正在万分危急之际，朱龄石带领的一千余援兵到达。朱龄石部下尽皆西北健儿，手持长槊，在贼突破处摆一字长蛇阵，长槊整齐划一直前而刺，收回。再刺，再收。如此数十槊过后，贼兵短刃难敌，被杀伤无数，纷纷退却。徐道覆见坚垒难克，便与卢循收兵，绕过堡垒，准备进攻南塘。到达南塘后，卢循却将少量军力分给徐道覆，自己带主力部队东出攻城掳掠，说道“待我攻城掠地，对建康形成包围之势后，不忧不克。”徐道覆急道“眼下正需一鼓作气，急战攻克建康。若迁延日久，我师将老，事必不成。”卢循不听，他走后徐道覆愤愤说道“竖子不足与谋，误我大事”。
刘裕北出石头城后才知道贼众是疑兵，便迅速南返，途中遇到徐赤特，于军中立斩以警三军，之后带领军队出阵于南塘。卢循东下掳掠攻城，民众皆坚守城池，一个多月无所得利，军士懈怠粮食缺乏，心下也是颇为后悔，不得不退与徐道覆会和，说道“士气若此，难以再战。我们不如先退还寻阳，然后攻下荆州，占据天下三分之二，再与朝廷抗衡。”徐道覆叹道“十万大军顿挫于比，岂非天乎!”无奈之下不得不退兵。
七月，卢循徐道覆带众还寻阳，留范崇民将兵五千守南陵。刘裕让王仲德与刘钟，孟怀玉帅先锋追卢循，自己带大军随后出发。想到贼穷蹙必回老巢，又派孙处和沈田子带兵三千从海道攻击番禺。部下有人提出异议“海道艰难险远，一时难以到达，分兵非目前所急。”刘裕言道“以贼目前的形势来推断，腊月初必然全面溃败。所以我先派兵剿了他的巢穴，使贼到时无处可归。”
当卢循自寻阳东下时，刘道规派王镇之率领檀道济、到彦之带兵入援建康。此后江陵与建康久不通声问，百姓不安，盗贼乱起。卢循派使者与成都王谯纵联合后，谯纵又与后秦通使，请求出兵共同伐晋。秦主姚兴想趁乱谋利，满口答应。于是秦主便派苟林帅骑兵五千前行，约定与蜀军会攻江陵。苟林遇王镇之于寻阳，一战大败镇之，镇之回至江陵。这时卢循已经带众从建康西返，分兵予苟林，使其乘胜攻江陵，并扬言徐道覆已攻克建康。
谯纵使桓谦与谯道福带兵二万前进，桓谦进军至枝江后，召集旧楚之人。由于桓氏掌握西楚时，桓谦颇得民心，而此时民众又都不知建康声讯，赴桓谦者日众，总数达四万余人。苟林也已屯兵在江津，与桓谦对江陵行成夹攻之势。在此等形势下，江陵城士民多怀异心，刘道规会集军民，登台讲道“桓谦已逼城，吾东来将士足以抗敌，若欲去者，绝不相拦。”打开城门，任人进出。诸将士都畏服道规，莫有去者。士民亦为道规之义所感，离者稀少。
这时忽有部下来报，说雍州刺史鲁宗之从襄阳带兵数千赶来。刘道规想要前去迎接，有部将说道“鲁宗之趁此危乱之际来到，只怕其心难测。”刘道规说“我也知其有顾望之心，但为今之计，若阻止其来，怕会使其从贼之心更加坚定。我们不如投诚相迎，使其不至于败我之事。我若战胜了桓谦，他一定不敢妄动。”于是刘道规单马去迎接，两人相见，握手言欢。道规言道“将军此行辛苦，能得将军之助，吾甚感欣慰。江陵城守之任就拜托将军了，待我出城击破桓谦后再来与将军把酒话平生。”鲁宗之回道“承蒙不弃，如此信任于我，我定当身与此城同存亡。”有部下听后甚为吃惊，私下找道规说道“桓谦势众，将军出城攻谦能保必胜吗？苟林如果趁机来攻城，鲁宗之未必能守，到时可就危险了。”道规回道“苟林匹夫，不懂计谋，南来只是见机行事，我出军攻桓谦时他一定迟疑观望，畏惧我而不敢妄动。等其决定攻城之时，我已经破谦返回，他将无能为矣。”
刘道规合军士万余人水陆齐攻。桓谦总众虽有四万余人，然其出蜀时与谯道福各带兵一万，桓谦为前军，道福为后军。谯道福因谯纵使事成之后让桓谦做荆州刺史而让自己做梁州刺史心怀不满，带军在后观望不前，桓谦投入战斗之数只有三万。刘道规使檀道济将步骑兵，檀道济为檀韶之弟，英勇无比，单骑持枪率先冲入敌军，无人能敌。敌军因此披靡，陆军率先败下阵来。刘道规亲将水军，奋勇而前，诸军士个个争先，桓谦船队也溃败下来。谯道福见桓谦落败，赶忙带领军队撤退回蜀了。刘道规带精卒数人，乘小船冒矢雨迅速冲到桓谦所乘巨舰跟前，一跃而上，手斩数贼，直追桓谦。桓谦慌忙跳入舰侧小船，砍断缆绳逃跑。刘道规亦独乘一快船紧追不舍，大喝道“今日绝不容你再逃。”两船距离越来越近，当距离仅有一丈多远时，刘道规跳上船头，猛地纵身前跃，于空中挥下剑来。道规落在桓谦船上，剑也砍断了桓谦划桨的右臂，紧接着又一剑刺入了桓谦的心脏。刘道规长吁口气“今日终于肃清桓氏余孽！”
之后刘道规回军攻苟林。苟林果然还未攻城，不敢接战就逃跑，刘道规派账下参军刘遵追敌，刘遵最终将苟林斩首。再说鲁宗之本就心怀不轨，意欲乘乱牟利，当得知刘道规战胜后，心下恐惧，不敢等刘道规回来就离城北还了。
十月，徐道覆带兵三万进向江陵，到达破冢。他派使者去请鲁宗之发兵一起攻城，鲁宗之由于畏惧刘道规而没有答应。徐道覆又散布谣言，说卢循已入主建康，使自己来做荆州刺史。当刘道规灭桓谦后，令将士清理物品时发现很多城民与桓谦的往来书信，有愿为内应的，有告诉城内虚实的。道规一概不看，全部焚毁，民情大安。因此虽然贼众逼临，士民都感激道规焚书之恩，全无贰志。