朱元璋和林峰一战损失了十万明军精锐的消息传到了南方，一瞬间，南方的局势瞬间便崩盘了。各地豪强尽皆开始对朱元璋的态度更加冷淡了，好一点的只是偷税漏税，坏一点的有势力的甚至开始拒绝交税，甚至拥兵割据一方，对朱元璋的话是爱理不理。地方豪强更是变本加厉的剥削老百姓，以至于南方的农民起义也是层出不穷。这还不是最坏的，最坏的是很多朝中重臣也开始和起义军甚至世家靠拢，利用手中的条件迫使朝廷做一些让步。
朱元璋知道不能在放任局面这么下去，否则不需要林峰打过来，自己就先崩盘了。于是，朱元璋成立臭名昭著的东厂、西厂和锦衣卫。东厂监督百官的作为和言行，西厂主要收集民间老百姓的看法，锦衣卫负责刺探情报和暗杀起义军首领。东、西两厂和锦衣卫制度确立以后确实缓解一些矛盾。比如，锦衣卫收集民间言论，有个老百姓说自己吃不饱、穿不暖，说某个官员贪赃枉法。锦衣卫将情况反馈给东厂，东厂在通过一些特殊渠道来对那名官员来进行调查。如果最后确认那个官员真的是那样，东厂马上对其实行抓捕不需要通过上面审批。
结果，事情就出在了锦衣卫制度之上。京城有人谣传胡惟庸造反，锦衣卫的首领恰好和胡惟庸有点恩怨。于是，锦衣卫便开始了对胡惟庸的陷害，但谁知道这场陷害案引起来多大的连锁反应。其牵连之广，比之前世有过之而无不及。
起因是这样的，锦衣卫受皇帝之命调查胡惟庸的表弟，结果被胡惟庸发现了。胡惟庸当即暴跳如雷，胡惟庸从很早就跟随了朱元璋了，当真是劳苦功高。胡惟庸一向骄横，尤其是现在朱元璋不得不倚重胡惟庸的时候他当场命人杀死了这位在场的锦衣卫。无巧不成书，这名死的锦衣卫正好是锦衣卫统领的亲弟弟，那位统领当场没有发作，但心里已经憋下了这款恶气。没有过多长时间，就有老百姓说胡惟庸贪赃枉法，锦衣卫统领便命令下面人开始去收集证据。朱元璋也想给胡惟庸一个教训，再加上朱元璋本身也比较痛恨贪官，就默认了锦衣卫便宜行事。结果谁也没有想到这场普通的案件给大明官场带来多么严重的影响。原来在朱皇帝默认锦衣卫搞事的情况之下，再加上两者之间本来就有龌龊，锦衣卫可谓是把天都给捅破了。锦衣卫最后调查出来胡惟庸不仅贪赃枉法，还在朝堂之中结党营私，现在朝堂之上很多官员都是胡惟庸的门徒要不然就是他举荐的。最可怕的是，锦衣卫查出来胡惟庸和那些起义军之间有勾结。
但这些证据送到朱元璋面前，朱元璋冷汗都吓出来了，朱元璋当即下令将胡惟庸全家斩首示众。而且这一次胡惟庸案牵连了很大一部分朝廷官员都跟着倒了霉。重一点的发配边疆，轻一点也都是遭了牢狱之灾。
一个朝中一品大员连个审判程序都没有就直接杀了，而且很多被牵连的人和胡惟庸都只见过一两次面。所以，朱元璋这一次可谓是走了一步臭棋。这么搞下去，也弄得整个大明所有官员每日都战战兢兢、如履薄冰。