因喇嘛教的感化，使漠南北游牧民族犷悍之气潜消。向来侵略他人的，至此反受人侵掠，而有待于中国人的保护，这亦是一个新局面。卫拉特，就是元时的斡亦剌，明时的瓦剌。当清初，其众分为四部：曰和硕特，居乌鲁木齐；曰准噶尔，居伊犂；曰杜尔伯特，居额尔齐斯河；曰土尔扈特，居塔尔巴哈台。时红教还行于后藏。后藏的藏巴汗，为其护法。五世的第巴桑结，乃招和硕特固始汗入藏，击杀藏巴汗，而奉班禅居札什伦布。是为、班禅，分主前、后藏政教之始。于是和硕特部徙牧青海，遥制西藏政权。桑结又嫌恶他。再招准噶尔噶尔丹入藏。把固始汗的儿子达颜汗袭杀。其时噶尔丹业已逐去土尔扈特，又把杜尔伯特慑服了。至此，遂统一卫拉特四部，其势大张。
1688年，噶尔丹攻喀尔喀。三汗部众数十万，同时溃走漠南。清圣祖乃命科尔沁部假以牧地。而亲自出塞大阅，以耀兵威。1695年，噶尔丹以兵据克鲁伦河上流。清圣祖亲自出塞，把他打破。1697年，又自到宁夏，发兵邀击。这时候，噶尔丹伊犁旧地，已为其兄子策妄阿布坦所据。噶尔丹穷蹙自杀。阿尔泰山以东悉平。三汗遂各还旧治。
然而伊犂之地，还是未能动摇。清朝乃以其间，平定西藏和青海。先是五世死后，桑结秘不发丧，而嗾使噶尔丹内犯。噶尔丹败后，尽得其状。圣祖下诏切责。会桑结为固始汗曾孙拉藏汗所杀，奏立新六世。圣祖乃封拉藏为翼法恭顺汗，以为藏事可从此平定了。而青海、蒙古，都说拉藏汗所立是假的。别于里塘迎立一。诏使暂居西宁。正在相持之间，而策妄阿布坦又派兵入藏，把拉藏汗袭杀。于是藏事又告紧急。好在西藏人都承认了青海所立的。圣祖乃派皇子允禵和年羹尧，从西宁、四川两道入藏，把准噶尔的兵击退，而送青海所立的入藏。1722年。圣祖死，子世宗立，固始汗之孙罗卜藏丹津，煽动青海诸喇嘛叛变，亦给岳钟琪袭破。于是青海、西藏都平，梗命的只有一个准噶尔了。
1727年，策妄阿布坦死，子噶尔丹策凌继立。清朝想一举而覆其根本。还没有出兵，而噶尔丹策凌先已入犯。清兵出战不利。策凌就进犯喀尔喀。为额驸策凌所败。清高宗乃定以阿尔泰山为准、蒙游牧之界。这是1737年的事。到1745年，噶尔丹策凌死，准噶尔又生内乱。高宗乃因辉特部长阿睦尔撒纳的降，用为乡导，发兵把准部荡平。而既平之后，阿睦尔撒纳又叛。亦于1757年，给兆惠等打定。
喇嘛教虽然盛行于蒙古和海、藏，而天山南路，则仍自成其为回教的区域。天山南路，在元时本属察合台汗国。后来回教教主之裔和卓木，入居喀什噶尔，因为人民的尊信，南路政教之权，遂渐入其手。而和卓木之后，又分为白山、黑山两宗，轧轹殊甚。策妄阿布坦曾废白山宗，代以黑山，而质白山酋长的二子于伊犂，是为大小和卓木。清兵定伊犂后，二子归而自立。1759年，亦给兆惠、富德等打平。于是从天山南北路以通西域的路全开。葱岭以西之国，如浩罕、哈萨克、布鲁特、乾竺特、博罗尔、巴达克山、布哈尔、阿富汗等，都来通朝贡。清朝对西北的国威，这时候要算极盛了。
其对于西南，则因廓尔喀侵犯西藏，于1792年，遣福康安把他打破。廓尔喀人请和。定五年一贡之例。廓尔喀东边的哲孟雅，本来服属于西藏；更东的哲丹，则当雍正年间，即已遣使来进贡；也当然成为中国的属国。清朝因为防护西藏起见，乃提高驻藏大臣的职权，令其在体制上和、班禅平等。又颁发金奔巴两个：一个藏在北京雍和宫，一个藏在西藏大昭寺。、班禅和大胡土克图出世有疑义时，就在这瓶中抽签。所以管理西藏的，也渐渐严密了。
以上所述，是清朝对于西、北两方面的武功。至于南方，历代对外的关系，比之西北，似乎不重要些。然至近代，随着世运的进化，其关系亦渐次重大。原来在南方和中国紧相邻接的，便是后印度半岛。自唐以前，安南本是中国的领土。其余诸地方，开化的程度很浅。自宋以后，安南既已独立，而半岛的西北部，又日益开化。南方的国际关系，也就渐形复杂了。当明初，西南土司，以平缅、麓川为最大。其南为缅甸。又其南为洞吾。又其南为古剌。其在普洱之南的，则为车里。车南之南为老挝。老挝之南为八百。这时候，中国的领土，实尚包括伊洛瓦底江流域和萨尔温、湄公两江上游。平缅、麓川，在元代本为两宣慰司。明太祖初命平缅酋长思氏兼辖麓川。后来又分裂其地，设立若干土司。思氏想恢复旧地，屡次造反。自1441后十年间，明朝尝三次发兵征讨，卒不能克，仅立陇川宣抚司而归。思氏在当时本有统一后印度半岛西部的资格。自为明所破坏，亦终至灭亡。于是缅甸日强。1583年，因寇边，为明将刘綎所击破，然明亦仅定陇川。自此中国对西南，实力所至，西不过腾冲，南不过普洱附近，就渐成为今日的境界了。
缅甸酋长，本姓莽氏。1754年，为锡箔江夷族所杀，木梳土司雍籍牙，入据其地。取阿瓦、平古剌。至其子孟驳，又并阿剌干，灭暹罗，国势颇盛。1765年，遂寇云南边境。高宗两次发兵，都不能克，后因其请和，许之而还。暹罗是当明太祖时，受封于中国的。既为缅甸所灭，其故相郑昭——本是中国潮州人——起兵恢复。以1778年即王位。旋为前王余党所弑。养子华，定乱自立。以1786年，受封于中国。缅人怕中国和暹罗夹攻他，才遣使朝贡请封。安南黎氏，自离中国独立后，至1527年，而为其臣莫氏所篡。至1674年，乃得完全恢复。当复国之时，实赖其臣阮氏之力。而郑氏以外戚执政。阮氏和他不协，南据顺化，形同独立。至清高宗时，又为西贡的豪族阮氏所破。并入东京，灭郑氏，留将贡整守之，贡整想扶黎拒阮，又为阮氏所破。时为1786年。清高宗出兵以讨新阮，初破其兵，复立黎氏末主。后复为阮氏所袭败，亦因其请和，封之而还。清朝对于安南、缅甸的用兵，实在都不得利。但是中国国力优厚，他们怕中国再举，所以虽得胜利，仍然请和，在表面上，总算维持着上国的位置。
至清朝对于川、滇、黔、桂诸省的用兵，虽然事在疆域之内，然和西南诸省的开拓，实在大有关系，亦值得一述。原来西南诸省，都系苗、徭、倮儸诸族所据。虽然，自秦、汉以降，久列于版图，而散居其地的种落，终未能完全同化。元时，其酋长来降的，都授以土司之职，承袭必得朝命。有犯顺、虐民，或自相攻击的，则废其酋长，代以中国所派遣的官吏，是之谓改流。虽然逐渐改流的很多，毕竟不能不烦兵力。湖南省中，湘江流域，开辟最早。澧、沅、资三水流域，则是自汉以降，列朝逐渐开拓的，至清朝康雍时代，辟永顺和乾州、凤凰、永绥、松桃等府厅，而大功告成。贵州一省，因其四面闭塞，开辟独晚。直至1413年，始列于布政司。
而水西安氏、水东宋氏，分辖贵阳附近诸土司，和播州的杨氏，仍均极有势力。明神宗时，播州酋杨应龙叛。至熹宗时，调川、滇、湖南三省之兵，然后把他打平。其时水东宋氏已衰，而水西安氏独盛。到毅宗初年，才告平定。于是贵州省内，惟东南仍有一大苗疆，以古州为中心。而云南东北境，有乌蒙、乌撒、东川、镇雄四土府。西南部普洱诸夷，亦和江外土司，勾结为患。清世宗以鄂尔泰总督云贵，到底把云南诸土司改流。鄂尔泰又委任张广泗，把贵州的苗疆打定。此等用兵，虽一时不免劳费，然在西南诸省的统治和开发上，总可算有莫大利益。惟四川西北境的大小金川，高宗用兵五年，糜饷七千万，然后把他打下，那就未免劳费太甚。亦可见清高宗的举措，都有些好大喜功，而实际则不免贻累于民了。
第五、清中叶的内乱
清朝的中衰，是起于乾隆时代的。清朝是以异族入主中原的，汉人的民族性，虽然一时被抑压下去，然而实未尝不潜伏着，得着机会，自然就要起来反抗。如此，就酿成了嘉、道、咸、同四朝的内乱。
清中叶的内乱，是起于1795年的。这一年，正是高宗传位于仁宗的一年。其初先借苗乱做一个引子。汉族的开拓西南，从大体上说，自然于文化的广播有功，便苗族，也是受其好处的。然而就一时一地而论，该地方原有的民族，总不免受些压迫，湖南永顺、乾州一带，当初开辟的时候，土民畏吏如官，畏官如神。官吏处此情势之下，自不免于贪求。而汉人移居其地的又日多，苗民的土地，多为所占。这一年，遂以“逐客民，复旧业”为名，群起叛乱。调本省和四川、云南、两广好几省的兵力，才算勉强打平。然而事未大定，而教民的起义已起于湖北了。
白莲教，向来大家都说他是邪教。从他的表面看来，自然是在所不免。但是这种宗教，是起于元代的。当元末，教徒刘福通，曾经努力于光复事业。而当清代，此教的势力，也特别盛，在清代起兵图恢复的，都自托于明裔，而嘉庆初年的所谓川、楚教乱，其教中首领王发生，亦是诈称明裔的。便可知其与民族主义不无关系。不过人民的信仰不一，而在异族监制之下，光复的运动也极难，不能不利用迷信的心理，以资结合，到后来，遂不免有忘其本来的宗旨的罢了。然而其初意，则蛛丝马迹，似乎是不可尽诬的。