蒋介石经过精心策划，巧妙地利用各派系之间的矛盾，扫清了复职的一切障碍。‘
为了换取蒋介石的支持，汪精卫在12月10日于上海举行的四中全会第四次预备会议上提出了请蒋介石复任国民革命军总司令职的议案，被会议立即通过。但蒋故作镇静，不作答复，而于12月13日发表了《对时局之谈话》，表示除非起来“扰乱”或再次北伐，“如不到这两个时候，我决无出来的时候”，并声称要变更外交方针，对苏联绝交，禁止一切民众运动。蒋介石的这番表白，受到国民党一些人的赞赏。
在蒋的声望上升的同时，汪的声势却直线下降，但并不意味着蒋在政坛上没有了强劲的对手，不可忽视另外一个人在几经波折之后慢慢爬升起来一胡汉民。为彻底为自己的复出创造一个绝对权威的环境，蒋又谋划对胡汉民等人的牵制力量，这当然引起了胡汉民等人的强烈不满，气急之下，胡汉民等相继赴欧美游历、考察去了。
蒋介石所以能够复职，除因为政治上得到汪精卫、冯玉祥、阎锡山等人的支持外，同时还有一个重要的原因，是江浙或上海财界不支持李、白和孙科的新政府。新财长孙科在上海筹不到巨款，蒋介石原来每月的预算为一千万元，孙科只筹得大约800万元，这就使南京新政府无法维持日常工作，因而处于瘫痪状态。
1928年1月2日，蒋介石面晤谭延闿，约定同往南京。4日，蒋介石由沪至宁“主持大计”。6日，谭延闿、丁惟汾、陈果夫等接收特委会机关，宣布国民党中央常委会恢复工作。9日，蒋介石通电宣告恢复国民革命军总司令职务，负责筹备四中全会事宜。
1928年2月2日至7日，国民党二届四中全会在南京丁家桥中央党部礼堂举行。中央执监委员蒋介石、蔡元培、李石曾、谭延闽、于右任、张静江、李宗仁、何应钦、朱培德、何香凝等近30人参加了会议。大会举行了三次正式会议，讨论通过了20余项议案。
蒋介石在致开幕词中说：四中全会是“清党”后国民党中兴的一个会，也是中国中兴的一个机会，今后的任务是共同一致反对，不仅反对他的主义，而且要反对他的理论和方法。简而言之，要从根本上铲除。
四中全会在蒋介石的把持下，全面背叛了国民党一大和二届三中全会的革命精神，背叛了孙中山的三大政策。会议以“凡与联俄、容共政策有关之决议案，一律取消”和“凡因关系开除党籍者，一律无效”为原则，审查了各种议案，议决并宣布开除、撤销了一大批党员及所谓同情的二届中央委员的党籍，决定了停止联俄政策。
四中全会在蒋介石控制下，改组了国民党党政军中央领导机构。通过改组，在党务方面，蒋介石当上了中常委兼组织部部长，在政府方面，他是南京国民政府委员，随后任政治会议主席，在军事方面，除恢复了国民革命军总司令职务，又是军委常委、军事委员会主席，使他的权力“合法”地扩大到党政军领导机关的各个方面。
蒋介石凭借自己的实力，利用各种政治手段，采取各种政治伎俩操纵了四中全会，扩大了自己的权力，又借助四中全会给他的权力，以和继续北伐为由，使他取得了国民党内部争夺党魁斗争的胜利，暂时统一了国民党。
蒋介石的东山再起，使自己在国民党中的地位更加稳固，南京国民政府在度过了这一混乱状态后，在以后的斗争中慢慢稳定下来，成为蒋介石在大陆进行政治经济军事活动的主要载体。
三、与国民党内部政敌的争斗
1．与汪精卫斗法
蒋介石建立南京国民政府之初，面临着各方面的挑战，其中就有汪精卫的政治反对派和胡汉民为代表的国民党元老派，蒋介石与之进行了争斗。在南京政权建立初，蒋介石采取各种手段，取得了争斗的胜利，巩固了南京政权，进一步树立了自己在国民党内部的政治权威。
蒋、汪矛盾由来已久。宁汉合流前，蒋对汪既勾结又斗争，目的是为了取代汪的地位，独揽大权。蒋从日本回国后，在重新上台前，为了排除异己和牵制桂系，需要暂时利用汪派的力量，汪精卫为了从桂系和西山会议派那里夺回其统治权，也需要借助蒋介石的实力，经冯玉祥撮合，蒋、汪合作了。
蒋介石在扫除了其复职障碍特委会后，汪失去了利用价值，蒋便以在广州起义为由，攻击并迫使汪派退出政坛，汪精卫出国，陈公博到上海租界。1928年2月，蒋介石操纵的国民党四中全会，通过了蒋介石、陈果夫提出的党务整理计划，在国民党党员中重新进行登记，规定1924年国民党改组前的党员才允许登记，登记后经过审查、训练才算是党员。汪派中除汪精卫等少数人外，大部是改组后入党的，因此被排除在国民党之外，这个规定又给了汪派一次重大打击。
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1928年8月，国民党二届五中全会召开前夕，吴稚晖曾反对汪精卫一派人员参加全会，公然撰文指责汪、陈、甘、顾4人，皆与领导的广州起义有关，并且认为四中全会已决定，他们4人等候第三次全国代表大会表决他们的委员资格。
汪精卫出国后，在国内的汪派人物陈公博等人，于1928年初纷纷到上海，以法租界为基地，进行反蒋活动。1928年5月间，陈公博在《革命评论》杂志上首先提出“改组国民党”的口号。11月28日，“中国国民党改组同志会”在上海成立，人们熟识的“改组派”，就是这个组织的别名。它的领导骨干是国民党二届中央执行委员和监察委员中的汪派分子，陈公博、顾孟余、王法勤、王乐平、白云梯、朱霁青、潘云超、郭春涛等。用陈公博的话说：改组同志会的上级机关是所谓“粤方委员”，改组派以陈公博的改组国民党主张为纲领。
很显然，改组派的主张和活动是以反蒋反南京政府为目的的。其第一次代表大会宣言中分析南京国民党性质时说：今日国民党已被军阀、官僚、政客、买办、劣绅、土豪所侵蚀、把持。我们要继续革命，必须重新整饬担任革命使命的中国国民党大本营，必须反对南京的反动中央和最近的第三次代表大会。
改组派主张必须恢复1924年改组精神，即重新改组中国国民党，奉行孙中山的三民主义，继承第一、二次全国代表大会的纲领，恢复农工政策，确定农工小资产阶级的联合战线，努力铲除一切新旧军阀，反对帝国主义。
改组派的主要活动是创办刊物，宣传他们的政治主张。如陈公博主编的《革命评论》、顾孟余主编的《前进》、刘叔模主编的《呼声》、赵惠谟的《夹攻》、章乃器主编的《新评论》，以及上海的《灯塔》、天津的《暖流》、巴黎的《国民》等。
面对改组派的咄咄攻势，蒋介石十分恼火。1928年，乘胡汉民从国外回来之机，蒋介石利用胡汉民与汪精卫一争高低，于是与胡重新合作，采取各种措施，镇压改组派。
1928年7、8月间，蒋介石授意上海军警书面警告《革命评论》不得再印刷，并指使特务袭击、破坏代销该刊的书店、书摊，毒打报贩。1929年，国民党中央将查禁改组派刊物列为重点工作，24种改组派报刊和其他反蒋报刊，先后被取缔，接着又将海外的一些改组派报刊相继列人取缔之列。
改组派活动的是反对国民党的三大。1929年3月，在南京召开国民党第三次全国代表大会，会前产生的406名代表，由蒋介石指派的达221，圈定者122人，这种包办大会的做法，激起了国民党内许多派系的反对，汪精卫、陈公博在上海发表《关于最近党务之宣言》，公开煽动南京等地的国民党员发动请愿，不少地方党部进行抵制，并拒绝出席。
3月14日，即“三全”大会正式开幕的前一天，在南京夫子庙贡院礼堂召开南京市党员代表大会时，改组派在会上大肆活动。蒋介石派出他的特务和宪兵，到会场大打出手，大会代表7人被捕，多人受伤，这就是“三一四”事件。此后，改组派在南京不能立足，转移到上海，在法租界霞飞坊314号设立了联络点，建立外围组织“中国国民党各省市党部、海外总支部联合办事处”，集合了20多个反对国民党第三次全国代表大会的省市党部、海外总支部，继续进行反对蒋介石的斗争。
本来蒋介石得知改组派要反对“三全”大会后，便派邵力子到上海同改组派总部领导人疏通、许诺：如果改组派肯保持缄默，可以保证他们当选为中央委员，但是改组派没有接受这个交换条件。
1929年3月19日，蒋介石控制的三全大会决定永远开除陈公博、甘乃光党籍，开除顾孟余党籍3年，给汪精卫书面警告。10月，国民党中常会以“勾结军阀余孽”、“颠覆党国”等罪名，议决将陈公博、王法勤、顾孟余等10人，交国民政府明令缉拿，对其中有党籍者，送交中监委议处。国民政府正式下达了通缉令，国民党中央监委召开常会，议决将王法勤、柏文蔚、朱霁青、白云梯、王乐平、顾孟余、陈树人、潘云超、郭春涛等9人永远开除出党。12月，国民党中常会又以“叛党祸国”开除了汪精卫党籍。至此，蒋介石通过组织措施和行政手段把改组派的头面人物都开除出党和通缉在案了。
与此同时，1929年4、5月问，蒋介石联络上海公共租界总巡捕房，两次派人闯入大陆大学搜查，继以“共产机关”之名强行查封该校。11月，蒋介石用国民政府名义发出训令，以“破坏党国，影响颇巨”之罪名，严令上海军政机关，封禁上海改组派总机关。为打击各改组派一般成员，蒋介石一方面采取封官许愿方法，拉拢收买他们，一方面利用军警机关，用绑票、跟踪等手段在上海、北京、天津、河南、四川、广西、绥远等地先后拘捕改组派成员数十人，并以各种罪名，给予撤职、查办、开除党籍、通缉。对海外的改组派成员，则分别采取停止留学凭照，取消学籍和官费，停职或取消护照等方式进行了查处。在蒋介石的打击和破坏下，汪精卫的改组派趋于土崩瓦解。
在改组派的活动受到蒋介石的压制后，陈公博前往巴黎见汪精卫。陈公博在巴黎和汪精卫决定下一步计划，概括而言是两条，一是回国，二是参加武力反蒋。为此，汪精卫派陈公博先行一步回国筹办具体事务。
1929年5月，改组派及一些地方实力派在上海成立“中国国民党护党革命大同盟”，组织“护党救”。唐生智、张发奎、石友三、李宗仁、何键、刘文辉等派代表参加，阎锡山、冯玉祥也与之建立联系。大同盟发表了宣言及决议案，呼吁恢复党权，号召武装反蒋，宣言奉汪精卫等为领袖，欢迎其归国护党。
1929的9月24日，汪精卫与陈公博、王法勤、顾孟余、陈树人、陈璧君等几人联名发表《中国国民党第二届中央执监委员会最近对时局宣言》，宣布发起讨蒋战争，谴责蒋介石把持政权，摧残民众，排除异己的罪行，并列举了蒋介石的10大罪状，提出5项主张：改组国民政府，筹备召集“三全”大会，否认蒋介石“三全”大会后的一切决议案，否认蒋介石出卖国家利益的一切秘密文件，反对蒋介石发起的编遣会议等。声称：只有打倒蒋介石，才能熄灭战祸。10月上旬，汪精卫由法国经香港回到广州。
汪精卫依然以党统维护者自居，打出“中国国民党第二届中央执监委员联席会议”的旗号，自立中央。同时，汪精卫分别委任唐、石为“护党救”第四、五路总指挥，唐联系了阎锡山、冯玉祥及各地大小实力派头目共同反蒋。
9月27日，俞作柏通电反蒋，在南宁就任“护党救”总司令职，率兵攻打粤军。11月间，张发奎联桂系，组成“护党救”共同讨蒋，第二次蒋桂战争爆发。11月22日，黄绍竑与张发奎在梧州会晤，商定军事合作。然后黄秘密潜回广西，联络旧部，李宗仁、白崇禧亦先后返桂，李、白、黄在南宁成立“护党救”总司令部，11月26日，设大本营于梧州，李宗仁为总司令，下辖桂军和张发奎部，合力会攻广东。蒋介石增兵援粤，12月初，何应钦在广州派军向张桂军进攻，张桂军失利，败退广西，与进攻广西的蒋军辗转苦斗，直到广州开非常会议，张桂军才得喘息，南方的“护党救国”战争一无所得。