捻军现在已经打散混入到了乡村之中，李明峰会合了袁甲三和苗沛霖的大军之后，在捻军活动地带进行了两次大规模扫荡。
最初张宗禹和龚得树、侯仕维有些自不量力，把李明峰当成了李鸿章之流，三人也组织起了五万大军在淮安附近和清军展开了大规模军团战。
李明峰只调用了刘铭传、宋庆两镇兵马就将其打的落花流水，溃不成军。张宗禹、龚得树、侯仕维看到形势不妙，连忙撤退。但是在撤退的过程中，又遭到了袁甲三、苗沛霖的追击堵截，五万大军被打的七零八落，死伤至少两万人。
这一战之后，捻子彻底放弃了正面作战，完全深入民间，展开游击战。
战役过后，所有城池都被捻子放弃，清军可以直接进驻苏北。从明面上看，除了几个贼首没有被捕，捻子已经近乎于彻底覆灭了，于是朝廷又对参战军队封赏了一番。李明峰以前所受封赏太高，这次只得了一盘朝珠，以示恩荣。
当然，老李对这一盘价值几百两银子的朝珠没有任何好感，直接放到库里锁了起来。
李明峰、袁甲三、苗沛霖看到捻子撤走，都趁机抢占地盘，山东南部，衮州、临沂，和苏北的宿迁、海州等大片土地为李明峰的常胜军所占据。处于四省交界处的徐州地区被苗沛霖抢到，袁甲三所获最小，仅抢到几个县城。
果然不出李明峰所料，捻子的游击战效果极其明显。虽然常胜军和袁家军、苗家军暂时占据了城市，但是捻子在各地的不断袭扰，让清军头疼不已。
袁甲三、苗沛霖最初没有意识到游击战的厉害，和往常一样管理新获取的城池。但是随着时间的推移，他们才惊觉捻子竟然还能给他们带来巨大的损伤。
现在正是秋季，收割的季节，苗沛霖、袁甲三都在垂涎当地丰收的粮食，所以派出部队到各个村子去收缴税粮。但是村子何其多？捻子活动地区至少有数千所村庄，所以也要派出大量的收粮队，每支收缴税粮的军队多则百十人，少则数人。
这样一来，就给了捻子偷袭的机会。每股捻子或者数百，或者上千，通过当地老百姓传递的情报，总能埋伏到正要去收缴税粮的清军，或者刚刚收缴完税粮的清军。
得到遇袭情报之后，袁甲三和苗沛霖总要派大军前去支援，但是大军抵达战场之后，却发现留下的只有清军的尸体，捻子早就逃的无影无踪了。即便是在附近乡村打听，也没有一点头绪。
只不到半个月时间，袁、苗两军就遇袭上百次，死亡数千人。
不单如此，有时候捻子还会聚集起大规模部队，攻击兵力较少的县城。攻陷之后，只是抢掠屠杀一番，然后就扬长而去，绝不和清军主力对抗。这样一来，袁甲三和苗沛霖都被打的焦头烂额，损失也是极大。
袁、苗二人甚至想要让出城池，不和捻子再这么纠缠下去。
幸亏李明峰早就料到了这种作战方式的威力，占领各大城池之后，老李严令常胜军士兵出城必须至少百人同行，而且免除当地百姓当年的税粮，这样就让常胜军避免了陷入人民战争的泥潭。
别人不去管，老李单单在自己的辖地开始了筹划已久的清乡运动。
李明峰先任命常胜军的中层将领担任临沂知府、海州（今江苏连云港）知州、衮州（今山东菏泽、枣庄）知州等职，州府下面的县令也全部是常胜军将领担任，然后又设立清乡保甲制度。
以户为单位，每户人家设一户长；十户为甲，设一甲长；十甲为保，设一保长。各保就该管区域内原有乡镇界址编定，或并合数乡镇为一保，但不得分割本乡镇一部编入他乡镇之保。
大乡镇假如有好几个保，则设保长联合办公处，由保长互推一人为主任。户长基本由家长充任，保甲长名义上由保甲内各户长、甲长公推，但县令查明不能“胜任”，或认为有更换必要时，可以命令原公推人另行改推。
户长须一律签名加盟于保甲规约，并联合甲内户长共具联保连坐切结，声明如有“为捻、通捻、纵捻”情事，联保各户，实行连坐。甲长受保长指挥监督，负责维持保甲内安宁秩序。联保主任受县令指挥监督，负维持各保安宁秩序总责，但各保应办事务仍由各该保长负责。
其实保长、甲长的工作很简单，就是检查所辖之地是否有捻子罢了。一旦发现，必须立刻上报，否则十户人家实行连坐，全部受刑，轻则蹲大牢、发配，重则掉脑袋。
而且保甲长必须每日都检查自己的辖地是否有外人进入，一旦发现陌生人，必须上报县令，否则以通捻论处。
苏北鲁南地区共有二十几个县，县令都是常胜军中出来的中低层将领，一般都是连长、营长级别的将领，麾下统领着数百常胜军。一旦接到当地群众举报，这些县令就会分析局势，假如敌人不多，则立刻带领自己麾下的士兵前去剿灭；如果是大股的捻子，则需要上报驻扎在临沂的常胜军总部，让总部派更多的部队年前剿灭。
这个政策实行两个月，常胜军共小规模出动四十余次，大规模两次，剿灭捻子上万人，给捻子造成了重大损失。
当然，也有一部分村镇顽固不化，暗中保护捻子。但是敌人从来都不是铁板一块，在高额悬赏之下，当地很多百姓都给常胜军偷送情报。遇到这种情况，老李从不手软，到当地直接将除举报人以外的村民全部屠戮一空。
常胜军连续屠杀了四五个村子，震慑了暴民，血淋淋的先例让苏北人民恭顺不少，捻子的生存环境越来越恶劣了。
无论是出于自保的需求，还是为了让亲属免遭连累，捻军都不能再在常胜军的地盘上战斗下去了。
当年冬季，捻军开始往袁甲三、苗沛霖控制的地区迁移。这样一来，袁、苗的压力又增大了许多。
连番吃瘪之后，袁甲三和苗沛霖终于注意到了常胜军的领地竟然几乎没有任何反抗行为，两人惊讶非常，连忙派人去打探。
自从实行了保甲连坐制度，常胜军领地就是铁板一块。任何一个陌生人到了当地，都会有人报给保长，然后再报给县令。袁甲三和苗沛霖派的上百个探子，除了几个机灵的跑的快，其余的全部被俘。
李明峰问明情况，也不怪罪，将这些探子又放了回去，并且告知了自己所实行的政策。
袁甲三和苗沛霖得知李明峰实行的“保甲连坐，三光政策”这么有效，也立刻跟着仿效起来。一时之间，捻军的生存岌岌可危，就连张宗禹、龚得树、侯仕维等捻军大佬也多次遇险。
困兽犹斗！形势既然如此险恶，捻军空前的团结了起来。黄旗、白旗和红旗，捻军剩下的三大旗聚集全部兵力八万人，猛攻淮北宿州。捻军准备打破宿州，然后渡淮河南下，去和太平军汇合。
宿州是苗沛霖的地盘，捻子打宿州，他最着急，连忙带领大军前去解救，并且发文向李明峰、袁甲三和福济三人求救。
不过，老李和袁胖子、福大巡抚三个人都不是什么善男信女，苗沛霖遇险，他们可没人想去帮忙。
对于袁甲三来讲，淮北紧靠着河南，苗沛霖势力越小，河南受到的威胁也越弱。福济就更不用提了，朝廷巴不得苗沛霖和捻子互相拼个你死我活呢，他又怎么会出兵相救呢？
老李也是报的这个心思，别人越弱越好，自己越强越好！
三个人在接到苗沛霖的求援信之后，都无一例的回信安抚他。声称其所遇不过是小股捻军罢了，不要惊慌。并且三个人都保证，马上就会派遣援军，但是直到捻子围攻宿州一个月后，三军都没有任何动静，于是苗沛霖就陷入了孤军苦战之中。
苗沛霖苦守宿州，和捻子大战六次，不分胜负，双方都损失惨重。后来苗沛霖才醒悟过来，何必要和捻子死磕？
捻子所求不过是要渡淮河，南下罢了，要渡淮河，不经过李明峰的领地，就要经过他苗沛霖的领地。捻子欺软怕硬，不敢招惹李明峰，决定从苗沛霖这渡河，所以才猛攻宿州。
既然捻子是借路逃命，苗沛霖又何苦来的和他们玩命？
想明白事情经过，苗沛霖发文给捻军，声明要罢兵三天，然后将宿州让给他们。捻军最近也损失巨大，既然苗沛霖肯让一步，捻子也乐得和和气气的解决这件事情。
双方商议完毕之后，苗家军带着各种金银财宝和物资离开宿州，将这座淮河上的重镇让给了捻子。至于城里的老百姓是否会遭到抢掠，那就不是他苗沛霖在意的事情了。
又过数日，捻子进城，将宿州屠戮一空。城中十几万人成了刀下之鬼，数不尽的女子遭到奸污，整座城池成了人间地狱。
发泄了多次战败的苦闷之后，捻子一把火烧了这座城池，然后才渡河南下，抵达皖中。