由于生活条件的间接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的变异：生殖率如此之高以致引起“生存斗争”，因而导致“自然选择”、并引起“性状分歧”和较少改进的类型的“绝灭”。这样，从自然界的战争里，从饥饿和死亡里，我们便能体会到最可赞美的目的，即高级动物的产生，直接随之而至。
《物种起源》的核心思想
凝视树木交错的河岸，许多种类的无数植物覆盖其上，群鸟鸣于灌木丛中，各种昆虫飞来飞去，蚯蚓在湿土里爬过，并且默想一下，这些构造精巧的类型，彼此这样相异，并以这样复杂的方式相互依存，而它们都是由于在我们周围发生作用的法则产生出来的，这岂非有趣之事。这些法则就其最广泛的意义来说，就是伴随着“生殖”的“生长”；几乎包含在生殖以内的“遗传”；由于生活条件的间接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的变异：生殖率如此之高以致引起“生存斗争”，因而导致“自然选择”、并引起“性状分歧”和较少改进的类型的“绝灭”。这样，从自然界的战争里，从饥饿和死亡里，我们便能体会到最可赞美的目的，即高级动物的产生，直接随之而至。认为生命及其若干能力原来是由“造物主”注入到少数类型或一个类型中去的，而且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的类型从如此简单的始端、过去、曾经而且现今还在进化着；这种观点是极其壮丽的。
这段优美、富有人文情怀和科学精神的文字是《物种起源》结尾的一段，它高度概括了达尔文学说的全部内涵。
“这些法则就其最广泛的意义来说，就是伴随着‘生殖’的‘生长’；几乎包含在生殖以内的‘遗传’；由于生活条件的间接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的变异：生殖率如此之高以致引起‘生存斗争’，因而导致‘自然选择’，并引起‘性状分歧’和较少改进的类型的‘绝灭’。”
这一段文字讲述了生物进化和多样性的基本原因，即自然选择，而非生物主动努力的结果。
“认为生命及其若干能力原来是由‘造物主’注入到少数类型或一个类型中去的，而且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的类型从如此简单的始端、过去、曾经而且现今还在进化着。”
这是达尔文的另外一个思想—共同祖先学说。
1859年，《物种起源》发表之后不久，大约在15年之内，共同祖先学说已经完全被严肃的学术界接受。至于在学术界之外，争论永远会存在，就像直到今天，也会有人认为地球不是围绕太阳转一样。
但是，他的另外一个更重要思想，即关于进化的原因和基本进程的观点却遭到了严峻的挑战。《物种起源》认为生物进化过程是通过“客体”选择的，和主体的努力没有关系。
这里面用“客体”这个词，是因为它更接近达尔文的本意，也更符合实际的进化规律。达尔文在用“自然选择”这个词时是颇费心思的，并在《物种起源》对此专门进行了解释，他说，“选择”一词容易让人误解为有意识的行为，而“自然”这个词常常会把生物之间的关系忽略掉。达尔文还多次强调，生物彼此之间的关系在进化中是一种更重要的因素。
需要说明的是，我们在这本书中出现的“自然”和“选择”这样的词汇，如不另行说明，和《物种起源》中的语意是相同的，都指的是“非有意识”的挑选，也不是指大自然。
事实上，达尔文发现了自然选择的两种基本动因，一种就是自然环境的选择，另外一种就是性选择。很多鸟类美丽的羽毛或者婉转的鸣叫，花朵漂亮的颜色等都是物种神创说的主要证据。似乎没有什么办法来解释一些对生物本身的生存而言没有什么价值的特征，神创说把这种现象解释为花朵的美丽和鸟的鸣叫都是上帝为其所创造的最高等的动物—人而创造的。现在我们知道造成这种现象的原因是性选择的结果。广义的自然选择有“两个儿子”，一个叫“性选择”，另外一个也叫“自然选择”，即性以外的自然界的选择。在本书中，为了区别和明确起见，我们有时把性选择之外的自然选择叫做“生存选择”。
在进化的进程上，达尔文认为是逐渐变化，而不是跃变的。在《物种起源》里，渐变论并没有完整的逻辑推导，在达尔文看来，它一方面符合直觉，另一方面，渐变的方法似乎是自然选择学说的必然推论。因为物种的变化首先是盲目的和多样化的，毫无方向性可言。“自然在创造时是慷慨的，在选择时是吝啬的。”
由于变异是随机的，所以变异中“有利”的比例非常之小，在有利之上再叠加有利，这种可能性就更小。比如耳朵和眼睛都在发生变异，只有这两者都发生有利的变异时，才算是对这个生物有利的变异，比如耳朵和眼睛有利变异的可能性都是万分之一（后来证明实际上的可能性比这个还小），那么两者都变得更好的可能性就是亿分之一。只有这种情况才算是较大的变化，当然这种组合越多，发生的概率就越小，先变好耳朵，以后伺机再变好眼睛，这种可能性则要大得多，这种变化每次对于生物而言都是比较小的，这是一个不太精确的比方，但可以说明，这就是“渐变”的数学理由。
渐变说一直遭遇到严重挑战，一方面像眼睛这样完美的器官，通过不成熟的器官逐渐形成是难以理解的；另外一方面，像牛尾巴这种用来驱赶苍蝇，无关紧要的器官似乎不可能决定一个动物的生死存亡，自然便不可能存在选择这种器官的倾向。
类似的疑点非常多，尽管达尔文进行了勉强的解释，从逻辑上看尽管没有根本性的漏洞，却显得比较牵强，难以令人信服。
达尔文的逻辑
人们在探讨一种学说时，总是把这种学说产生的过程和原因作为一种副产品加以关注。一个典型的事例是，多年以后，人们还在争论的苹果落地和牛顿万有引力定律的关系。
关于达尔文学说创立的原因，不管是目前主流的学者，还是对进化论略知一二的坊间百姓，都把《物种起源》的灵感和达尔文那次周游世界联系起来。他们认为正是因为达尔文乘坐“贝格尔号”为期5年的航行，途中所见和收集的各种标本及化石给了他关键性的启发。
这种说法之所以非常具有生命力，其原因在于它看起来合情合理，无懈可击。但是，按照达尔文自己的说法，他是受到马尔萨斯《人口论》的启发，才萌发了进化论的思想。
在我已开始从事有系统的探讨15个月后，我碰巧为了消遣阅读了马尔萨斯的《人口论》，而通过长期持续地观察动植物习性，我已为揭示无处不在的生存斗争做好了准备，此刻不由恍然大悟，在这些条件下，优势的变异将倾向于被保留，而劣势的变异将会被消灭。其结果将会是形成新的物种。这样，我由此终于有了一个可用于研究的理论了。
达尔文说过，启发他的并非《人口论》全书，而仅仅是书中的一句话，即“可以很安全地宣布，人口在不受控制时，将每25年翻一番，或者说以几何级数增长。”这就是所谓的“马尔萨斯原理”。
很多人有理由怀疑这种说法的真实性，从常识推断，这么简单的一句话不足以让达尔文产生如此重要的思想。
我通读《物种起源》，认为达尔文的说法既非谦虚，也不是由于某种原因故意隐藏乘坐“贝格尔号”环球旅行的意义，达尔文说进化论是受到这一句话的启发是历史真实情况。呈几何级数增长的倾向性和世界上各种物种数量的有限性，表明自然界的淘汰率非常高。这是“生物是首先变异的，并且是盲目的、无方向性的，最后由自然进行选择”的数学基础。在达尔文心目中，他可能认为如果变异是有目的、有方向性的，就无法解释自然界高淘汰率和物种变异速度的关系。换句话说，就是如果是为了适应自然环境有方向性的变异学说成立，在如此高的淘汰率的情况下，生物理应进化得更快。
达尔文的所有研究都是从家养动植物开始的，《物种起源》也是从研究家养动物和植物的变异开始的。
“就较古的栽培植物和家养动物来看，把它们的同一变种或亚变种的各个体进行比较，最引起我们注意的要点之一，便是它们相互间的差异，一般比自然状况下的任何物种或变种的个体间的差异为大。”这是《物种起源》开头的一句话。这么伟大的著作却只有一个平凡的开头，而且用了十分之一的篇幅讲述家养的动植物。同时在书中，达尔文有几处提到了他的研究总是从家养动植物开始。