北洋水师成军以后，，慈禧太后挪用海军军费修颐和园，7年未添一炮，李鸿章在甲午战争期间，调动不了南洋水师，都是清廷扯李鸿章的后腿很明显的例子。因此甲午之败，对李鸿章来说是一次彻底的失败，但对清廷来说，却是失之东隅，收之桑榆，至少解除了一个内部隐患。
但在这个时空里，庚子国变之后的这几年里，慈禧、光绪对李鸿章却是真正的信任了起来，对李鸿章的意见也是言听计从，一来是李鸿章现在没有兵权，对朝廷已经没有了威胁；二来是庚子国变之后慈禧、光绪也都十分清楚，现在的清廷还需要李鸿章来周旋和海外华人，洋人的关系。而现在李鸿章死了，如果清廷再遇到危机事件，还有谁能挺身而出，为朝廷排忧解难呢？
由其是对慈禧来说，还有另一层感触，今年是慈禧的70岁寿诞之年，说起来慈禧也己经进入古稀之年了，一个老人听到了另一个老人死亡的消息，心里无论如何都不会好受的。
于是慈禧和光绪下令，取消今天的朝会，又责令军机处，讨论对李鸿章的追谥和厚恤。
就在第二天，清廷派李莲英为钦差，到李鸿章的府宅传旨，首先是对李鸿章进行了高度的嘉奖，盛赞李鸿章为清廷立下的功劳，并赐谥号“文忠”，追赠太傅，加一等肃毅公，赐黄马褂同葬，赏银3000两安葬，派20名待卫护送李鸿章的灵柩回乡，并改李鸿章的家乡安徽省庐州府肥东县为少荃县。同时还恩加李鸿章的三子一女，李经方加封三等伯爵，李经述、李经迈二等子爵，连张佩纶也加了一个三等男爵。
应该说清廷对李鸿章的抚恤是相当恩厚的，清廷对功臣的谥号一般都是以“文”字开头，第二个字才是对功臣的评价，如曾国藩的谥号是“文正”，左宗棠的谥号是“文襄”，而按照谥法，内外宾服曰正；辟地有德、甲胄有劳曰襄，都曾、左两人的评价是非常贴切的，而“忠”在谥法上的解释是：危身奉上曰忠，因此用在李鸿章身上，也是最合适不过了。
但曾、左两人死后的追加都是候爵，李鸿章却追加公爵，这显然是高过曾、左两人一头了，而其他的什么赐黄马褂同葬，赏银，派待卫护送灵柩回乡，改县名等，也都是极高的荣耀，纵观清廷2 6 0余年的历史，也只有李鸿章一个人享受这样的殊荣。更何况是派李莲英李大总管亲自传旨，在大清国能有几个人能够劳动李大总管大驾的。
宣读了圣旨以后，李莲英又恭恭敬敬给李鸿章上了三柱香，又向李经方、李经述、李经迈说了几句“节哀顺变”之类的安慰话，这才告辞回宫去了。
本来李鸿章在清廷就是位高权重，而朝廷对他又是恩加有甚，因此王公大臣们自然也都不敢怠慢，和李鸿章交情好的自不必说，能够亲自来拜奠的决不会遣派家人，有些文采出众的人，还写了挽联，张之洞还亲自给李鸿章写了一篇祭文，袁世凯也专程从天津赶来，并给李鸿章守了一夜灵，而既使是李鸿章的政敌对头，也都派遣有头脸的家人来拜奠，总体看来，李鸿章的葬礼是相当的风光。
7天以后，李经方、李经述、李经迈、以及张佩纶、李经璹扶灵回乡安葬，几乎整个京师的官员都来相送，送行的队伍排出20多公里。李鸿章在北京的住宅改为他的祠堂。
而等李鸿章的灵柩走了以后，在朝中的一场明争暗斗也立刻展开，现在李鸿章是军机大臣，名副其实的李中堂，而李鸿章死了，就空出了一个军机的缺额，当然军机大臣的数量本来是不固定的，多一个少一个都可以，但现在清政己经从庚子国变中恢复过来，而新政也搞了4年，因此慈禧也想对军机处进行一次大的改组。这一来自然有许多人都生出争取一下的想法。
就在李鸿章的灵柩离开北京之后的第二天，清廷正式下旨，公布了新的军机处名单，军机领班仍然是庆亲王奕劻，其他人是张之洞、瞿鸿禨、醇亲王载沣、世续、那桐、鹿传霖、袁世凯。其中后4人都是第一次进入军机处，整个军机处换了一半的人，动静不可谓不大。而对清廷的政局影响，更是深远。
现在的清廷政治局面十分复杂，派系众多，当然这也是慈禧刻意造成的局面，而各政治派系中，势力最大的是以庆亲王和袁世凯为首的实权派。
在庚子国变以后，袁世凯就在努力的拉陇自己和庆亲王的关系，因为这时清廷由亲王担任军机领班己成为惯列，而庆亲王的资历最老，并且又得慈禧的信任，因此袁世凯认为在未来相当长一段时间内，都会是由庆亲王担任军机领班，而袁世凯要巩固自己的权势，自然要和庆亲王交好。而庆亲王又一向贪财，于是袁世凯投其所好，大笔大笔的银子奉上，两人的关系也迅速升温，最终结成同盟。
其实庆亲王虽然一向给人以贪财平庸的印像，但也绝不是无能之辈，否则也不可能在清后期的政坛上经历数十年不倒，并一步一步熬成军机领班。庆亲王当然知道，军机领班这个位置是众矢之的，毕竟大清的亲王还有不少，不知有多少双眼睛盯着自己，因此想要在这个位置上坐得长，坐得稳，除了继续讨好慈禧之外，还必须在朝中有得力的伙伴支持。而袁世凯就是一个合适的人选，加上袁世凯也会来事，送银子毫不吝啬，于是两人一拍即和。庆亲王掌控军机大权，而袁世凯掌握着清廷最强的军队——北洋新军，两人一内一外，一文一武，结成了清廷最强的政治同盟。
而对两人的结盟，李鸿章也起到了一定的促成作用，虽然李鸿章并未加入两人的同盟，但和两人的私交都不错，而且李鸿章认为这两个人都是务实的人，现在的清廷最缺的就是这样务实的人，庆亲王的才能确实差了点，但却懂得不胡乱指挥，把事情交给会做的人，这就相当不错了。因此李鸿章在明里暗里，对他们都给予一定的支持，当然庆亲王和袁世凯也懂得投桃报李，对李鸿章的建议也都竭力支持，李鸿章能几次阻止满族权贵的激进提议，也有他们的一份力量在其中。
这次改组军机，袁世凯得以进入军机，使着庆袁组合的实力大增，也进一步巩固了两人的地位，当然慈禧之所以这样安排，也是看中了这两个人能做事，而且又务实，毕竟现在的清廷是需要能做事的人。而且李鸿章病逝，对两人也是一个打击，把袁世凯调入军机，也能更好的控制他，因此庆袁组合的实力并没有表面增加得那么多，老佛爷的手腕，又岂是等闲可比的。
第二大势力就是满族权贵派，主要的人员有肃亲王善耆、良弼﹑溥伟﹑铁良、荣庆、荫昌等人，这一帮人的主导思想是要恢复清朝中前期的满族主导地位，将权力从汉臣手中夺过来，因此行动、计划都十分激进，数次要求清廷和华东政府决裂，就是这一派主导的。
虽然同为满族权贵，但庆亲王和他们互相都看不顺眼，庆亲王的才能虽然平庸，但也明白汉臣崛起的大势不可逆，这伙人的想法根本不可能实现，只有和汉臣合作，才能确保清廷维持下去；而这批满族权贵则认为庆亲王完全是老糊涂了，只顾贪财好利，不惜和汉臣勾结，连祖宗留下来的江山都不顾了，因此这一派在朝中几乎是处处和庆亲王、袁世凯、李鸿章等人对着干，势如水火。不过这也是慈禧乐见的。
而这次军机改组，满族权贵派派受的打击最大，两名骨干铁良、荣庆都被罢出军机，虽然铁良改任兵部尚书、荣庆改任礼部尚书，都还保留了一部权力，但和军机大臣是不可同日而语的。
其实慈禧也十分清楚，满族己没有多少人材，大清要維持下去，必须要倚重汉臣才行，满族权贵那种极端的行为根本不可取，真要把汉臣的权力都夺过来，转交给满族权贵，清廷恐怕连一年都撑不下去。而慈禧允许满族权贵存在的作用只是为了牵制实权派，但近段时间，满族权贵派几次要求清廷出兵东北，甚致还迎合一些洋人的建议，让慈禧相当的恼火。
对于参与辽东的战争，这一点慈禧的态度到是和李鸿章相同，清廷最好是座山观虎斗，千万别去趟这滩浑水，而洋人的建议，慈禧也从来都是不敢信的，因此这次满族权贵派做的显然有些过头了，有必要敲打他们一下，于是将铁良、荣庆移出军机，但也不能把满族权贵派一棍子打死，毕竟大清的江山还是满人当家，另外在必要的时候，这一派还是有用的，所以让铁良担任兵部尚书、荣庆担任礼部尚书。
当然满族权贵派暂时是元气大伤了，而且在军机处里也没有人，自然就无法牵制实权派，不过老佛爷又岂是好相与的，对此早早的就做了准备，扶植起两股新的政治势力，以备不测之用，同时对满族权贵派也是一个警告，意思是别以为老佛爷就一定要用你们，没有你们老佛爷照样玩得转。