晚年的蔡元培仍勤学不辍。在香港读书的篇目有：王闿运《湘绮楼日记》、傅东华译《比较文学史》、郭沫若《石鼓文研究》、张元济《校史随笔》、李玄伯译《希腊罗马古代社会研究》《五十年来的德国学术》以及《王阳明全集》《陆放翁全集》《游志汇编》等。
徜徉在学海书林，在广袤无垠的思想境界中翱翔，对蔡元培这样的人来说，读书是一种特殊的享受。
然而，港岛毕竟局处一隅，弹丸之地，远远不能满足他那阔大的需求。蔡元培不禁发出了“耐劳嗜学尚依然”“岛居颇恨图书少”的感叹。
读书暇余，蔡元培要应约为一些书籍撰写序文。先后有《鲁迅全集》序、肖瑜《居友学说评论》序、李宗侗《中国古代社会新研究初稿》序、任鸿隽《古青诗存》跋等。作为蔡元培晚年所留不多的文字，这些序跋的价值也就远远不止于其本身了。
让蔡元培倍感欣慰的是，晚年的他与夫人周峻相濡以沫、相依为命，夫妻感情融洽、恩爱有加，还不时作诗唱和、作画题咏。这给平常的家庭生活增添了许多雅情逸趣。
1939年3月，是周峻的五十寿诞，蔡元培专门赋诗《为夫人周养浩寿》：
“儿女承欢凭意匠，亲朋话旧煦心田。一尊介寿山阴酒，万壑万岩在眼前。”
世人大多觉得蔡元培是个当官（教育总长）的，而当官的人大多都会让自己的儿子去学法律、学政治，以后也好当官。
但蔡元培却不是这样，他曾写了七个字给周峻：“且从诸兄学实科。”
意思是告诫三个年纪还小的儿女要学习两个兄长，攻读实用的科目。
蔡元培，三段婚姻、七个子女。
王昭与蔡元培第一个孩子蔡阿根。
因为是长子的缘故，蔡元培对他寄予厚望，将所有的宠爱都给了他。不幸的是，蔡阿根在6岁的时候因病去世，小小年纪便永远离开了这个世界。
1898年，王昭与蔡元培的第二个儿子蔡无忌出生。
1914年，蔡无忌进入法国翁特农业学校学习，三年之后，又以优异的成绩进入了法国国立格里农学院学习。
1925年，蔡无忌回国，彼时的他已经成为了一个兽医学家。
他建立了上海兽医学校、畜牧兽医学会、中央畜牧实验所等多个对中国意义重大的机构。在畜牧业等相关领域中，蔡无忌可谓是开山鼻祖，也是一代宗师。
蔡无忌一直注重中国的食品安全，在他的带动之下，有了新中国第一个商品监察条例，国人的食品安全有了重要保障。
1900年，王昭去世。1902年，蔡元培与黄仲玉成亲。
1904年，黄仲玉生下了女儿蔡威廉。在很小的时候，蔡威廉就展示出了极高的艺术天赋，她先后到过德国、法国、比利时等国家，感受那里浓厚的艺术氛围。成年之后，蔡威廉进入布鲁塞尔美术学院、里昂美术专科学校系统地学习绘画。
提及二十世纪中国著名的油画家，蔡威廉绝对是不可置疑的存在。
她的肖像画曾经被人们广泛称赞，一幅作品千金难求。她的画中渗透的不仅仅是一个画家的技巧，更隐藏着一个女子享受生活的乐趣。
1907年，蔡元培的第四个孩子蔡伯龄出生。
幼年的时候蔡元培带着他游离欧洲各国，因此蔡伯龄小时候就拥有异于常人的眼界。1928年从比利时学校机械系毕业，1929年从法国电工学院毕业，1930年成为巴黎理学院物理学学士学位的获得者。
此后的几年，蔡伯龄跟随众多外国著名的物理学家做研究，磁学研究与强电磁设计成为了他的整个世界。
1934年获得法国研究发明局银质奖章，1927年获得埃梅•贝尔泰奖，在世界精英遍布的物理学领域，蔡伯龄闯出了一片天地。
1921年，黄仲玉病逝，2年之后，蔡元培与周峻走进婚姻的殿堂。
周峻与蔡元培的大女儿蔡怀新，是物理领域的杰出人才，毕业于交大物理系，曾经在复旦大学担任物理学教授。蔡怀新出版的《基础物理学》受到国际社会的广泛认可，她在物理学领域赢得了许多赞许的目光。
周峻与蔡元培的儿子蔡英多是典型的实干派，他醉心于航空事业，将自己的半生都奉献给了沈阳航空发动机集团。
小女儿蔡睟盎同样对物理学研究充满热情，她曾经在中科院做相关研究，是中国物理界不可多得的人才。
每个父亲，都有最钟爱的儿女，蔡元培也不例外。在其儿女中，他最喜欢的当属大女儿蔡威廉。
其幼女蔡睟盎曾回忆道：“本来父亲是计划从香港出发，转道越南，从陆路去昆明，和大姐会合。”
然而，蔡威廉却在1939年因病于昆明英年早逝了。
蔡威廉病逝的消息，周峻根本就不敢告诉丈夫。她和女婿商量好，每次写家信仍落款“威廉附笔请安”的字样。甚至于，周峻连子女们也没有告知，只是让蔡睟盎脱掉了红色的鞋。
可是蔡威廉已经是个名声在外的画家了，她去世的消息不可能只是一桩家事。果然，没过多久蔡元培就在一张昆明的报纸上读到了一则新闻，上面写着“女画家蔡威廉追悼会、遗作展”。
世上最伤心事莫过于白发人送黑发人，爱女蔡威廉的早逝对蔡元培打击是沉重的。他以悼念亡妻的习惯性模式，写了一篇文章《哀长女蔡威廉文》。
1940年3月3日清晨，蔡元培在寓所起床时，倏觉头晕目眩，失足仆地，口吐鲜血。
家人急召医生诊治。由于这一天是星期天，商务印书馆特约西医朱惠康至中午才赶到。后来，玛丽医院内科主任凌医生也应请前来会诊，疑为胃疾，建议住院治疗。
翌日，由周夫人和朱医生侍伴，送蔡元培过海到跑马地香港养和医院救治。
抵达医院不久，蔡元培即大量排血，陷入昏迷状态。虽然中外医师悉心救治，施以输血等措施，但蔡元培终以年高体弱，于3月5日9时45分与世长辞，终年73岁。
后来医生推断：“其摔倒在地，伤及内部，导致胃瘤出血，乃不治之因。”
当诊治医生互相争辩，试图将蔡元培从死亡线上拉回来时，他却对自己的生死并不看重，只管喃喃自语。
因说话模糊不清，身边照顾他的周新（蔡元培内侄）只是零星地听见，“世界上种种事故，都是由于人们各为己利。……我们要以道德救国，学术救国……”
这便是一代大师留在尘世最后的言语。
一位名人说过，在这个世界上，有的人是不会死的，因为他的精神永存。
蔡元培当属于这样的人。
蔡元培在香港病逝，引起全国各界人士的震惊和痛惜。3月7日，蔡元培遗体在香港摩理臣山道福禄寿殡仪馆入殓，香港各界敬送挽联。
国民党中.央海外部部长吴铁城代表国民党的最高领袖蒋介石主祭，前往致祭的各界人士有300余人。
同日，润之先生和中.共.中.央也分别发来唁电，润之先生在唁电中称蔡元培为“学界泰斗，人世楷模”，中共中央称蔡为“老成硕望”“勋劳卓著”，对他的逝世深表哀悼。
随后，在中国的西南大后方、西北的延安以及海外，军政、教育等各界人士举行了隆重的纪念活动。
3月10日是出殡的日子，香.港前往执绋者竟达5000余人。
蔡元培的灵柩最后被安葬在香.港岛南端的香.港仔华人永远墓地。
墓前立着京师大学堂校友叶恭绰所书碑刻：“蔡孑民先生之墓。”
全国各界人士纷纷举行了悼念活动，多家报刊载文赞誉他的功德，各主要党派和团体及各界名流纷纷致电吊唁。
民国政府发布褒扬令，称蔡为“高年硕学”“万流景仰”。
悼念期间，各界人士所送挽联，蔚为大观。
在后印行于世的《哀挽录》中，有一联云：
打开思想牢狱，解放千年知识囚徒，主将美育承宗教；
推动时代巨轮，成功一世人民哲匠，却尊自由为学风。
曾分别在武汉和广州国民政府担任过外交部长的陈友仁的挽联云：
薄元首而不为亮节高风千秋曾有几辈；
容百家之并起宏模雅量当代祗见斯人。
中.共.中.央周.恩.来的挽联云：
从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。
蔡元培病逝两年后，五十二岁的周峻带着儿女回到了上海华山路的住所。
蔡元培当年去香港时，将家藏的数百箱书寄存在上海科学社，只带去了一批常用书和大量手稿。可惜，那些常用书已在战乱中损失殆尽，而手稿幸亏周峻将之缝进了被絮里，才躲过一劫。
蔡元培给妻子子女留下了大量的精神财富，遗产却几乎为零。
其实蔡元培名声在外位居要职，找他走人情、通关系、送礼的也不是少数，他若想从中谋利易如反掌，但他一生廉洁。
1936年恰逢蔡元培七十大寿，他的学生和朋友们见先生为国家、为教育奔波操劳一生，却始终居无定所，所藏书籍也分散在北京、上海各地，于是想要集资建一房屋作为寿礼，好让他颐养天年。但这番美意被蔡元培婉言谢绝了。
刚正清廉的蔡元培，死后落了个一贫如洗的结果。他在香港治病所花费的那一千多元医药费，周峻都无法凑出。甚至于丧葬费她都愁得快要去典当衣物了，后来还是王云五伸出援手代筹的。
新中国成立后，周峻独自一人抚养子女着实不易。首任上海市长陈毅知情后，作出决定，特批将华山路的一幢房屋供蔡元培子孙后代永久居住。