19世纪欧洲的探险家们却对这个传说深信不疑，尽管一直没人找到过那些传说中的水晶头骨。直到1927年，英国姑娘安娜在她生日那天，终于有了一个惊人的发现。
安娜的养父米歇尔·黑吉斯是英国的探险家、大英博物馆玛雅文化委会员的成员，对玛雅文明痴迷而狂热。1924年，米歇尔组织了一支探险队从英国利物浦出发，沿水路到达中美洲，与他同行的还有他心爱的养女安娜。
探险队在当地玛雅人的帮助下，终于在今天中美洲的伯利兹荒无人烟的热带丛林中，发现了一处古代玛雅人的城市遗址。这是一座被藤蔓和大树淹没了的古城，探险队用了整整一年，才使得这座古城得以展现它昔日的风采。
这座古城废墟让米歇尔惊呆了，城堡的高度远远超过周围的村庄，它高150英尺，占地6平方英里，包括金字塔、宫殿、墓冢、城墙和地下室，城堡的每个地方都是用割好的白石头砌成，玛雅人竟然凭着原始的石斧创造出工艺如此精湛的作品，其劳动强度无法估量。
从小受养父的影响，17岁的安娜也对眼前的一切兴奋不已，她小心翼翼爬上了城堡最高点的金字塔顶，一览热带丛林的绚丽风光。正是因为她当初的好奇心，才使得玛雅人的一个旷世之谜重见天日。
安娜正在饱览风景时，她突然发现金字塔的裂缝深处有一个东西闪闪发亮。她立即告诉了养父，米歇尔带着探险队的全体成员登上了金字塔顶，把裂缝边松动的石头移开。经过了几周的努力，终于刨开了可容一个小个子进出的窟窿，安娜只身爬入这个窟窿的底部，她突然发现一个东西照亮了她的脸，仔细一看，是一个犹如人头骨的水晶，她非常兴奋，把它带回到了金字塔顶。
安娜发现的宝物是一块通体透明的水晶头骨的上半部分，米歇尔命令队员们继续挖掘。3个月后，他们在25英尺外的地方又找到了水晶头骨的下半部分，两块头骨合在一起，正好与真人头骨一般大小。
这个水晶头骨长17厘米，宽和高各是12厘米，重量是5公斤，它是用一大块完整的水晶，根据一个成年女人头颅的形状雕制而成的。它做工非常细致，鼻骨是用三块水晶拼成的，两个眼孔处是两块圆形的水晶，它的下颌部分可以跟头盖骨部分相连，也可以拆开，整个构成异常精巧。
按照惯例，米歇尔将水晶头骨献给了当地居民的首领。而当米歇尔的探险队将要返回英国时，当地的首领又将水晶头骨赠送给米歇尔，以回报探险队给他们提供药品和食物的帮助。后来人们就把这颗头骨称作”米歇尔·黑吉斯水晶头骨”。米歇尔去世后，这颗头骨就一直由安娜珍藏。
水晶头骨的横空出世，牵动了全世界考古学家们的神经。他们把水晶头骨和真正的人类头骨作了比较，发现除了眼部特征稍稍偏于人类的正常范围以外，其他参数都与真正的人类头骨相差无几……
一位玛雅老人告诉米歇尔这颗水晶头骨至少有10万年的历史，是为了纪念一位伟大的玛雅祭司而制作的。然而却没有多少人相信他这一说法。科学家们试图弄清楚它确切的制作时间，但是石英水晶的物理属性决定了它永远不会被知晓。
此外，头骨面部两侧的下方各有一个微小的圆形凹槽，使得下颌可以与头颅连结，还可以像人类头骨的下颌一样自由张合。雕刻精湛的牙齿，线条平滑的颧骨，无不显示出制作者对人体解剖学的透彻了解。
然而，水晶是世界上硬度最高的材料之一，用铜、铁或石制工具都无法加工它，而1000多年前的玛雅人又是使用的什么工具呢？另外，这种纯净透明的水晶虽然硬度很高，但质地却脆而易碎，科学家们推断：要想在数千年前把它制作出来的话，只可能是用极细的沙子和水慢慢地从一块大水晶石上打磨下来，而且制作者要一天24小时不停地打磨300年，才能完成这样一件旷世杰作。
根据传说的内容，水晶头骨里隐藏了人类起源和死亡的秘密资料，能帮助人类解开宇宙生命之谜，如果这是真的，那它会以什么方式来告诉人们这些秘密呢？难道有一天它真的会开口说话吗？科学家们当然不会相信。他们认为，如果传说是真的，那么水晶头骨就有可能是一个储存秘密资料的信息存储器，通俗地说，就是一块硬盘。
科学家们做过这样的实验，他们把水晶当作信息的存储介质，用激光把一些信息写进去，一段时间后又用指令将它恢复，里面的数据完好无损。实验证明，如果在数千年、数万年前有人把数据写进水晶头骨的话，它依然可以保存到今天。
如果水晶头骨真的是一个信息存储器，那么，数千年前的古代玛雅人是怎样将信息储存进去的呢，他们是不是已经掌握了现代人还没有掌握的科学技术呢？人们又该如何将信息提取出来呢？科学家们对此束手无策。
然而，古代玛雅人给我们的困惑还远不止于此。科学家们发现，当有光束照在这颗头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克·多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种“非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到“山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了。种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。
所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。对于这种说法，科学家们无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人的杰作呢。