
由于双方参与的人员越来越多，论战不断升级，李三才事件逐渐发展成为东林党和其反对党之间的第一次大对决。
顾宪成实在是帮倒忙，御史徐兆奎攻击朝廷内有许多官员与削职为民的顾宪成勾结一起，结成东林党，以至于顾宪成以在野之身，遥制朝政。这样，东林党的问题公开化，对东林党人更加不利，最终李三才被免职。
李三才被干掉之后，东林党人和非东林党人继续以京察为主要战场，进行恶斗，双方狗咬狗，一嘴毛。
虽然东林党人有大学士叶向高的支持，取得了一些局部胜利，但从大势上看，东林党并不得人心，逐渐式微，到万历四十二年叶向高离职后，非东林党人的势力彻底压倒了东林党人。到了万历四十五年，浙党首领方从哲当上了内阁首辅，这一年的“京察”中，东林党人受到很大的打击。