柯南很快发现高大男子进入了米花大饭店301房间，开门的人正是暗夜男爵。柯南刚打算呼叫千钧，发现胖大婶文代从另外一个方向走过来，大惊失色。柯南被堵在中间，暗道这次玩完了，再被他们捉住必死无疑，等千钧赶到只有给自己收尸的份了。柯南躲在花盆后，焦急万分。突然挨着花盆的房门打开，走出一对母子，母亲要出去办事，交待儿子把门锁好。这位名叫正男的小孩挥手跟妈妈告别。柯南趁机溜入了正男的房间，躲过一劫。暗夜男责怪文代怎么这么慢，文代笑着随口解释。
正男翘着脚将门锁好，发现了房间里喘气的柯南，大叫，“小偷！”柯南急忙示意噤声，“我不是坏人，其实我是来追捕蓝波星宇宙坏人的宇宙侦探柯南！”正男仔细打量柯南，“乱说，你明明只是个小孩子！”柯南摸着头笑道，“那是为了掩人耳目，我才以小孩子的样子出现。”正男根本不上当，要求看看柯南的真面目，柯南无奈只好说不行。正男大怒，“你果然是小偷，我要打电话叫警察叔叔来。”柯南一看不好，急忙用变声器以正男母亲的声音说话，才成功忽悠过去，“嘿嘿，因为我是外星人，所以才能模仿任何人的声音。”这次正男相信柯南真的是宇宙侦探，羡慕柯南的蝴蝶结很漂亮。
柯南随后通知千钧尽快到3楼来，自己决定先冒险进去刺探些情报。柯南先用正男房间的电话叫了东西，然后又借了正男的口香糖，正男奇怪他借口香糖干什么，柯南想起千钧的口头禅，顺口说，“这是宇宙侦探柯南的最高机密！”
301房间，服务员推着车送葡萄酒和餐饮过来，文代开门询问，“奇怪，我们并没有叫这些东西啊？”服务员疑惑，“刚才确实有电话打过来啊。”暗夜男让服务员将车推进来，“也好，正好肚子饿了，大家充饥吧。”文代反对无效，暗夜男将服务员赶了出去，“少罗嗦，还不快点滚蛋！”服务员被吓得够呛，“这人好可怕，好像要吃人的样子。”暗夜男将房门关上，千钧扮成鲁邦随手带着一把普通的长剑也出现在走廊。
暗夜男发现房门的钥匙孔上被粘上了口香糖，露出冷笑，将房门彻底锁好。文代笑道，“我们先来干一杯吧。”暗夜男爵发出阴森森的笑声，掏出手枪，“等等，我先向你们介绍另外一个客人。”高大男和文代都莫名其妙，文代随后反应过来，“你说那小子，躲在餐车中？”文代蹲下身仔细查看，“搞什么嘛，根本没有。”暗夜男爵大笑，“餐车只是用来掩人耳目的，事实上，他躲在这里……”
暗夜男将衣柜用力拉开，里面露出惊慌失措的柯南。柯南暗叫这下完蛋了，暗夜男爵冷笑着将枪顶在柯南头上，“嘿嘿，你首先打电话叫服务员送餐，趁我们说话的时候，用口香糖粘在钥匙孔上，让自动锁失效，好让你外面的帮手能随时攻进来。再趁我们将注意力放在餐车上时，偷偷潜入躲在衣柜中。你以为我会上当吗？实在太小看人了。”柯南恼怒，“少得意了，我还有手表麻醉针……”柯南奇怪手表没反应，暗夜男爵嘲笑，“别白费心机了，昨天趁你昏迷时，我就把你这个机关手表给破坏了。”说完举起手枪，“等你到天堂后再后悔低估敌人的下场吧，平成年代的福尔摩斯，工藤新一！”
柯南暗道死定了，千钧一发之际，房间的门砰地一声巨响高速飞来，重重拍在暗夜男爵身上。暗夜男惨叫着被击晕在门下，文代和高大男当场镇住了，还没等反应过来，千钧飞速冲入，运用气感重拳出击，打在高大男的头部，高大男闷哼一声断成两截倒了下去。文代大叫举枪，千钧飞身出剑击飞文代手中的枪，柯南急忙大喊，“留个活口！”千钧随手擒拿，扼住文代的咽喉，文代大骇，想要说话，但是根本喘不过气来，拼命挣扎。柯南松了口气，危机终于解决了，“千钧，你怎么知道我有危险了？”千钧好笑，“你忘了，你的侦探徽章一直是开着的，里面的动静我在门口都听到了。”柯南才想起跟千钧联络完后一直忘了关闭徽章了。
文代似乎想要说什么，二人都没注意。二人惊奇发现高大男断成两截竟然没有一滴血流出来，柯南急忙上前查看。柯南把高大男的外套解开，惊叫出声，里面的人竟然是被震晕的阿笠博士，自胸部以上都是道具。千钧也恍然大悟，他还奇怪这个高大男子怎么如此不堪一击呢，原来上面全是假大空啊。千钧皱眉，“我k，阿笠博士也是黑衣组织的人吗？我还奇怪今天怎么也找不到他了，原来是这样。我们居然被他骗了这么久，太可恶了！”柯南一脸黑线，“拜托，你动动脑子好不好，阿笠博士如果是敌人，我们早就被杀死n次了！”千钧一愣，觉得柯南说的有道理，他的记忆碎片里也没有涉及到阿笠博士是黑暗组织成员的信息。
千钧将胖胖的文代扔到地上，文代大口喘气，刚才差点就憋死了。千钧冷笑，“说出你的名字，组织的基地、目的，包括你知道的一切情报，还有你们怎么知道江户川文代是柯南母亲的。你如果有半句假话，死肥婆，我会让你尝尝什么叫做mq十大酷刑！”柯南也确认博士没有什么生命危险，抱怨千钧干嘛这么大力气，千钧也无奈，“当时情况紧急，我以为这个高大男子的战力最强，所以出手就最重。还好我那一击打在头上，否则博士只怕已经骨断筋折了。博士也真是的，从事这么危险的活动，不事先跟我们说一声……”柯南却觉得事情有些蹊跷，感觉有些地方不大对劲。
柯南从刚才的餐车上取出一瓶水给文代，文代接过来喝了一大口，终于缓过神来。千钧也将门移开，暗夜男爵惨兮兮被砸扁在地上，千钧将他的枪扔给柯南，“这家伙被彻底砸晕了，我倒是很好奇，究竟是谁假扮暗夜男爵？”说着千钧将暗夜男翻过来，摘下了面具，“这个……那个……柯南，有些不对劲啊，怎么像是工藤大叔？”柯南也很惊讶，“啊？什么嘛，这不就是我老爸吗？”一些想不通的地方现在也彻底明白了，而暗夜男爵本来就是世界首屈一指的推理小说家工藤优作创作的人物。
千钧有些傻眼了，一种不太好的感觉蔓延上来，“那这个死肥婆是……”柯南也明白过来，文代站起来，“真是的，千钧，你这个混蛋，居然骂我是死肥婆！我要杀了你！你干嘛用这么大力气，我刚才差点没命，可恶，还打扮成鲁邦的样子来唬人……”文代将头部的面皮装饰撕去，露出一幅绝美的容貌，“妈妈！”“有希子大婶，不不，有希子姐姐……”有希子笑出声来，“连亲生儿子和最好的朋友都看不出破绽来，我真是最好的演员！”柯南彻底明白了，“好哇，你们竟然合起伙来安排这个事件戏弄我……哈，现在尝到苦头了吧！”
看着工藤有希子脸色不善，千钧急忙将工藤优作扶起来，输入一点生命原力。柯南也将博士放好，用力掐人中，博士迷迷糊糊地醒过来，“哇！鲁邦三世！咳咳，我刚才差点被打断……”工藤优作也慢慢醒过来，千钧不停向三人鞠躬道歉，有希子喷着口水吼着。千钧暗自腹诽，真是的，优作大叔搞出这么大的乌龙来，要是出手再重点后果就不堪设想了。外面的服务人员听到动静跑过来观看，看见房门都坏了，里面又是鲁邦又是暗夜男爵的，不知道怎么回事。千钧急忙过去解释，“我们正在拍戏，鲁邦三世大战暗夜男爵，不小心把门打坏了，我马上加倍补偿你们饭店的损失。”工作人员这才释然，千钧赔偿了一大笔钱后大家动身离开，将工藤优作送到康闪诊所救治。
浅井成实还是第一次见到大名鼎鼎的工藤夫妇，亲自给二人做了检查，有希子没什么大碍，休息几天就好。工藤优作伤得不轻，但也够不上重伤，身体有些部位有严重擦伤和轻微骨折，经过成实的救治后，再住院休息半个月即可。博士的问题也不大，回家稍事休息2天就行。成实忙乎完了后，问起他们是怎么受伤的，千钧只好胡扯，“是车祸意外了，优作大叔被压倒在最下面，博士被震晕了，有希子姐姐脖颈也受到碰撞……”柯南也让成实保密，“因为工藤叔叔和阿姨都是名人，不希望有太多的人知道这件事情……”成实点头表示明白，“保护病人的隐私本来就是医生的职责，何况我非常崇拜他们两个哦！”
下午5点多时，优作彻底恢复过来，成实依然去外面忙乎其他病人的事情。柯南将成实的事情详细告知了二人，优作和有希子都非常吃惊，他们都没想到刚才那个温柔美丽的女医生竟然是位男子，甚至，刚才有希子见成实在优作身上摸来摸去还多少有些吃醋呢。千钧问起他们怎么突然跑过来搞出这么大的事情来。有希子才苦笑着将前因后果告诉柯南和千钧。
原来，工藤夫妇回到日本后，发现新一失踪了，急忙找到了阿笠博士，知道了新一变小后的详细情况。工藤优作和有希子、博士就联手搞出这次的闹剧，想试试柯南的推理能力如何，有没有足够的能力自保。结果非常精彩，柯南成功引开了工藤夫妇，从房子里逃了出来，依照优作留下的线索找到了米花大饭店，还成功地进入房间。
柯南气呼呼地躺在病房的另一张床上，有希子笑着说，“好啦，别生气了，爸妈也是担心你嘛！”优作也笑出声来，“你唯一失败的地方就是在饭店房间里被我捉到，这些统统在我的意料之中！还有，你一直没注意到吧，我那把枪里都是橡皮子弹！”柯南不服气，“那我当时藏在2楼房间的储物室里你也知道？”优作自得，“没错，你的推理能力勉强及格了，可惜不够心细，亏我还特意扮成暗夜男爵的样子。”柯南怒吼，“拜托！我哪有心情陪你们玩这种游戏！当时我差点以为自己死掉了……”
柯南突然笑出声来，“爸爸，你也有算错的地方，你没料到千钧会突然冲进来救人吧，结果就悲剧了……哈哈……”优作有些气恼，“其实我故意让你妈妈留下那个徽章就是让你联络千钧，在米花饭店时我也猜到你在外面的帮手必定是千钧无疑。不过，我没想到千钧厉害到这种程度，就算是真正的鲁邦三世也不过如此吧，我们三个都差点没命了！”
千钧哈哈大笑，“在绝对的实力面前一切阴谋诡计都是没用的……”四个人都汗，优作正色对柯南和千钧道，“你们这次成功其实完全是侥幸。如果真的是黑衣组织发现你们的秘密，采取的手段就不仅仅是这样了。千钧再厉害，人力也终有穷尽，不可能打赢一个庞大的组织，而且一次不成功，还有第二次、第三次……直到你们被他们彻底消减为止。”千钧和柯南的脸色都凝重起来，二人虽然有些不服气，但还是承认工藤优作说的不假。一旦柯南的身份暴露，组织一定会双管齐下，一边派出大量的杀手缠住头脑简单的千钧，一边派人去擒拿无力自保的柯南。二人当中只要有一个被击破，剩下的一个都坚持不了多久。
优作见二人已经明白了问题的严重性，“所以你们现在安然无恙的前提都建立在秘密不被发现的基础上。新一，还是赶快离开这个危险的国家，跟爸爸妈妈到国外去生活吧！这样组织不会发现你仍然活着的秘密，千钧和你的朋友们也就不会有危险。”柯南有些挠头，有希子将柯南抱住，“你爸爸说的没错。我们是为了让你了解到目前的处境有多危险，才自导自演了这出戏。”阿笠博士也点头，“我也是明白了你父母的苦心，才配合参加的。”工藤优作继续加把火，“你想要是我是黑衣组织的同党，你现在早没命了。”
千钧反对，“新一，现在大敌当前兵临城下，我们绝不可以未战先怯。黑衣组织是非常强大，但也并非真的无敌天下，否则他们早就控制住整个日本了。我们现在有两个优势，一个是你变成柯南的秘密他们还不知道，这是我们最大依仗，想想看就算是组织的人也很难相信成年人变小这样天方夜谭一般的事情吧。另外一个就是黑衣组织终究是非法的，永远也不可能堂而皇之走在阳光下，行事自然有诸多顾忌。现在秘密调查局依然在努力查找他们，就算一时消灭不了他们，也足以让组织无法顺利扩张。还有，我们跟日本警视厅的关系非常好，随时可以请求他们的全力帮助，黑衣组织再厉害也终究不敢明目张胆地攻打政府。”
柯南点头知道千钧说的不假，有些犹豫。工藤优作坦言，“新一、千钧，还是太危险了，不管是黑衣组织还是秘密调查局，你们都是最弱的一方，根本无力参加这种高层次的角逐。日本警视厅对这种层次的犯罪没有什么太好办法的。别担心了，我有朋友在国际刑警组织（联合国警署）工作，我已经委托他们全力调查黑衣组织，他们也非常重视。新一，等解药弄到手你的身体就可以恢复了。所以，停止你的侦探游戏吧！”
柯南眼镜闪过亮光，“不，我自己的事情我自己解决，你们不要插手！”工藤夫妇震惊，柯南大笑，“我是平成年代的福尔摩斯，怎么可以在面对犯罪分子挑战的时候临阵脱逃！这是我自己的战斗，我要像福尔摩斯一样把组织背后的莫里亚蒂抓出来，让他彻底从世界上消失。我有最好的搭档帮助，他会全力保护我的安全。而且，我还有无法离开日本的理由！”柯南想起小兰期盼的样子，麻美苦苦的守候，怎么可以辜负她们的情意呢！
有希子非常生气，极力劝阻，优作叹了口气，“算了，就由他去吧。新一，如果身份真的暴露，你要马上跟我们到国外去，千万不可再有侥幸心理啊！在这之前，千钧，新一的安危拜托你了！”千钧珍重点头，“放心吧，优作叔叔，有我在，黑衣组织别想伤害到新一！今天这次演习，我也不过用了1%的力量而已！”工藤优作笑着点头，以为千钧只是在说大话，却不知道千钧第一次如此谦逊。有希子生气，“老公！”工藤优作突然露出戏谑的笑容，“新一还有无法离开日本的理由啊！”柯南脸红，“才没有呢！”有希子也想到了，忍不住笑出声来。
天色较晚的时候，千钧开车回家，打手机通知静杨她们可以回家了，阴阳师的法事做完了。可想而知，回到家的千钧要面对三个女孩的滔天怒火，“阴阳师？”“鬼呢？”“昨天晚上你在哪里过夜？”千钧刚想说回横野家过夜的，小雅微笑，“刚才晓月来电话，说你昨天不在家里。”静杨见千钧还在准备撒谎，冷笑，“编，你接着编，博士也说你不在他那里，还说你可能在外面鬼混！”“那个，我去文良家，对对，我昨晚在文良家。”直子好笑，“是吗？可是云灵说她昨晚一直和文良在外面同居……”静杨过去打他一拳，“别装了，我们都问过了，你的那些狐朋狗友都说昨晚没见到你！”
千钧无奈之下只好实话实说，“我昨晚带着黑闪在外面遛了一夜，真的，这次真没有撒谎……哎呀……直子你又踩我……小雅别咬啊……”说实话的代价是千钧被从屋子里赶出来，静杨娇斥，“千钧，你今天晚上带着黑闪继续去遛吧！”直子也笑道，“这是我听到的世上最搞笑的谎话了！”小雅也批评，“怎么撒谎的技巧退步这么多，说句实话真的那么难吗？”千钧欲哭无泪，这次说的真是实话啊。千钧拨通由美的电话，然而由美笑着告诉他，“美和子非要今晚跟我同f不可，你改天再来吧。”挂断电话，千钧恼怒都是博士报复自己，今天晚上就去他那里对付一夜好了。
毛利侦探事务所，小五郎大惊，“什么？你要又让柯南回来住！”文代笑道，“是的，不好意思啊，这个孩子说什么也不肯离开日本……”毛利侦探黑着脸打断她，“江户川太太，这个……”文代笑着拿出一张支票，“这是小南的抚养金和生活费，需要钱的时候就请你随意动用吧，不用客气！”大叔接过一看，大喜，“一百万！”小兰一愣，“拜托，爸爸，你好好看看，后面还有一个零！”小五郎有点晕了，“哇，是一千万！”一千万的生活费相当于七十多万人民币，工藤家真有钱。
小五郎的态度立即180度大转弯，张着嘴大笑，“这么可爱的孩子住在我家里，我也感到非常荣幸啊！我们都非常喜欢柯南，他住多久都可以！”柯南暗自腹诽，你不是喜欢我，是喜欢钱吧。文代鞠躬，“那小南就麻烦你了。”回过头，文代抱住柯南交给小兰，又不顾脸红的柯南拼命使眼色，仔细叮嘱小兰，“小兰小姐，这孩子拜托你多照顾了，小南真的很喜欢你啊！”小兰抱紧柯南，觉得很高兴，“真的，我也很喜欢柯南！”事情都交待清楚，文代对柯南挤了挤眼睛，笑着离开了。
大叔拿着支票还处在喜悦中，“干点什么好呢，这笔钱花完，等再过12个月，还可以向江户川太太再要一笔……哈哈……”小兰走过去，将支票夺过来。小五郎大惊，“小兰，你干什么啊？”“这张支票由我保管了，以后柯南的生活费我会从里面支取。这么多钱，足够柯南上到小学毕业了！你别想拿钱去赌马……”大叔的美梦瞬间破灭，“小兰，你有没有搞错？我是你爸爸，我有权支配家里的所有收入……”小兰冷笑，“柯南的生活都是我照顾的，你有关心过他吗？再说了，我已经过了16岁，是成年人了，当然有权支配这笔钱。”大叔彻底歇菜了，貌似柯南的起居生活全是小兰负责的，小五郎只好厚着脸皮让小兰施舍一点。小兰实在受不了老爸，答应给老爸十万作为补偿，但不能拿去赌马喝酒。小五郎觉得太少，小兰寸步不让……柯南无语了，大叔你也不至于寒碜到这个地步吧！
一个月后，工藤优作彻底恢复健康，和有希子离开日本，打算去环游世界。成田机场，优作说，“写了一个月的稿子真是累死了，这次能丢开稿件逃出日本，太有趣了！”有希子担心新一，优作说他顶不住会向我们哭诉的。柯南为了报复他老爸，用工藤新一的名义通知了所有的编辑部和记者，工藤优作就在日本准备离开。于是准备去旅行的工藤夫妇，被无数的人围在机场座位上，原因是工藤优作欠稿太多了，“工藤先生，令公子打电话告诉我们你在这里！”“快点交稿吧，你欠我们出版社308页！”“走开，我先来的！”“拜托，工藤先生！我们整个印刷厂都停工了，就等你的稿件！”……可怜的工藤优作忙得满头大汗，有希子被彻底冷落了，“真是的，又被儿子摆了一道！”优作打开电脑忙着码字，恼怒道，“可恶的臭小子！”柯南却在小兰怀里偷着乐，还自得地打哈欠。
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