实际上这一仗也几乎将中华军的家底给打空了，光是作战过程中所消耗掉的数万桶的火油就几乎将基隆的火油的库存全部耗尽，而战争之中出现的士兵伤亡抚恤以及弹药的消耗等也几乎将之前从萨摩藩那里获得的战争赔款消耗殆尽，不过好在之前从马尼拉的西班牙人那里还缴获了一笔不小的财富，所以这个时候中华帝国这边只是将物资消耗的七七八八，但是手里面还有一笔资金。
战后中华军并没有停下里调整，项玉明白和清朝这样一个坐拥巨大人力物力财力的对手作战，中华军这边一定要不能有任何的懈怠，清军可以屡战屡败，他们能够承担下来这个损失，但是中华帝国国小家贫，不能有任何的失误，而这个时候清军新败，主力舰队已经全军覆灭，中华军这个时候就要乘胜追击，将清军在东南沿海一带的海上势力彻底的清剿一空，包括福建广东以及浙江一带的清军残存的水师战船，包括沿海一带的海岛等资源，中华军这个时候要全部接管过来，彻底的封堵住清军的沿海活动范围，项玉决不允许清军在短时间之内再冒出来一个强大的海军。
这个时候清军实际上已经没有什么像样的海军力量了，不过广东的尚可喜这个时候倒是还有一支海军，这个是他用来和南洋一带的洋人做“生意”的护航舰队，南洋一带山高皇帝远，海盗势力十分活跃，尽管尚可喜的商队拥有强大的背景，但是在这里一样很难讨好，海盗们只管抢，才不管抢的是皇帝的贡品还是大臣的家私。
尚可喜这个人这个时候已经五十有八，接近六十岁的年纪了，他出生于关外，早年曾在毛文龙麾下从军，后来与崇祯六年投靠满清。被皇太极称为“天助兵”，尚可喜一生之中征战无数，跟随清军从南到北立下了汗马功劳，顺治年间和吴三桂等人一起被封为亲王。尚可喜是平南王，而吴三桂则是平西王。
尚可喜当年跟随耿继茂一起攻打广州城的时候就选中了这个好地方，广州的市舶司一年的收入光是关税就有一百多万两白银，这让尚可喜大为惊讶，也由此产生了占为己有的想法。后来广州城中明军残兵和城中百姓反清之争十分离开，两人围成近一年的时间逐渐将耐心消耗光了，这才有了后来的屠城事件。
广州经历了那一战之后元气大伤，商业地位严重下降，在加上整个南方的战火遍布，大大影响到了洋商和中国之间的贸易，于是尚可喜虽然占据了广州，但是并没有因此富起来，相对于吴三桂等人他的优势也不明显。
但是广东拥有一个得天独厚的优势，那就是距离南洋比其他地方都要近。所以尚可喜变动起了和洋人做生意的念头，他将广东的生丝、瓷器、茶叶、香料等集中起来，用船队运到马尼拉或者巴达维亚，甚至还跑果阿到广州的这条航线，这些东西在广东省内就有大量的出产，尚可喜收购的价格也不高，但是一旦运到洋人的地盘，获利往往就会翻上几番，而中国的船队在走出去的同时也吸引了外国商船的回流，广州城的税收也就慢慢的增加起来了。
尚可喜的船队去的时候往往装满了大量的货物。但是他们不需要从洋人那里进口什么，但是有一种东西是尚可喜这个时候所稀缺的，那就是洋枪洋炮，无论是英国人的还是荷兰人的。就算是质量比较次的西班牙人的东西他都大量采购，尚可喜麾下拥有十余万军队，军队数量在南方仅次于吴三桂的平西王军，但是不同于吴三桂单纯的陆军，尚可喜麾下还有一支规模不小的水师。
中华军早在出征马尼拉的时候就曾经和尚可喜的商队打过交道，自然就对这一支海上的力量留心了。后来中华军的主要精力都被福建的施琅的威胁所牵制，也就没有在关注这一支海军了，不过这个时候想要彻底的肃清东南沿海的清军的海上势力，这一支海军绝对不能留下来。
尚可喜的船队规模在两百艘船只左右，但是其中有一半以上的都是正儿八经的商船，无论是建造的样式还是结构强度上面来说都不适合改装成战船，这主要是他从民间收购的，而民间的商船在建造的过程之中往往就为了省那么一些原材料费，所以选取了比较普通的木材，而这种木材打造的甲板是不能承受几千斤甚至是上万斤的火炮的重量的。
尚可喜后来的战船则完全选用了上好的木材，因此舰船的质量不错，船队清一色的都是广船，战船的数量在八十余艘左右，其中大部分都是两百到三百吨的船只，这个吨位用于航海贸易已经是绰绰有余了，但是对于刚刚经历了台南海战的中华军海军来说，这个对手简直是太瘦了。
尚可喜的商队在广州城，但是水军的主要兵力却不在广州，而是在琼州府。
这个时候的广东省实际上还包括了后来的广西的一部分，也包括了整个海南岛，海南岛在这时被称为琼州府，首府是琼州，这里修建有一处水军码头，是原来明军水师遗留下来的，尚可喜在广州开府之后琼州府自然也归于他的名下。
尚可喜将原来明军的水军基地进行了一番扩建，原来的水军大寨比较小，明军在海南岛上的水军人数并不是很多，最多的时候只拥有不到三十艘战船人数也不超过两千人，这对于琼州府的防卫是足够的，但是对于尚可喜的水师来说，这个水寨显然就不够了。
尚可喜水军的大将是梁标，此人原来是明朝的广东水师主将，在顺治八年清军破城之前投降了尚可喜，于是被尚可喜留用。
梁标此人是明军的典型，畏敌如虎，畏战避战，不是一个能打之人，这些尚可喜也都知道，但是随着郑成功败走台湾，加上郑家军队四分五裂，连水军大将刘国轩都投降了清廷，其海防的压力大大减轻，加上尚可喜的部将之中也确实没人能够擅于水战，所以还是接续留用了陈标。。