1856年春，临安汉族恶霸煽动汉人入南安州和楚雄府城捕杀回民，“老弱鲜得免者”，楚雄府的汉族官绅也残暴地屠杀回民。临安汉族恶霸等在广通（今禄丰县广通镇）、罗川（今禄丰县西南）、禄丰等地逞凶之后，拟前往省城昆明屠杀回民，回众起而自卫。
新兴（今玉溪）回民首领马凌汉率回民千余，在距昆明二十里的小板桥，将临安汉人恶霸打败。这本来是正当的自卫行动，却被当地官府指责为“纠众谋逆”、“阴谋作乱”。云南巡抚舒兴阿和团练大臣黄琮竟“饬各府厅州县聚团杀回”，署布政使清盛也下达了对昆明回民“格杀勿论”的命令。
云南官府高层策划的对云南回民的野蛮屠杀，终于迫使回民百姓走上武装叛乱的道路。同年6月姚州（今姚安）回民首先起事，7月即攻占州城，随后各地回民相继响应。
在滇西，杜文秀起于蒙化（今巍山），蔡法春起于顺宁（今凤庆），杨荣、虎应龙起于鹤庆、丽江；在滇南，马德新（字复初）起于新兴，马如龙起于临安北面的曲江，马凌汉、杨振鹏起于昆阳（今晋宁），徐元吉起于澂江（今澄江）；在滇东，马联升起于曲靖，马荣起于寻甸。回民武装叛乱的烽火遍及云南全境。
与此同时，汉族和彝、哈尼、白、壮等各民族底层百姓也纷纷跟进。
哀牢山区李文学领导的彝族百姓武装叛乱队伍，一开始就同杜文秀领导的回民起义军并肩战斗。其他起义队伍也或者单独作战，或者与回民起义军彼此支援，相互配合，有的则直接参加了回民起义的行列。
这时，虽然各地民族仇杀事件在不少地区仍不同程度地存在着，但是以杜文秀为代表的各族底层百姓，通过斗争实践逐步认识到官府和地主武装团练才是回汉仇杀的真正罪魁祸首，是各族百姓共同的敌人，从而摒弃民族相仇的偏见，走上了共同反对朝廷的武装斗争道路。
……
以回民为主体的云南各族百姓发起的武装叛乱，极大地震动了朝廷。
咸丰帝闻讯勃然大怒，立即令正在贵州镇压当地苗民起义的云贵总督恒春折回云南，“痛加剿洗”。但自太平天国起义以来，朝廷不断征调各省清兵赴江南镇压太平军，云南防军也“半经外调”，所剩清军不敷派遣，顾此失彼。回民叛乱武装正是趁此有利时机，迅速发展力量开展与地方清军的斗争。
滇东、滇南各族百姓揭杆而起之初，组织比较分散没有统一号令以及明确目标。曲靖、临安、东川（治今会泽）、开化（治今文山）等府和广西州（治今泸西）的许多小股起义军武装，各自为战先是击败了前来“围剿”的清军和地主团练武装，进而主动进攻，围攻清军盘踞的城市。
滇东回民武装起义军轻松控制平彝（今富源）至嵩明之间的大道，徐元吉部回民军则占据了接近省城昆明的澂江府城。随着战争的延续和发展，各地起义军力量不断壮大，并逐渐从互相支援发展到联合行动。
1857年夏，马如龙、马德新、徐元吉等率领滇东、滇南回民起义军两万人，经晋宁（今昆明市晋城）、呈贡向昆明进发。当时昆明城中清军很少，团练因无人督率纷纷溃散。
云贵总督、云南巡抚和团练大臣等束手无策，只得紧闭四门等待援军。7月12日回民起义军占据距城仅五里的江右馆为大营，分据大树营、王家桥、堡基、马街子、碧鸡关、红庙、西坝等村寨，随即发动对省城的围攻。
清军被打了个措手不及，城内粮源断绝战守无兵，云贵总督恒春无计可施自缢而死；巡抚舒兴阿也“引疾乞假”，藏匿家中。
其时，朝廷正忙于镇压太平天国起义，无力顾及云南，只得调四川总督吴振棫为云贵总督，带川兵二千名赴任。
吴振棫慑于回民起义军的声威，一面奏请朝廷将“主剿”回民的团练大臣黃琮、窦垿革职，以麻痹回民的反抗意志，一面召请在外省任职的云南籍回族官员回滇，以拉拢和收买回民起义军首领。
滇东、滇南起义军的主要领导人马德新和马如龙都是回族上层人物（马德新是云南回民的总掌教，马如龙则是出身于官宦之家的清朝武生），他们公开声明，起兵“止欲报仇，不敢为逆”，只要当局惩办“倡首灭回者，以服众心，即行解散”。
由于他们根本没有触动满清在云南的统治决心，因此在云贵总督衙门的利诱之下于1858年春与官方订约，承诺“永不滋事”，并将围攻省城的回民起义军撤离散归各地，滇东、滇南起义军第一次围攻省城遂告结束。
而当滇南、滇东回民起义军由于马德新、马如龙等人的妥协遭受挫折的时候，滇西回民起义军却在首领杜文秀的领导下，不断地发展壮大。
杜文秀（1828—1872）字云焕，号百香，云南永昌府保山县金鸡村人，回族。
1845年（道光二十五年），永昌府汉族地主团练组织“香把会”，在官府的支持和纵容下，大肆残杀回民。杜文秀以家属被杀，未婚妻被掳，于1847年上京控诉，但冤仇终不能伸。
失望之余，他逐渐认清了朝廷的真实面目，激发起反抗朝廷和地方官府压迫的想法。回到云南之后，便在云州（今云县）、蒙化等地暗中组织回民，酝酿大规模武装起义。
1856年8月，杜文秀乘云南提督文祥率兵离大理赴楚雄的有利时机，在蒙化率众发起武装起义。
9月7日杜万荣、蓝金喜在大理府城揭杆起义，杜文秀闻讯，立即率手下回民为主的起义军前往大理，与当地回民会合大败清军，毙迤西道林廷禧、太和（今大理）知县毛玉成等。9月16日大理知府唐惇培败逃宾川（今宾川南），回民起义军胜利占领大理城。
夺据大理的胜利，使一部分起义军首领昏昏然，他们不去组织力量防御清军的进攻，却自恃有功争权夺利。有的起义军首领抱有传统的民族偏见，任令部众抢掠汉人，引起大理群众十分不满。
这时，杜文秀挺身而出，组织指挥部众击退了鹤丽镇千总张正泰对大理的进攻，并且明确提出：“欲做大事，必须收拾人心，不宜专尚威力。且汉众回寡，尤须重用汉人。”
杜文秀在正确是时候提出了正确的主张，得到起义军上下的赞同。由于他“精力强壮，忠直廉洁，素为众人所敬仰”，遂被推举为总统兵马大元帅。
10月23日，滇西回民起义军齐集大理校军场筑坛拜帅。杜文秀以原提督署为大元帅府，组织大理武装起义政权。授蔡法春为扬威大都督，总各路军事，其他文武官员也各有职称。宣布“遥奉太平天国南京之召号，反对满清统治”，并通令“改正朔，蓄全发，易衣冠”，以示推翻满请朝廷的决心。
为了巩固新生政权，杜文秀领导下的大理政权制定各种法律法令，实行了一系列有利于发展反清事业的方针政策。
第一，对各族百姓一视同仁，平等对待，改善民族关系。还在起义之初，杜文秀就提出了“重用汉人”的正确主张，大理政权建立以后，即实行“不分汉回，一体保护”的方针，对其他民族百姓，也采取同样的政策。
杜文秀制定的《管理军政条例》规定：“族分三教，各有根本，各行其是。既同营干事，均宜一视同仁，不准互相凌虐。”
这种“无分汉回夷，一以公平处之”的民族政策，改善了大理政权控制地区各民族之间的关系，得到了他们的拥护和欢迎。
第二，减轻百姓负担，努力发展生产。大理政权规定废除丁银（人口税）和其它苛捐杂税，田赋只征粮米；“地方税课，旧有例者，方准抽收。不得私加名目，妄自征收”，以减轻百姓负担。
同时，大力发展生产。农业方面，发放耕牛、农具，招民垦荒，奖励农耕。对工商业，采取保护和促进的政策，严禁文武官员“以官压市，轻价估买”，积极发展纺织、采矿、制盐等工业生产。
随着生产的发展，不但百姓生活有了一定程度的改善，而且使起义军有充足的军饷，保证了反清斗争的继续进行。
第三，制定军事制度，严格组织纪律。起义初期凡属回民青壮年都要当兵。大理政权建立后，规定回族三丁抽一，五丁抽二；对汉族和其他民族，则分派一定的数额，由其各自出兵。
一切军机事宜，须集体商酌，最后由元帅裁决。遇有大的军事行动，派出统带官作为元帅代表统率部队，带兵官不论何职，都要服从统带官的指挥。起义军中有严格的军纪和赏罚制度，鼓励将士服从命令，英勇作战。
杜文秀还特别强调群众纪律，规定起义军不得“无故下乡，滋扰良民”，或“故意纵放牲畜，践踏田禾”，严禁“毁拆庙宇，扰害民房”，不准“强买估卖”等等。以上规定和军纪，保证了起义军的兵源，统一了帅府的军事指挥，取得了当地百姓的信任和支持，提高了起义军的战斗力。