眼见前方没有战报传来，皇帝对张经渐渐怀疑起来，他便派严嵩的门人赵文华前去浙江督战，赵文华一来到浙江便跟张经发生冲突，他催促张经出战，张经不从。赵文华便上书劾张经“耗费军饷，听任倭寇害民，畏惧倭寇不敢出击”，本就对张经怀疑的皇帝接到奏书后便下令逮捕张经进京讯问。就在这个时候，湖广的苗兵到了，张经让卢镗、俞大猷以及湖广永顺、保靖两地的宣慰使派兵合围，一战下来斩首二千级，溺死者更多，海盗在松江的大本营被摧毁，他们乘船逃到了海外。
张经的胜利并没有打消嘉靖对他的猜忌，反而使得皇帝认为他是在赵文华去了之后才主动出击，皇帝对他越发厌恶。张经被逮捕进京，判死。
张经跟历史上很多悲剧英雄一样就在于过于考虑自己的思想，不能够将帝王的信任和自己的想法有机的结合起来，一味按照自己的思路来，只能是空留余恨。比较之，那些比较灵活的人则更能够获得成功。
张经的死总体来说对于御倭大局并无太大影响，因为他头脑过于机械，如果在这个位置上一味干下去，对于御倭大业倒不见的是什么好的事情，但张经的死却给两广的土司兵和湖广苗兵带来消极影响，很快这些士兵再无兴趣与倭寇作战，不久便返回了驻地。
张经死后，赵文华接替了他的位置，赵文华的经历就表明他对于备倭此等事情并不在行，他跟浙江巡按胡宗宪走的较近，胡宗宪根据海盗飘忽不定的特点提出主抚的方略，这一方略深得赵文华的认同，他在严嵩面前保举胡宗宪为浙直总督。
胡宗宪将汪直的老母、妻子、儿子从监狱里放出来接到了杭州，然后私下里派人去海上跟汪直接触，胡宗宪跟汪直都是安徽绩溪人，胡想利用这层关系在御倭问题上有所作为。使者带了一些金银，转达了胡宗宪的意思，让汪直捕贼自救，并答应封官晋爵。汪直要求开放海禁，胡宗宪的使者也应承下来，答应就此事回去通融。
汪直的毛病就在于过于幼稚，胡宗宪本身就是个靠别人吃饭的人，他的话能有多大份量，即使胡想赦免他，皇帝能赦免他吗？即使皇帝想赦免他，那些御史、言官能赦免他吗？
此时汪直的日子也不好过，朝廷正处于御倭阶段，走私贸易也停了下来，几场战斗下来，自己也伤亡惨重，部下多有怨恨。人生达到了这个阶段，汪直对财富已经没兴趣了，他希望自己也能够封妻荫子，在家乡父老面前荣光一把。
胡宗宪得到了汪直的口信，便将此议上奏朝廷，廷议认为如果汪直能剿除倭患可以考虑对他的安排。
这个时候另外两个海盗头子徐海、陈东包围了桐乡，将浙江巡抚围困在里面。胡宗宪让人带着自己跟汪直之间的来往书信去见徐海，徐海看到汪直的书信后思想有些动摇。这时候派去的使者又开始挑拨说，陈东跟汪直已经联合好了，打算对付你，这样，徐海对陈东开始戒备起来。陈东见徐海的营中来了朝廷使者对陈东也猜忌起来。
徐海要求官府给予财物，胡宗宪都尽量满足，当官府将白银、绸缎、米面送到徐海军中后，徐海便撤了桐乡之围，眼见徐海撤兵，陈东便也撤了兵。
尽管徐海开始帮助朝廷捕灭海盗，但由于徐海、陈东在浙江的劫掠，朝廷对徐海、陈东已经由主抚转向主剿，当赵文华带着朝廷的新旨意再次来到浙江的时候，胡宗宪心里便有了底。
胡宗宪先让徐海将陈东绑来，然后乘夜派大军攻破了徐海军队驻扎在海边的基地，战斗连续进行了七天，最后徐海溺水而死，他的部下基本上都被歼灭，如此海盗头目只剩汪直一人。
作为主和派的严嵩、赵文华、胡宗宪此刻都希望能够跟汪直和谈，允许他们开始一些适当的贸易，然后让他们去镇压其他的海盗，达到以寇治寇的目的，因为这些人对海寇的藏匿地比官府有更深的了解。但发生在嘉靖三十六年（1557年）的赵文华被罢黜事件使得东南形势更加复杂化了，赵文华本身是工部侍郎兼以御史领浙江事，他作为工部侍郎负责皇宫被焚毁的几处大殿修复工作，但这几处工期都得到了延误，本就对赵文华绥靖政策不满的嘉靖将他削职为民，不久赵文华死去。皇帝对于赵文华的免职实际上就是释放一个强烈的信号，那就是对海盗不能姑息迁就，处于殿堂之高的皇帝考虑问题自然没有那么客观、理性，他只想看到结果，对原因与过程不感兴趣，这也是作为臣子的为难之处。
赵文华的死标志着刚刚打开局面的御倭大业再次变得扑朔迷离起来，皇帝因为赵文华的问题开始迁怒严嵩，严嵩再也不敢提主抚的策略，身在前方的胡宗宪竟也体会到时事的危艰。
此时的汪直完全不知道大明王朝政局的那种微妙的变化，还是愣头愣脑的将船队开到舟山群岛外海，他派人去见胡宗宪，声称自己来投降。这倒令胡宗宪为难了，接受汪直的投降对朝廷不好交待，自己也会人头落地，抓了汪直吧，对御倭大业有影响，不接受汪直的投降也不可能，消息都已经传出去了。最终胡宗宪还是在汪直来后将其抓捕投入狱中，胡宗宪给皇帝打了个报告，说此事由圣上来处置，接到奏书的嘉靖将皮球又踢了回去，说汪直应由胡宗宪来处置，胡宗宪只好将汪直关在狱中。
汪直的部下确定他们的首领被关押后，他们开始知道上当受骗了，于是他们继续进攻浙江、福建沿海的村庄，嘉靖将胡宗宪的部下俞大猷、戚继光免职，并命令戚继光、俞大猷在一个月内扑灭海盗活动，如果不能完成这个任务，就会跟胡宗宪一样逮捕进京问罪。
赵文华死后的御倭形势并不乐观，海盗们已经没有一个成熟的首领，即使有一个成熟的首领也不可能再信任官府，朝廷跟海寇之间失去沟通的渠道，只好采取消灭的方式来应对。胡宗宪似乎对海盗仍然采取绥靖的政策，在一次战斗结束后，俞大猷主张追击，但胡宗宪却放这些海盗离去，为了此事俞大猷被安上作战不力的罪名被逮进狱中，不久，就有福建籍的御史控告胡宗宪有意将海盗往福建赶，为的是推卸责任。
1559年，在汪直的残余力量被扑灭，汪直没有利用价值的情况下，朝廷下令将汪直处死。汪直在狱中曾上书说愿意带兵剿灭倭寇，以求通关纳税，但并无作用，当他得知自己的死讯后，他叹道：“吾何罪，吾死一人，恐苦两浙百姓。”
行刑那天，汪直要求跟儿子见最后一面，汪直将束发金簪拔下来交给儿子，父子相拥而泣，哭完汪直拭去眼泪，不发一言，引颈就戮。汪直死后，其老母、妻儿没入成国公家。
1560年是帝国御倭的一个分界点。在此之前汪直的残余力量已经基本被扑灭，剩下的一些人逃到福建和广东两省的交界处，跟广东的海盗会合在一起开始在闽粤沿海骚扰。而在南直隶和浙江的盗匪则已经不是以前的海盗，而是那些征募来剿倭的军队，在浙江的倭患已经解除的情况下，朝廷勒令其解散，他们又成了新的倭患。
1560年的御倭行动是由一名叫戚继光的人负责。戚继光是山东登州人，出身世袭官宦家庭，其祖上原为郭子兴部下，后跟随朱元璋，在明平定云南战役中，其祖上战死，从此戚家世袭登州卫指挥佥事一职，一直到戚继光世袭到今天。从元代起山东就是御倭的大本营，1556年朝廷将戚继光调到浙江来负责御倭事宜，戚继光负责宁波、绍兴、台州等一线重地。戚继光来到浙江后发现本地驻军不能战，客家军军纪又差，戚继光决心招募一支新型军队，实现以浙人守浙土的原则。
戚继光来到民风骠悍的义乌，他选了三千名矿工组成了他的这支新型军队，黄仁宇在他的著作《万历十五年》中写道，戚继光挑选士兵的原则是只收农民，不收城市居民，凡脸色白皙、眼神轻灵、动作轻快的人一概拒之门外，这些人都来自城市的无业游民，一旦交锋，不仅自己会逃跑，还会唆使周围的人一起逃跑，一旦受到审判的时候他们又会嫁祸于这些言辞笨拙的伙伴。按照戚继光的这个标准招进来的都是纯朴可靠的农民，戚家军的这种纯朴作风一直保留到戚继光死后多年。在30多年后的御倭援朝战争中，以戚家军为班底的蓟镇兵并没有像辽东军那样骄纵，他们不抢功，而且总是打头阵。
戚继光的军纪严明，他实行连坐法，一人退一人被斩首，全队退队长被斩首，队长殉职而全队退全队被斩首。
倭寇虽然没有骑兵，但是他们的集体作战能力强，日本人的那种在下级群体中的严密管理模式在这场战争中得到了明显表现，不论是作战还是宿营，倭寇的小头目都能够对下级战士进行严格的管理。在战斗中，他们的侦察、进攻、防守、撤退都有一套严密的组织程序，他们注重团体的联络性，这点无论是在战争还是宿营中都有体现。他们在劫掠村庄的时候，一般派遣二十人的小部队进入，用当地人做向导，有斥候侦察，尖兵开路，分层次的展开兵力，他们在撤退的时候也有人接应，在与官军作战中他们也讲究实攻与佯攻。
这些倭寇通常头戴鬼头面具，以海螺为号角，通常能令攻击他们的人感到胆寒，作战的时候他们有两把刀，双手握着一把长刀，增加砍杀的力量，另一支短刀插在腰间，用于攻其不备，每个人的后面还背有标枪，当标枪投掷过来的时候往往不知道这些标枪从何处而来。
作战的时候，他们的指挥将一把折扇向上一挥，他们一排人将刀刃向上，刀背向下呐喊着冲来，这样是为了麻痹对手。在对手的目光被那柄折扇吸引住的时候，那把折扇会突然调头向下一挥，然后这些进攻者会“哗啦”一声将刀锋全部转向向下劈来。
针对倭寇的这种作战方式，戚继光采取了“师夷技长以治夷”的方法，他创立了战法与倭寇相似的鸳鸯阵，这种鸳鸯阵也是小集体作战，强调集体的协调性，每人配一把长枪和一把腰刀，它的特点是攻守兼备。这种鸳鸯阵竟然成了倭寇的克星，跟倭寇的战法相比，它的优势就在于强调进攻与防守相结合的协调性，它不强调个人意识，完全强调的是集体意识，在这点上竟然比倭寇做的还要好。
1560年以后这些因为被遣散而成为头匪的军队很快被扑灭，因为他们没有海外的基地和支援。在1562年台州大捷后，浙江的倭寇基本上被肃清，戚继光带着他的军队又来到福建。
1562年严嵩倒台，胡宗宪受牵连也被捕入狱，但嘉靖依然支持胡宗宪所任用的这些将领，在戚继光、福建总兵俞大猷、广东总兵刘显的齐心努力下，从1562年到1567年经过五年时间的浴血奋战基本上肃清了帝国的倭患，此时，从1547年到1567年历经二十年的备倭行动终于取得了胜利。
在整场御倭战争中高层一直存在着两种路线的争论，一是朱纨、王忬、张经的主剿派，二是严嵩、赵文华、胡宗宪的主抚派。可以说主剿派实际上是夏言对外政策的延续，这种政策不仅体现在东南沿海问题上，也体现在北部防御问题上，而这两种问题都是由经济问题引起的，我们也可以认为以严嵩为首的主抚派都赞同对蒙古和倭寇开市贸易，但严嵩显然不会在皇帝面前提这种事情。
我们不能否认的是在御倭问题上最终还是严嵩一党解决了倭患问题，因为正是他们的主抚政策诱捕了汪直，而汪直的被捕可以认为是整场御倭战争的转折点，此后虽然倭寇凶猛，但已是强弩之末。还有个问题我们要搞清楚地就是皇帝在这个问题上的态度，皇帝究竟是主剿还是主抚，通过整场战争来看，虽然前期两种观点斗争激烈，为此还连死两位大员，但皇帝的心思还是主剿，虽然他也同意对汪直进行招抚，但那只是一种诱捕，高高在上的皇帝不可能跟这些海盗讨价还价，他看的更是结果，他也不会对底情有更深入的了解，高层跟底层的思维方式根本不一样。
为患二十年的倭患问题实际上暴露了我们这个帝国农耕经济与商业经济的那种尖锐冲突，我们的海禁自然有它的道理，一方面避免了外部文明的干扰，另一方面，如果一味开海会导致越来越多的人从事海外贸易，越来越多的土地开始种植经济作物，这些都会带来粮食的减产威胁到帝国的根本，恰巧在明末那个海外贸易活跃的年代就真实的发生了这种事情，它在一定程度上导致了帝国的灭亡；如果不开海禁，那么帝国与外部世界的冲突将会加剧，在我们的技术条件还达不到的情况下，也只有在保持农业根本和维持与外界碰撞情况下求生存。