就在郎廷佐这个时候担心的祭出了督战队，逼赶着士兵向正阳门东面的城墙上去支援的时候，中华军的舰队却并未如他所料的那样靠近登陆，而是继续逆流而上，越过了正阳门这边，朝着通济门这一带驶过去，这一带是紧贴着江面的，所以并没有什么缓冲地带提供给对方进行登陆，所以郎廷佐心里大大的松下了一口气。
他意识到对方可能真的只是起到一个疑兵的作用，但是动用这么大的一支海军来执行这样的牵制任务，这可是闻所未闻。
不过中华军的炮击依然十分凶猛，而且是以步步推进的方式逐步的消灭掉清军的守军的，在对方的集火之下，通济门这里的清军和正阳门的守军一样，也是抵挡不住，不仅伤亡惨重，而且火炮也被损毁严重。
很快，中华军的舰队就抵达了原来的丹阳郡城这边的城墙了，这里是很靠近城区的，因此中华军这个时候可以直接炮击到南京城内了，而这一次中华军这边在没有任何的顾及，也不担心像是在杭州城那样引起了火灾，因为这一次清军是早有准备的，而且南京城是属于内陆城市，不像是沿海一带的城市那样中华军需要顾及民心的得失，因为有迫切的需要，但是在这些内陆的地区，中华军短时间之内还没有能力能够染指，因此也不会有那么多的顾及，相反的，中华军这边炮击南京城虽然会造成一部分的平民的伤亡，但是战争之中难免都会有平民死伤，而这个不能保护好自己子民的责任显然是要归结到清廷的头上，而中华军这边则会让世人都知道自己的强大。
中华军舰队有一百多艘作战舰船，在之前的战斗之中他们的弹药储备已经被消耗了一大部分，这个时候其实已经没有多少弹药的存余了，而舰队之中的这六七十艘舰船实际上就是承担的像后世舰队之中的补给舰一样的性质，但是在经过杭州之战、江阴和镇江三次的战斗之后，舰队补给船上的炮弹也快要消耗殆尽了，这个时候大约只剩下出征时候弹药储备的三成左右了。
为了防备在归路上遇到的清军阻挠。舰队还必须再预留至少一成的炮弹，这样来看，中华军这边的炮击实际上进行不了多少时间了。
因此，舰队在击溃了通济门南部城墙上的守军之后。并没有再行转移方向，而是对着内城方向开火，将剩余的炮弹全都倾斜了出去，一时间秦淮河沿岸的烟花之地就遭了秧，遍地都是逃难的百姓和红尘女子。至于文人骚客这个时候更是数不胜数，就算是没有被中华军炮火波及到的地方，这个时候也开始出现恐慌，中华军的炮击十分的猛烈，这带给他们巨大的震慑。
中华军这个时候主要的目的已经全部达到了，一方面将两江的清军拖住了，不让他们南下支援，另一方面成功的将中华军的影响力扩大到了清廷的内陆地区，这也让各地还存着反清心思的汉人心中燃起了一丝的希望。
中华军将舰上的炮弹打的差不多的时候，李权的撤军命令也下达了。舰队开始缓缓的退出秦淮河，驶进长江中去，然后后队变前队，开始顺流而下，从上游和州赶来的清军水军这个时候望着中华军负责殿后的两艘巨大的铁甲舰，也不敢像预定的计划之中那样发动火攻了，清军很担心这种打铁船根本就不害怕火攻。
舰队的撤离十分顺利，预想之中的清军拦截并没有出现，长江沿岸的清军也对这支强大的舰队避之不及，根本就没有招惹她的心思。因此中华军的舰队只用了六个小时就驶出了长江，来到了崇明岛这里稍作停留，舰队之中有一部分的舰船在之前的炮击之中受损了，尽管崇明岛不能完全维修好。但是可以进行简单的修理。
而这个时候中华军的陆军已经撤到了舟山群岛了，清军各地的军队这个时候已经全部调动了起来，牵一发动全身，因此中华军进攻镇海的这一个举动几乎搅动了整个东南方向的所有清军，而等这些清军赶到的时候中华军这边已经安全撤退了，而等到中华军离开镇海之后。余姚的清军才姗姗来迟的前来收回了镇海，还宣称是自己出兵击败了中华军，从中华军的手中夺回了镇海的控制权。
不过这个时候就算是清军收回了镇海，也没有半点价值了，经过中华军两次的进攻，镇海炮台可谓是被彻底的摧毁了，尤其是在第二次撤兵的时候，中华军使用大量的火药几乎将镇海炮台清军之前修建的支撑、地基等全都炸毁了，清廷想要将它恢复到战前的水平，则必须再一次投入巨大的人力物力来进行修缮，可是这个时候整个宁波府只怕都找不到足够的人手出来，不只是在宁波府内，就连附近的台州和绍兴府的境内，也被中华军挖空了不少的地方，这些地区的大量的人口被中华军转移走了，清军面临着巨大的海上压力，同时还要想办法恢复这些地方的生产和建设，别的不说，至少要找到足够的人来种田，不然连军队的粮饷都要依靠别的地方的供给了。
而中华军这边虽然是打了胜仗，可以说是超额完成了自己预设的目标了，不过这个时候中华军这边也面临着一个很严重的问题，那就是大量的人口都聚集在舟山岛上，这里的基础设施非常差，连像样的居住地点都没有，因此虽然地方很大，但是却没有多少的承载力，近七十万人每天消耗的粮食都多达七千石，如果按吨来计算的话是接近七百吨，这可是一个很庞大的数字，而且考虑到中华军目前的海上运输力，这些人还会在这里滞留最少三个月的时间，虽然最后人数会逐渐的减少，但是在初期的几个月的时间里面，定海这边面临的巨大的后勤供给压力，而且还要防备清廷可能会派兵登岛来抢回人口，所以西边海域的防御任务也非常重。。