他区别了“天下之法”与“一家之法”。他把所谓“三代以上之法”理想化，认为“三代以上之法”是为天下而设立的，是为天下人民的生养教化而设立的，目的在于解决人民的物质生活与文化生活的问题。而“三代以下”的法，是为保持私家的政权而设立的，君主，既取得了政权，唯恐自己政权的命运不长久，子孙不能保持，预先考虑一些防备的办法，“思患于未然以为之法”，这只是“一家之法”。制定这种法，是为了保持私家的政权，为了独占一切利益，“利不欲其遗于下，福必欲其敛于上”。于是这法不得不很细密。“故其法不得不密。法愈密而天下之乱即生于法之中。”法制越细密而流弊也就生出来了。这种法是有害于天下人民的。
“前王不胜其利欲之私以创之，后王或不胜其利欲之私以坏之。坏之者图足以害天下，其创之者亦未始非害天下者也。”黄宗羲这样抨击了主义的法律，指明了封建社会的法制是专门保护君主私人利益而损害人民的。
黄宗羲认为应该废除主义的“一家之法”，而恢复“天下之法”。他提出“有治法而后有治人”的学说。必须有正当的法制，然后依法办事，才能办出成绩。如果法制不合理，即使有“能治之人”，也受法的牵制，为避免嫌疑而左顾右盼，只能在法所允许的范围内办事，不可能作出特殊成就来。
他说：“自非法之法桎梏天下人之手足，即有能冶之人，终不胜其牵挽嫌疑之顾盼，有所设施，亦就其分之所得，安于苟简，而不能有度外之功名。”这就是说，改革法制是必要的，假如不从根本上改变制度，社会的情况是无从变好的。他强调了改革法制的必要性。
黄宗羲更提出了以学校为议政机关的思想。他认为，应该扩大学校的职能，使一切治理天下的设施都出于学校，然后设立学校的意义才算完备——“必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备”。这样，学校应该是决定“是非”的最高机关。“天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为非是，而公其非是于学校。”皇帝应该听从学校的公议，政治上决定是非的最高权力应该归于学校。
他指出，东汉太学生的“危言深论”，北宋太学生的主持公议，都是正当的。假如当时的朝廷以学校的是非为是非，国家就可以保持平安了。“学官”，即学校的校长和教师，不应由政府任命，应由公众推举。“郡县学官”，由“郡县公议，请名儒主之”。首都大学的校长，更须由大儒担任。“太学祭酒，推择当世大儒，其重与宰相等。或宰相退处为之。”这祭酒应是皇帝的师傅。每月初一，皇帝到太学，宰相六卿谏议等官都跟着，“祭酒南面讲学，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言无讳”。祭酒对于朝政应有监督指导的作用。而郡县学官应监督指导郡县政事。在郡县，每月初一、十五，召集绅士和读书人开大会，“学官讲学，郡县官就弟子列”，郡县官有政事缺失，小的就批评纠正，大的就敲鼓宣布于公众之前。这样，皇帝以至官吏在思想上都应受学校的指导。
黄宗羲所谓学校，有议政的权力，有监督的作用，培养舆论，决定是非，监督政府，进退官吏，这可以说是各阶层知识分子参与政权的机构。这所谓学校，从议政的功能来讲，在一定程度上类似于议会，可以说是地主阶级知识分子的议会。
应该肯定，黄氏所提出的扩大学校职能的学说是中国历史上最早的关于议会的设想。这种设想在当时当然是空想，没有实现的可能，然而在当时反对封建独裁，也还具有进步的意义。
《明夷待访录》一书，在清代被列入。到清代末年，进步的知识分子把这本书刊布出来，进行民主主义思想的宣传，当时这本书发生了很大的启发鼓舞的作用。
三、“气外无理”、“心即是气”
关于理气问题，黄宗羲赞同明代一些唯物主义者的见解，肯定“理为气之理，无气则无理”。他认为，从宇宙整体来看，“气无穷尽，理无穷尽”，都是永恒无限的，无始无终的；从万事万物来看，“日新不已”，气有变化，理也随而有变化，“不以已往之气为方来之气，亦不以已往之理为方来之理”。
这就是说，理是依气而存在，随气而变化的。他坚决否认理的独立存在，他说：“天地之间，只有气，更无理。所谓理者，以气自有条理，放立此名耳。”
这就是说，气是实体，理只是气中的条理，并非另外一个实体。黄宗羲反对程朱学派以理为最高实体的客观唯心主义，他接受了一部分唯物主义者的理在气中的观点。陆王学派从陆九渊以来即强调形上形下的统一，反对程朱理在气先的观点，黄宗羲讲气外无理，在一定意义上也可以说是继承和改造了陆王学派的传统；但他明确肯定明代唯物主义者王廷相等人在这一方面的学说，他显然接受了唯物主义的思想。
但黄宗羲又认为，世界是气的世界，又是心的世界，心才是最高的实体。他说：“盈天地皆心也。变化不测，不能不万殊。”“故穷理者，穷此心之万殊，非穷万物之万殊也。”（《明儒学案》自序）世界万物只是此心的变化，这也就是认为，世界只是心的表现。他更提出“心即气”的学说，认为：天地之间充满了气，生出人来，生出物来。“人禀是气以生，心即气之灵处。理不可见，见之于气。性不可见，见之于心。心即气也。”（《孟子师说》卷二）心就是气的“灵处”，所谓灵处即强调认识作用。理气关系和性心关系是一致的，性就是理，所以心就是气。他又说：“气未有不灵者，气之行处皆是心，不仅腔子内始是心也。即腔子内亦未始不是气耳。”
黄宗羲的哲学思想有两方面。一方面，在理气问题上，他宣扬了“理在气中”的唯物主义观点，批判了程朱学派的客观唯心主义；另一方面，在心物问题上，他又宣扬“一切皆心”，接受了王守仁的“心外无理”的主观唯心主义，坚决反对理在心外的唯物主义观点。他的哲学思想可以说是摇摆于唯物主义与唯心主义之间。气没有不灵的，所以气就是心，心就是气了。陆九渊、王守仁讲“心即理”，即认为心外无理，理在心中；黄宗羲讲“心即气”，也就是认为心外无气，气在心中，即认为一切存在都是心的表现。
黄宗羲讲心，也有与陆王不同之处。第一，陆王讲“人同此心，心同此理”，强调心的永恒不变与唯一无二。黄宗羲却认为心是万殊的，是变化不测的。第二，陆九渊讲“本心”，王守仁讲“心之本体”，黄宗羲却说：“心无本体，工夫所至，即其本体。”这否认了心有本来状态，修养所达到的境界就是心的本来状态。这里，他强调了“变化”，强调了“工夫”。他认为，学术途径很多，“其途亦不得不殊”，如果“必欲出于一途”，是没有好处的。他强调说：“夫先儒之语录，人人不同，只是印我心体之变动不居，若执定成局，终是受用不得。”
黄宗羲受王守仁的影响很深，他所写的《明儒学案》以王守仁为明代学术的中心人物，他更坚持王守仁“心外无理”的唯心主义观点。他曾说：“天地万物之理实不外于腔子里，故见心之广大。”如果“以天地万物之理即吾心之理，求于天地万物以为广大”，即认为心外之理与心内之理内容相同，而心外也有理，故应求之于天地万物，那就是“仍为旧说所拘”。
他这样完全否认不以人的意志为转移的客观规律的存在。在这些方面，他不能够从王守仁的唯心主义影响下解放出来。
他这样反对“执定成局”，主张自辟途径，也可以说是在一定程度上主张学术思想自由。在这点上，可以说富于启蒙思想的色彩。