假如我们回想上面简单讲过的情况，也就是低等动物的眼睛构造的范围的问题，包括广泛的、分歧的、逐步分级的，如果我们没有忘记的话，已经灭绝类型的数目比所有现存类型的数目肯定多得多，那么就很容易证明，在自然选择的作用下，那个被色素层和透明的膜环绕、覆盖着一条视神经形成的简单装置，能够成为任何一种关节动物所具备的那种完善的视觉器官。
看到这里的读者，倘若在看完本书后，仍然发现其中的许多事实没有别的方法能够解释，只有自然选择的变异学说能够说明白，那么，他就应当坚定地承认这一点；虽然在这种状况下，他还不清楚它的过渡状态是怎样的，但他也应该承认，即使是雕的眼睛那样完善的构造也是这样形成的。有些人曾经反驳说，要想使得眼睛发生变化，并且作为一种完善的器官被保存下来，必须同时发生许多变化，但据推想，自然选择是做不到的。但倘若变异是极其细微且逐步发生的，那么就不必假设一切变异都是同时进行的，就像我在论家养动物变异的那本书中曾试图说明的。
另外，共同的一般目的也可能有不同种类的变异进行服务，正像华莱士先生曾谈到的：“在焦点过短或者过长的时候，晶状体的调整功能是通过改变曲度或者密度来实现的；假如因为曲度不规则，光线不能聚集于一点，那么进行改进的办法便是增加曲度的规则性。因此，对视觉而言，眼睛肌肉的活动和虹膜的收缩都是不必要的，只是在所有的阶段中使这一器官的构造得到增加和完善化的改进罢了。”脊椎动物在动物界中占据最高等的地位，其眼睛的结构最初极其简单，比如文昌鱼的眼睛，没有什么特别的装置，只不过是由透明皮膜形成的、长有神经并被色素包围的小囊。在鱼类和爬行类中，就好像欧文曾讲过的：“折光构造的诸级范围很大。”依照微尔和的看法，有一点具有举足轻重的意义，在胚胎时期人类的晶状体是由袋状皮褶的表皮细胞积聚构成；而玻璃体是由胚胎的皮下组织构成的，人类的晶状体是如此美妙透明。尽管这样，要想对这样奇特但并不是绝对完善的眼睛的形成得出不失公允的结论，就必须抛开想象运用理性，但是这对于我来说是很困难的，因此有的人把自然选择原理应用得如此深远故而有所犹豫，对此我并不奇怪。
不拿眼睛和望远镜作比较，几乎是不可能的。因为大家都知道望远镜是经过人类长期不断的努力的最高智慧的结晶，大家自然而然地推断眼睛也同样是经过一种几乎相似的过程而形成的。可是这一推断难道不略显专横吗？我们怎么能够确定“造物主”以同人类一样的智慧在做事呢？假如非得拿眼睛和光学器具进行比较的话，那我们设想一下，它有一个间隙中充满着**的、下面有感光神经的厚层透明组织，而且还要假设为了分离成密度和厚度各不相同的厚层，这一厚层内各部分的密度缓慢但不间断地在变化着，各层的表面缓慢地变化着形状，各层之间的距离也不尽相同。
大家还要进行更进一步的假设，就是假设有一种总是非常关注各层的每一细小改变的力量，而且在条件改变的情况之下，还能仔细地通过任何方式或程度出现的相对清楚一些的映像保留所有的变异。大家还要假设，该器官的每一种状态都一直被保留到更好的出现之后，那时旧的状态才全部被毁灭，而且它的每一种新的状态，全是成百上千地增加着。在生物体中，生殖作用可能无穷尽地增加因变异导致的某些细微的变化，而通过准确的技巧将任何一次的进步都选择出来的则是自然选择。此类活的光学器具将比玻璃器具制作得更好，因为该过程成百上千年地发生着，并且每一年作用于成百上千的不同种类的单个体，就好像“造物主”的工作比人的工作做得更好一样，这一点大家不能不相信，不是吗？
过渡方式
如果可以论证任何一个复杂器官是在没有经过许多的、不断的、细小的变异过程而形成的，那么我的说法就得彻底破产，但是我还未发现这种情况。人们目前对很多器官之间的过渡各级还不是很了解，假如考察那些非常孤立的物种的时候，这种情况就更加明显。在我看来，这是由于它的四周的类型已经大部分灭绝了。又或者说，我们考察同一个纲内的所有成员共同具有的一种器官时，亦是这样，因为在这种情况下，那器官必定形成于久远的时代，然后本纲内所有成员才发展起来；我们必须考察本纲极其古老的始祖类型，才能寻找到那器官经历过的过渡各级，但是这些始祖类型早就已经灭绝了。
我们不能妄言，不经过某一种类的过渡各级就能够形成器官。在低等动物中，相同的器官同时具备迥然不同的机能的例子可以举出许多；比如蜻蜓的幼虫和泥鳅，它们具有能够兼营呼吸、消化和排泄功能的消化管道。再如水螅，它的外层就能负责消化，而负责消化的内层可以负责呼吸功能，因为它的内部可以翻到外边来。在此种情况下，原本具有两种功能的器官的全部或者一部分就会在自然选择的作用下专门负责某一种功能，假如大有裨益的话，该器官的性质就会在不知不觉中发生极大改变。大家都清楚，自然界中存在众多种类植物正常情况下一块儿出现构造不同的花的情况，假如这类植物只开一种花的话，这类物种的性质将要较突然地出现大的改变。但是有些步骤现在也许在一些个别情况下仍然存在着，也许原先是从分级很细小的步骤中分化出来的，就像相同的一株植物出现的两种花。
还有一种非常重要的过度方式，就是两类迥异的器官，或者是两类形式很不相同的器官，能够在同一个个体里发挥一样的机能：在动物中举例来说，鱼通过鳃来利用溶解于水里的空气，同时通过鳔利用处于游离状态的空气，而富有血管的隔膜将鳔分隔开，还有鳔管来供应空气。此外，还能够在植物中举一个例子：植物有三种攀缘方式，一是用具备感觉的卷须卷住一个支持物，二是用分发出来的气根，三是用螺旋状的卷来绕；通常情况下，一种植物群只运用其中的某一种方法，不过有几类植物是同时用两种方法，也存在一个个体同时运用三种方法的情况。这种情况下，为了能够担任所有的事务，两类器官中的某一个将会发生变化并达到完善化，它在变异的过程中，曾受到另外一种器官的影响；而另一类器官也许会因为另外一个迥异的目的而改变，也或许会完全消失。
作为一个不错的例证，鱼类的鳔清楚地给我们讲明了一个极为重要的事实：本来为了漂浮这个目的形成的器官，却变成了很不相同的目的，即呼吸的器官。而听觉器官的补助器，也是鳔在有些鱼类的体内的另一种作用。在位置和构造上，鳔都和高等脊椎动物的肺作用相同或者是非常的近似，这是所有的生理学者都承认的。所以，鳔实质上已经成为了肺，也就是一类专营呼吸的器官，这是毋庸置疑的。据此推断，任何脊椎动物的真肺都是由一种尚不清楚的古代的具有漂浮器也就是鳔的原始型一代代改变来的。欧文对这些器官有过饶有趣味的描述，我是根据他的描述推断出来的，我们就能够弄明白为什么要冒着将它们掉到肺里的危险，而一定要让吃下去的食物和饮料经过气管上的小孔，虽然那里长有一个奇妙装置能够让声门紧闭。高等脊椎动物已经彻底没有了鳃，但在它们的胚胎里面，颈两侧的裂缝和弯弓形的动脉标示着鳃原来的位置。可以想象，现今彻底没有了的鳃，也许正逐步在自然选择的作用下为某一不同的目的而服务。就像兰陀意斯说过的，昆虫的翅膀是由气管进化而来的。可能在这一庞大的纲目中，曾经被用来呼吸的器官已经转变成为飞行器官了。
在对器官的过渡这一问题进行考察时，非常重要的一点是一种机能转变为另外一种机能的可能性，因此我愿意以另外一例为证。我将有柄蔓足类的两个不大的皮褶称之为保卵系带，它通过分泌黏液将卵聚集在袋中，直到卵孵化。因为这种蔓足类没有鳃，全身表皮和卵袋表皮还有小保卵系带，全部是呼吸器官。藤壶科也就是无柄蔓足类就有所不同，因为没有保卵系带的关系，卵松散地放在袋底，外面还包着紧闭的壳，不过在相当于系带的地方却长着一张膜，它和系带、身体的循环小孔自由相通，庞大而且极其褶皱，博物学者都认为它具有同鳃一样的作用。我估计，这一科里的保卵系带与别科里的鳃在严格意义上是同源的观点会被所有人认同；虽然在实质上它们是互相逐步转化的。因此，不用怀疑，那两个小皮褶原先只是附带的、同时对呼吸作用帮助也不大，却已在自然选择作用下，变化成了鳃，只因为它们增大了体积并流失了黏液腺。倘若有柄蔓足类已全部灭绝，因为有柄蔓足类所遭受的灭绝比无柄蔓足类严重得多，谁会猜到无柄蔓足类的鳃起初是作为防备卵被冲挤出袋子外的一种器官呢？
最近美国科普教授和另外一部分人提出主张，即可能存在另外一种通过生殖时期的提前或者推迟的过渡方式。有的动物可以在获得完全的性状之前的极早的时期繁衍，这是我们现在所认知的，假如此能力在一个物种里得到了完全的发展，也许其成体的发育时期早晚会消失。此时，尤其是当其幼体和成体的差异很大时，此物种的性状就必须有显著的改变或推迟，甚至退化。有许多动物的性状直到成熟之后，几乎还在其生命过程中接连进行着改变。举个例子来说，哺乳动物的颅骨形状经常会随着年纪的增大发生重大的改变，穆里博士曾就此举出过海豹的一些动人的例子。
鹿越老，角的分支也越多；有的鸟越老，羽毛也变得越好看，这是很多人懂得的道理。科普教授认为，随着年岁的增大，某些蜥蜴的牙齿形状会有巨大的改变。根据弗里茨·米勒的记述，甲壳类动物成熟后，不单单是大量细小的部分，就是某些重要的部分，也会显现出新的特性。在这类例子当中，还能够列举出许多例子：比如物种被推迟了繁殖的时间，此物种的性状，起码是成年期的性状，一定会产生变异；在有些情况下，前期、早期两个发育时期可能会迅速结束，最终消失，也是有可能的。我还不能十分确定，物种是不是经常出现或曾经出现过此类比较突兀的过渡方式。假如这种情况曾经出现过，那么幼体与成体间以及成体与老体间的差别，在最初的时候可能还是逐步地产生的。
自然选择说的疑难焦点
自然选择学说仍然存在着严重的难点，即使我们在断言一切器官都不可以从相连的、细微的、过渡的各级产生的时候有多么的小心。
在下一章中，我们将讨论最严重的疑难之处——中性昆虫，其构造常常区别于雄虫与可以生育的雌虫。另一个难以说明的问题就是鱼的发电器官；由于想象不出这种奇妙的器官是经过怎么样的步骤形成的，所以连它起什么样的作用我们也不是很清楚。对于电鳗和电■，毋庸置疑，这些器官具有坚强有力的防御功能，抑或是捕食功能。但是对于鹞鱼来说，根据玛得希的结论，即使在受到巨大的刺激时，它尾巴上长的与发电器官相似的器官，其发电量也不足以达到上述目的的任一用途，因为其发电量实在是太小。