京都，晌午。
烈日炎炎下，加持良治带着一定黄色的草帽，慢悠悠的走在一条安静的小街道上，在他前方的不远处有一家小卖部，小卖部的门前放置着一张长椅，此时，一个农夫打扮的中年男人正坐在长椅上纳凉。
加持走到小卖部，先是买了一根冰棒，然后坐到长椅上休息——就坐在“农夫”身旁。
“呀——天可真热啊。”加持貌似漫不经心的冒出一句，撕开了冰棒的包装袋。
“你迟到了。”“农夫”手里拿着一把黄色扇子，悠哉悠哉的扇着风，眼睛盯着远方不知名的某处。
“没办法，今日不同往日，要避开SEELE的眼线。”加持小声说。
“农夫”从口袋里掏出一个U盘，放在长椅子：“你要我调查的事情都在这里。另外，我再附赠你一条，最近第一师团有大动作，貌似正在向第三新东京市的方向集结。”
加持的脸色变了变，收起U盘：“SEELE终于要动手了吗？”
“农夫”：“这是你们的问题。”
加持一口吃掉剩下的冰棒，从口袋里拿出一张银行卡塞进了冰棒的包装袋里，放在长椅上：“多谢了，以后不用再联络了。”
“农夫”看了加持一眼：“你自己小心点吧。”说完，农夫拿起包装袋揣进裤兜，站起来摇着扇子走掉了。
加持又在长椅上“休息”了一会儿，然后也离开了。
……………………
在一条通往外界的高速公路旁，美里一家四口外带一只企鹅正站在路边，翘首企盼着公路的尽头。这原本是一条繁忙的公路，在第三新东京市刚建立的时候，每天都有人拖家带口的从这条公路来到第三新东京市定居，但是在几周前爆发的“大逃亡”之后，这条路上就再也看不到一个人影了。
过了一会儿，在公路的尽头隐隐约约的出现了一辆轿车，那轿车开的飞快，转瞬即至，停在了美里四人的身前，然后车门打开，洞木光从车里面走了下来。
“小光！”明日香见到好友，立刻亲切的迎上去。
“明日香！”小光也十分开心。
美里怀里抱着penpen，领着真嗣和李晓跟在明日香的后面走上前，一一与小光打过招呼后，美里把怀里的penpen送到了小光面前：“抱歉，penpen要麻烦你照顾一段时间了。”
李晓把一个小手提箱拉到小光面前：“这是penpen的一些东西。”
小光接过penpen抱在怀里，她看了看明日香，又看了看其他人：“你们……不一起走吗？”
美里笑了笑：“我们还有工作。”然后，美里弯下腰，对penpen摆摆手。“penpen，再见了，在小光家里要乖乖的，过一段时间我就去接你。”
penpen好像听懂了美里的话，它张开嘴巴“嘎嘎”的叫了两声，扇了扇两边的翅膀，似乎是在跟美里告别。
小光本来还想和明日香多说两句话，毕竟这次离别就不知道何年何月能再相见了，可是后面的轿车里却忽然传来着急的催促声：“小光，走了！”
李晓向车里面看去，看到驾驶位上坐着一个与小光有七八分相像的中年男人，似乎是小光的父亲。
“对不起，我得走了。”小光拉着明日香的手，恋恋不舍。“记得给我打电话，明日香。”
明日香微笑着点点头：“你保重，小光。”
小光一手抱着penpen，一手拉着penpen的小行李箱，小跑着回到车子里。然后从车窗里面探出头，对着大家猛摆手：“大家保重！再见！”
车子在李晓四人面前调转车头，顺着来时的路绝尘而去，半空中还回荡着小光的告别声。
“走了啊……”明日香看着车子在视线中渐行渐远，无力的放下了举起的手，脸上露出伤心的表情。
“大家都走了……东治、剑介，不知道他们两个现在怎么样？”真嗣站在明日香身旁，同样满脸的悲伤。
美里深深的叹息一声：“都走了好，走了才安全，这下penpen也送走了，终于没有任何顾及了。”
……………………
最后的使徒已经被消灭，NERV存在的使命已经完成，但是人们却没有因此而感到多么高兴或是鼓舞，整个NERV笼罩在一片迷茫和压抑的气氛中，人们不知道未来该何去何从，还是关于NERV，无论是关于自己。
作战大厅。
日向诚、青叶茂、伊吹玛雅三个人凑在一起，一边吃着零食、喝着咖啡，一边无意义的闲聊着，工作上他们三人是好伙伴，生活中他们也是好朋友。
“那个少年……就是最后的使徒了吧。既然使徒已经没有了，为什么NERV还要保持一级战备啊？”伊吹玛雅一脸疑惑的小声问。
“谁知道呢？”青叶茂无所谓的耸了耸肩。“我更关心以后咱们怎么办？使徒都没了，为了消灭使徒而存在的NERV也会随之解散吧。”
日向诚轻松的笑了笑，半开玩笑的说：“我还想在操作员的位置上再干个三十年呢。”
青叶茂：“哎，诚，你没听过那句话吗？干了一辈子革命工作，也该歇歇啦。”
日向诚古怪的看着青叶茂：“你这怪话都跟谁学的？”
青叶茂撇撇嘴：“晓呗，还能是谁。”
“喂，我说你们两个，竟然还有闲心开玩笑，难道你们就一点都不在意吗？”伊吹玛雅皱着眉头，看看日向诚，又看看青叶茂。“禁止所有人员进出总部，维持一级战备状态，明明使徒都已经没有了，碇司令究竟在害怕什么？”
伊吹玛雅说完，日向诚和青叶茂一起沉默下来。青叶茂神色淡然的喝了一口咖啡，无奈的说：“在意又能怎么样？现在我们也只能待在这里等着了，除此之外我们还能做什么？”
日向诚低头看着自己的杯子里面的黑色咖啡，面色沉重：“但愿明天是个好日子。”
……………………
初号机舱室。
碇司令独自一人站在横桥上，仰头注视着身前的初号机。
“唯，约定的日子就快要到了。”碇司令对初号机说。“抱歉，我们的计划失败了，但是没有关系，在旧的火种破灭的同时，新的火种又出现了，那个少年，你已经见过他了，他拥有我们无法理解的强大力量，虽然还不清楚他的目的究竟是什么，但是那些现在都已经不重要了，只要能够再次见到你，即使向恶魔献上心脏我也在所不惜……”
说到这里，碇源堂沉默了一小下，最后说：“当一切结束之时，我会和那个少年一起来接你的。”
说完，碇源堂便转身离开了。
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深夜，洁白的月光从窗户照进屋子，如同一层寒冷的冰霜洒满绫波丽冰冷的脸庞，她站在自己的小柜子前，两手捧起碇司令的眼镜。然后，她的双手忽然开始用力，眼镜在巨大的力量下开始一点点扭曲变形，接着“啪”的一声，镜片上新增了一道裂纹。
“滴答……滴答……”
晶莹的泪水滴在镜片上和绫波丽自己的手上，每当丽手上的力道增加一分，她心里的痛也便跟着增加一分，随着手上的力道越来越大，就好像有一把无形的刀子，一刀一刀的割在丽的心上，泪水抑制不住的夺眶而出，模糊了丽的视野。
但是，丽没有停手，越是痛苦，她手上的力道就越大，最后伴随着一阵“咔嚓咔嚓”的破碎声，眼镜彻底被丽捏碎了，镜框严重变形，碎掉的镜片刺入丽白皙的手指，鲜血好似美丽的红宝石，顺着她的手指滴滴答答的落在冰冷的地面上。
最后的最后，泪水不见了，丽面无表情的看着手里粉碎的眼镜，毅然决然的说：“我不是你的玩偶。”