凌晨，5:00，全息会议室。
碇司令坐在一片黑暗之中，冬月副司令站在他的身旁，在他们二人的周围，黑暗的虚空中漂浮着十二块黑色的墓碑，每个墓碑上面都有一个鲜血一般赤红的编号，从01一直到12，再加上碇司令这个“13”，正好象征着耶稣的十三位门徒。
01基路议长：“约定的日子到了，碇源堂。”
碇司令：“人类应该迈向更加光明的未来，EVA就是为此而存在的。”
碇司令使徒说服SEELE，但是SEELE不为所动。
12：“这是为了让闭塞的人类获得新生的必要仪式。”
07：“毁灭的宿命中也包含着新生的喜悦。”
03：“为了让神、人与其他所有生物通过死亡融为一体。”
01基路议长：“死亡，将孕育新生。”
碇源堂：“死亡，什么也孕育不了。”
01基路议长：“死亡，就给予你们吧！”
话音落下，十二块墓碑全部消失了，黑暗的虚无中只剩下了碇源堂和冬月。
冬月面色沉重：“谈判破裂了啊。”
碇源堂面无表情：“预料之中。”
……………………
6:00
当手机闹铃响起来的一瞬间，李晓猛然睁开了双眼。
此时，李晓正躺在NERV四层的某间卧室中，自从碇司令发布了“禁止所有人员进出本部”的命令后，李晓和美里他们就睡在了本部中。
闹铃是由佩琪控制的，李晓醒了后，闹铃就自动停止了。
李晓在床上慢慢坐起身子，神情严肃的盯着前方不知名的某处看了一会儿，似乎是在想什么事情，一点都不像是刚刚睡醒的样子。事实上，昨天晚上李晓并没有睡好，几乎是一夜未睡，因为李晓的“HAPPYEND补完计划”终于走到了最后，最后的终焉之战即将来临。
李晓扭头看了一眼床头柜上的手机，张口问：“佩琪，已经开始了？”
佩琪的声音随即响起：“开始了。”
佩琪说完，整个NERV突然响起了刺耳的警报声……
“嗡——嗡——嗡——”
整个作战大厅在警报声中忙作一团，日向诚、青叶茂、伊吹玛雅，三个人在各自的岗位上神色紧张的忙碌着，美里几乎是以百米冲刺的速度跑进作战大厅，进来后第一句话就问：“发生了什么？！”
日向诚回过头大声回答：“有不明终端入侵本部网络！”
青叶茂：“所有外界终端都有数据入侵，连接外界的所有线路正在被不断切断！”
美里的脸色瞬间阴沉下来：“网络战……想让我们变成瞎子和聋子吗？对方是冲着MAGI来的。”
伊吹玛雅：“检测到攻击数据来源！”
美里扭头看过去：“是松代的MAGI二号机吗？”
伊吹玛雅：“不止，检测到至少五种MAGI型机组！”
“五种？！”美里大吃一惊。“SEELE这次真是下了血本了。”
伊吹玛雅：“现在，赤木前辈正在MAGI内部署防御系统！”
“律子……”美里快步走到第二层边缘，向下面看了看第三层那三台超级计算机，此时，律子就在那里面。
这时，日向诚忽然像是发现了什么了，脸上露出不敢置信的惊愕表情，他愣了一小下，然后急忙向美里汇报：“入侵终端传来一份来自第二新东京市的A-801通牒！”
美里疑惑的一皱眉，立马凑过去看向日向诚的屏幕：“A-801？”
“废除特务机关NERV的一切法律保障，现裁定NERV为非法组织，并将其移交给RB政府指挥。”日向诚快速的解释说。
美里飞快的读完这份通牒，用力的咬了咬牙：“看来这是最后通牒了。”
听完日向诚的解释，伊吹玛雅不禁露出惊恐疑惑的表情，这个可怜的女孩儿还被蒙在鼓里：“为什么政府要这样做？为什么要突然取缔NERV的合法身份？”
美里看了伊吹玛雅一眼，没有解释，但事实上她心中却十分清楚，这一切都是SEELE所为，SEELE的目的就是占领本部，抢夺EVA、亚当和莉莉丝，因为如果想要完成人类补完，发动第三次冲击，亚当和莉莉丝是必不可少的。对MAGI的入侵还仅仅只是开始，真正的动作还在后面。
果然，在网络战打响之后，地面战也随之开始了。
刺耳的警报声再次响起，大屏幕上，一块接着一块外部监视器的小屏幕变成雪花，失去联系。
“第七到第十八观测站失联！”
“强罗防线附近发现一支不明炮兵部队！”
“御殿场附近发现两支不明步兵大队！”
“三岛方向侦测到三支航空中队正在快速接近！”
在一份又一份的敌情报告中，碇司令依旧面沉如水的坐在他的位置上，冬月副司令像往常一样站在他的身旁，不紧不慢的说：“果然，人类最后的敌人还是人类。”
然后，碇司令发布了命令：“全员，进入第一战斗部署。”
伊吹玛雅听后大吃一惊，难以置信的小声说：”第一战斗部署？可是对方又不是使徒，同样都是人类啊！”
日向诚看了她一眼：“对方可不这么想。”
NERV本部，这座要塞在建立之处就是为了对抗使徒，面对使徒NERV是一座坚不可摧的堡垒，可是面对人类，它却脆弱的不堪一击。人类虽然没有永恒的生命和强大的AT力场，但是人类比使徒更懂得如何杀人。
战斗开始后，局面几乎是一边倒的，面对精锐的第一师团。NERV那点可怜的防御能力毫无招架之力。作战大厅中，NERV各处失守的消息一份接着一份传来。
“南部中转站失守！至少一个大队的敌人入侵！”
“合岳隧道失去联系！”
“五号输送管道发生爆炸！”
“入侵部队已突破本部第一层！”
美里眉头紧皱的听着这些战报，快速部署作战命令：“西馆的敌人只是幌子，命令那里的守卫迅速撤出，炸掉整个第二十四通道。对方的目标是EVA的话，就一定会锁定驾驶员。”美里扭头看向日向诚。“让真嗣迅速登上初号机！”
日向诚：“明白！”
然后，美里又抬头问青叶茂：“丽和晓呢？”
青叶茂：“目前未发现第一适格者，绫波丽下落不明！”
“什么！”美里惊愕的微微睁大眼睛，随后命令道。“快点找到她！待在EVA外面会被杀的。晓呢？”
美里话音刚落，他身后的自动门忽然打开，李晓一溜小跑冲了进来：“我在这儿！”
美里惊讶的回头看向李晓：“你怎么跑这儿来了？”
李晓跑的气喘吁吁“我来看看有没有什么我能帮忙的。”
美里眉头一皱：“你能帮什么忙？你现在立刻去登上三号机。”说完，美里扭头看向青叶茂，又问。“明日香呢？”
青叶茂：“呃……明日香正在第二层的休息室敷面膜！”
美里听完先是愣了一小下，随后整个人都跳了起来，怒发冲冠的暴吼道：“她怎么总是这么会挑时候！就不能换个时间敷面膜吗？！”
伊吹玛雅：“已接通明日香的手机！”
美里拿起通讯器带在耳朵上，张嘴就是一通狂吼：“明日香，你敢不敢给我换个时间敷面膜！”
通讯器那头，明日香委屈的叫道：“你以为我想啊？谁知道SEELE会这个时间打过来，我这面膜还没干呢？”
美里无奈的叹了口气：“行了，别贫了，你赶紧登上二号机。”
通讯器传来明日香粗重的喘气声，她似乎是一边跑一边说话：“我正在往二号机的停机舱赶，马上……糟糕！前面有敌人！”
然后，美里就听到通讯器那头传来自动步枪开火的声音，随后通讯就挂断了。
青叶茂随后叫道：“敌人已侵入第二层，正在向明日香方向快速移动！”
“明日香？明日香？该死！”美里大叫了两声，但是那边却没有回应。
美里犹豫了一下，从怀里掏出配枪，咔嚓一声拉上枪栓，对日向诚他们说：“你们在这里盯着，我去找明日香。”说完，美里转身就想走，却忽然发现李晓正站在她身后。
“美里姐，你看，需要我帮忙的事情这不是有了吗？你在这里坐镇，我去找明日香。”李晓说完，还不等美里说话，就扭头向大门跑去。
美里在后面担心的叫道：“不行！太危险了，晓！”
李晓回头冲美里自信的一笑：“美里姐你忘了？我现在是使徒！”