自从孙承宗主持辽东之事之后，在朱由校的支持下，政策稳定，士气高昂，整个辽东上下一心。如果在这种情况下，朱由校还命丧辽东，那只能说是天意了。
朱由校的信心是最重要的，他的信心使得全军高呼道：“必胜，必胜！”
“建斗，你看军心可用，此战必胜。朕要在山海关犒赏大军，吾师还在山海关等着朕了，不能让吾师久等。传令，进军山海关。”朱由校大笑道。
“诺。”卢象生此时也是意气风华。
……
五月初六，皇太极以明朝在锦州、大凌河、小凌河筑城屯田，没有议和诚意为借口，亲率数万军队出沈阳，举兵向西，进攻宁远和锦州。五月十一日，抵达锦州，四面合围。
锦州城的是由赵率教镇守的，锦州防务：以副总兵左辅统金国奇为左翼，以副总兵朱梅为右翼，平辽总兵赵率教居中调度，贾胜领奇兵东西策应。
宁锦防线卡在了后金进军的咽喉之上，不打通宁锦防线，后金无法寸进一步。而且皇太极也收到了朱由校巡视辽东的消息，但是他无法直接越过宁锦防线而攻打山海关。
后金突然围城，赵率教准备不足。五月十二日，赵率教派人和后金议和，拖延时间，以待援军。中午时分，皇太极不见赵率教回复，便立刻下令攻城，此时的明军野战不行，但是守城绝对是没有问题，半天的战斗，后金军损失惨重，临近傍晚，后金不得不后退五里扎营。同时皇太极派人去沈阳调集援兵。
五月十三日，皇太极先用骑兵围城，再次派使者劝降。劝降被赵率教再次拒绝，皇太极传令攻城，依然一无所获，只是徒增了后金军的伤亡。
五月十四日，皇太极用箭连发数封劝降书，赵率教依然不为所动。皇太极的攻城也一无所获。
攻城接连不利，皇太极求和心切，同时等待援兵，五月十五日，再派使者劝降赵率教，赵率教依然闭门不纳。
五月十六日，皇太极想激赵率教出城野战，赵率教倒是没有中计，反而皇太极中了袁崇焕调虎离山之计。这日尤世禄、祖大寿等率军一万，驰援锦州，皇太极中了计，但他们运气也不好，遇到了后金护卫粮队的偏师，双方激战片刻之后，就迅速撤离了战场。
袁崇焕的援军被皇太极探知之后，五月十七日，皇太极收缩包围圈，聚兵于城西两里扎营。
五月十八日，皇太极最后一次对赵率教劝降，赵率教再次拒绝。
从十九日起，后金军再不劝降，一味强攻，一直到二十五日，后金军也是一无所获。但在二十五日，后金固山额真博尔晋、图尔格率领援军从沈阳来到锦州，增强了后金军攻城的兵力。
前后攻打锦州十五日，皇太极在锦州城下碰得头破血流，而此时时值初夏，后金官兵暴露荒野、粮料奇缺、人马疲惫、士气低落。
五月二十七日，皇太极分兵，一部继续围困锦州，大部在皇太极的率领之下往功宁远。
而就在此日傍晚时分，朱由校抵达了山海关。
“吾师，宁锦战况如何？”朱由校迫不及待地问道。
“赵率教已经数次击退建虏的进攻，现在锦州一切安好。今天臣得到消息，建虏留少量兵马继续围困锦州，大部已经抵达宁远。不日，建虏必定会对宁远发起攻击。”孙承宗问道。
“宁远现在情况怎么样？”朱由校问道。
“袁崇焕善守，陛下请看！”孙承宗指着桌面的沙盘说道，“宁远城坚、池深、炮精、械利，宁城三万五千人，人人精而器器实。袁崇焕已经指挥大军撤进濠内，总兵孙祖寿、副将许定国率军在西面，祖大寿、尤世威等率军在东面，余在四周，分守信地，整备火器，准备迎战。城外，布列车营，前掘深濠，作为屏障，大军都撤到濠内侧安营。而此时毛文龙已经准备径袭辽阳，此战帝国必胜。”
“好，朕就在山海关等待帝国获胜的消息。”听到孙承宗的解释，朱由校高兴地说道。
……
二十八日，皇太极围攻宁远。今天这一战是宁锦之战中最激烈的一战。
袁崇焕列重兵于城外，背靠城墙，迎击后金。尤世威和祖大寿等率精锐之师，出城东二里结营，迎击后金。皇太极见明军主动出击，便不顾其他人的劝阻，决定要在野战击溃明军。
这是孙承宗来辽东之后，组建辽东的骑兵第一次与后金骑兵在野战。辽东的骑兵都是由辽东的流民组成的，他们深受后金的荼毒，跟后金仇深似海。明辽东骑兵在此战中毫不畏惧，个个奋勇当先，一时之间与名满天下的后金骑兵杀得难解难分，领兵的大将尤世威和祖大寿等将领坐骑受伤也死战不退。
袁崇焕此时亲登城堞指挥，城墙上各种大炮纷纷开火，炮轰东山建虏大营，攻击其后方。明军的车营马步官兵，在袁崇焕的指挥下，也是不畏生死，鳞次前进，相机攻剿。
这一场大战仅仅打了半天，到中午就结束了，明军死战不退，后金军寸步难进，双方都是伤亡惨重，就连后金的三员大将俱受重伤。
仅仅打了半天，皇太极就意识到宁远城比锦州城更难打，无论是军队素质还是炮火，城墙都比锦州城胜出一筹。
皇太极见宁远难图，二十九日，皇太极便撤离宁远，转过来又攻打锦州，这是他继承汗位后对大明的第一场战争，他不想背负辱名无功而还。还一个原因就是赵率教趁皇太极攻打宁远之时，突然出兵攻击围困的锦州后金军，杀了后金军一个措手不及，皇太极害怕腹背受敌。
皇太极抵达锦州之后，再次劝降。现在皇太极已经是困兽之斗，赵率教更是不会搭理他了。六月初四，皇太极猛攻锦州，这次皇太极像是吃了药样的，完全不顾忌伤亡。