随着曾纪泽的工业越铺越大，他对民间资本的需求也在与日俱增，而每一次的引资，他都不得不对那些商人们的身家进行详细的调查和核证，这就使得融资的过程比较冗长。
为了更多，更程序化的吸引民间资本，曾纪泽在与韩殿甲等人经过商议之后，决定在江苏衙门中增设一个“商务司”，专职负责政府主控企业的资本协调工作。
商务司暂设三科，一科为“招商科”，专门负责向民间投资们宣传政府的相关工业项目，吸引他们的资本流入。
二科为“审计科”，除了对投资者的安全性进行调查之外，还担负着另外一项重大的职责，即对各工业企业的财税账目等经济项目的审计调查。
曾纪泽深知但凡有政府涉足到商业活动中，什么呆账坏账，亏空贪污之事总难避免，即使是他管理再严格，也不可能完全杜绝下边人的贪婪。光靠嘴上的说教是不够用的，曾纪泽建这个审计科，就是为了从经济上对企业进行监督，以实际手段查处那些贪官污吏。
商务司的第三科叫作“公关科”，这一科的设立其实与商业没有半点关系，他作为曾纪泽幕下直接领导的一个特别的组织，之所以被归于商务司，只是曾纪泽为给它找到个掩护的名目。
这个公关科早在曾纪泽来沪之初就已建立，它的职责是专门负责北京朝廷方面的公关活动，说白了，就是向那些有影响力的朝臣们、贵族们、太监们行以重贿，使他们在朝廷涉及有关于曾纪泽方面的决策时，提供有力于他的影响。
其实公关科也可以叫作“行贿科”，曾纪泽来这一手，虽然不大厚道，但却一针见血的抓住了清廷官场腐败的本质，手段虽不太光彩，但效果却是显著的。
清廷对他这个江苏巡抚一再的放权，似乎是出于给曾国藩的面子，但这里头公关科的作用却绝不可忽视。不过，代价也是昂贵的，在曾纪泽的私人账目中，每个月都会有近一万两的银子，拨给了这个见不得光的部门。
商务司成立之后的第一个项目，自然就是造船厂的引资活动，这是一个无论从规模，还是政府重视程度而言，都十分重大的工业项目。商务司向商界方面做了大张旗鼓的宣传，所收到了的效果也是十分明显的。截至到三月中旬，招商引资工作已经基本完成，造船厂的总启动资金将达到两百万两白银。
曾纪泽的原计划是，令容闳再联络驻美国方面的办事处，为船厂购置相关的机器，但他很快意识到自己并没有那么多的时间来等待。
依照目前的战争形势，太平天国也有可能连1864年也撑不到就完蛋，那将是一个重大的历史转折点，曾纪泽必须在此之前，让他的造船厂投入生产运营，为他的淮军水师源源不断的制造舰船。
所以，在经过一番考后，曾纪泽决定采用历史上李鸿章用过的方法，就近在上海收购一家设备齐全的外商工厂，近快的投入转产就可以开工。
曾纪泽让韩殿甲去务色合适的收购对象，上海这座东方第一大港，其船舶修造市场本就十分繁荣，计有英国人杜拉普经营的新船坞、莫海德经营的董家渡船坞、霍金斯开设的立祥安顺船厂、包义德开办的祥生船厂，以及美商旗记铁厂等十余家船厂。
而上海的船舶市场又是有限的，面对如此激烈的竞争态势，本就有几家船厂无意继续经营下去，有意出售。韩殿甲经过实地考察，经过再三的精挑细选之后，最终选定了旗记铁厂。
该厂位于虹口租界内，号称“洋泾浜外国工厂中机器最大者”，韩殿甲在经得曾纪泽允许后，以60000两银子的价格，买下了整座旗记铁厂，其中包括价值20000两的铜、铁、木料等材料。除此之外，当时的旗记铁厂总工程师美人人福斯、8名外藉机械师，以及600多名铁厂工人都愿意继续留下工作，这些技术型人才无疑于又是一笔巨大的财富。
旗记铁厂的原来厂址位于美租界内，美国人反对中国在他们的租界内制造军火，且厂中工匠繁多，屡与洋人发生口角生事。另一方面，为了能不断的扩大规模和修造轮船，既需要发展余地的地界，也必须择一滨江处。于是韩殿甲申请将铁厂所有设备搬到了城南高昌庙滨临黄浦江的地方，圈地70余庙，重新修建厂房。
在经过了一系列的努力之后，新的企业终于在黄浦江畔破土动工，曾纪泽将这家新生的近代化企业命名为了“江南制造总局”。
江南制造总局的厂房建设非常庞大，东、西、北三面环为高墙，正门两人侧以木栅栏围之。进门中央为公务厅，东设文案房、画图房、总库房；迤北为生铁厂、木工厂；北设大火器厂、汽锤厂、轮船器机锅炉厂；迤西设炮厂、炮弹厂、水雷厂、炼钢厂，西为汽机厂，西北为熟铁厂。局门外至黄浦江边是一大片空地，有直道通往码头。直道东为长达99米的泥船坞和造船厂，西为木栈。
江南制造局规模之宏大，所设车间类别之多种样，在整个东亚都是首屈一指的，曾纪泽在给曾国藩的信中写道：“机器制造一事，为今日御侮之资，自强之末。抑儿尤所陈者：洋机器于耕织、刷印、陶埴诸器皆能制造，有裨民生日用，原不专为军火所设，妙在借水火之力，以省人物之劳费，仍不外乎机括之牵引，轮凿之相推相压，一动而全体俱动，其形象固显然可见，基理与法亦确然可解。惟其先华洋隔绝，虽中土机巧之士，莫由凿空而谈，逮其久风气渐开，凡人心智慧之同，且将自发其覆。儿料数十年，中国富农大贾，必有仿造机器制作自求利益者，官法无从为之区别。
曾纪泽办江南制造局这样的大事，虽然是经过了朝廷的允许，但作为曾国藩的直属下属，以及他信赖的儿子，曾纪泽深知没有得到曾国藩的首肯和支持，事情相办成是不易的，也是很不妥的。故他向曾国藩写了此书，力陈其国利害，希望能得到老爹的支持。
曾纪泽在此信中很清楚的阐明了自己办洋务的思想，其一：即军火工厂除造军火之外，必须造民用产品。其二：中国人的智慧并不逊于西人，只要能铲除封闭隔绝，对外开放，必能创造性的发展而超过西人。其三，私人投资实业的资本主义发展趋势，已是天下大势，不可逆转。