这并非一种巧合，而是包含了非常深刻的因果关系。很显然，家养动植物较之自然生长下的动植物变异大的主要原因是“人”的作用，家养动植物之所以变异大，是因为人主动选择的结果，这更加强了变异是“因”，选择是“果”的因果关系推理。家养动植物留下来的品种多，显然是因为人的选择，而不是动植物“主观”努力的结果，这就大体上可以推断，动植物的变异是缺乏方向性，是盲目的。之所以看上去动植物的特性和自然环境特别适应，那是因为不适应的被淘汰了，而不是它们有意这样做的结果。从通常的因果关系上看，很容易想到的逻辑是动植物有意适应自然，才形成了适应自然的结果，这就是达尔文之前的拉马克进化论的观点。达尔文颠倒了通常思维产生的因果关系，这是达尔文自然选择学说的伟大之处。如果说“贝格尔号”航行和动植物化石提供了物种起源的脉络，那么对家养动植物的观察才是伟大的自然选择学说产生的原因，是家养动植物让达尔文猜测到了“适应”的途径。
人的主动在他豢养的动物或者栽培的植物“看”来，纯粹是客体的自然，自然如果多方面地选择，物种自然会向多方向进化，非主观因素在变异中起决定性的作用。
在达尔文思想的“两个儿子”—共同祖先学说和自然选择学说中，就他本人的钟爱程度、在《物种起源》中所占的篇幅比重，以及对其他学说包括社会和哲学的影响力而言，自然选择学说远在共同祖先学说之上。
如果不是家养动植物巨大的变异启发了达尔文，从加拉帕戈斯群岛上观察到的现象、从美洲大陆收集到的标本和化石，顶多只能启发共同祖先学说的由来。我们可以简单的说，共同祖先学说主要来源于观察，而自然选择学说则主要依靠达尔文的怀疑精神和严密的推理。
学说起源的背景因素以及构成《物种起源》严密的逻辑方法对本书将要探讨的问题具有关键的启发意义。
首先，它让我们越过了样本多寡以及时间跨度上的障碍，少量的取样能否得出普适的结论，今日之分析是否符合过往的历史，是否能解释未来的情况，所有类似的诘问都是非常自然的。
《物种起源》之所以有超越其时代的、不可思议的见解，一方面是因为达尔文卓越的天才想象力，更重要的则是坚实的观察和严密的逻辑推理。
全书的三十多万字有许多是为了回答世间的质疑，达尔文总结道：“因为全书是一篇绵长的争论。”这是过谦了，不通读全书，是不可能让我们真正全面理解《物种起源》的科学魅力所在的，换句话说，《物种起源》是难以缩写的。
“用进废退”的意义
尽管有家养动植物比较明显的启示，“自然选择”学说的创立还是十分困难的。因为同样存在大量现象可以很容易让人们推理认定“获得性遗传”学说是成立的。
按照自然选择学说，羚羊之所以跑得快，是猎豹的原因；反之，猎豹跑得快是因为羚羊的原因。总之，它们都不是因为自身努力的结果。
这种逻辑相当令人费解，羚羊跑得快是因为它只有努力地奔跑才能逃脱猎豹的捕杀，这种特性遗传给了后代，于是，后代跑得更快。拉马克的解释方式，在逻辑上没有漏洞，也符合人们的观察直觉。获得性遗传有一个关键的优点是在微观节奏上更有说服力。
按照达尔文的自然选择学说，长颈鹿的进化是经过若干代微小优势累积的结果，无论如何都是比较勉强的。
比如长颈鹿经历了一千代（这在进化历史上是相当短暂的），脖子增长了2米，那么平均到每一代只能增长2毫米。考虑到变异的双向性，相对于另外极端变短来说，也不过只有4毫米的身高优势。4毫米对生死攸关的食物获取有致命的影响，这无论如何是无法令人信服的。达尔文花了大量的篇幅解释这是可能的，但他也只是说在极端的情况下，两三英寸的优势是致命的。这种情况下，两三英寸和4毫米是绝大的差别。
获得性遗传则比较容易解释这种现象：有的鹿由于其生存环境的原因，比如说树稍微高一点，鹿就比较努力地去吃高处的树叶，自然的努力可能会获得两三英寸的优势。这符合人们的直觉，是可能的。
况且，如果不考虑遗传的情况，“用进废退”（即“用就进化，不用就退化”）在现实生活中，是很容易被观察到的。体力劳动者比非体力劳动者明显有力气，经过某种技能的训练，其水平显著高于未经训练者等等，这样的现象实在太多了。
基于主观努力的用进废退学说和基于客体选择的优胜劣汰学说，各自都有比较有利的证据和有利的切入点。难道达尔文只是在一场赌博中幸运地选择了正确的骰子吗？
在这一点上达尔文基本上从来没有受到质疑，发现美洲新大陆的哥伦布则被认为是幸运儿。因为达尔文的学说是建立在几乎严密的推理之上的，这就排除了幸运的可能性。
从来不为表面现象所迷惑，不满足于浅显的答案，以及他一直努力寻找能够解释世界所有生物进化的普适真理，而不是做出一种妥协—用多种学说解释不同生物的进化的原因。不妥协、对真理锲而不舍的追求，成就了达尔文超越时代的思想见解。
“如果只有绿色的啄木鸟生存着，如果我们不知道还有许多黑色的和杂色的啄木鸟，我敢说我们一定会以为绿色是一种美妙的适应，使这种频繁往来于树木之间的鸟得以在敌害面前隐蔽自己。结果就会认为这是一种重要的性状，并且是通过自然选择而获得的，其实这颜色大概主要是通过性选择而获得的。”可见，达尔文从不根据表面现象轻下结论。
“优胜劣汰的缓慢演进”学说比之“用进废退”学说一个关键优势是逻辑上的。用自然选择学说去解释，疑点在于量上的不可信，例如长颈鹿的脖子和完美器官的进化，无论如何都很难获得直觉上的认同。但是“用进废退”的主观努力学说在解释一些现象时，却具有致使的逻辑错误，例如，它无法解释枯叶蝶的颜色与形状和树叶出奇地相似。很显然，主观的努力对自身颜色的改变毫无帮助。另外，“用进废退”所主张的获得性遗传根本无法解释植物界的进化现象，没有意识的植物怎么可能有方向、有意识地适应自然呢？
这从另外一个侧面证明了，要想找到普适的、唯一的解释，获得性遗传是没有出路的，这是达尔文自然选择学说最关键的思路。
但是，达尔文的时代远未发现遗传机制和基因，自然选择学说在解释一些问题时必定有些牵强，达尔文本人尽管做了巨大的努力也无法弥补这些缺憾，所以他在无数次肯定自然选择的进化方式时，也没有坚决地否定“用进废退”，甚至某种程度上也承认其有合理的成分。
达尔文在自传中总结其成功的因素：“我作为一个科学人物之所以能够成功，不管这种成功的程度会有多大，据我所能判断的，是由复杂和多样的心理能力和条件所决定的。其中最重要的是对科学的热爱，长期思索任何问题的无限耐心，观察和搜集事实方面的勤勉，和除了常识之外，有相当的发明能力。”
也许达尔文的寿命再延长两年，就可以弥补其学说上的这个缺憾。在达尔文去世后一年，1883年，德国动物学家奥格斯·魏斯曼提出了“种质”和“体质”的假说，认为种质是可以遗传的、不随后天努力而改变的形状，体质则可以通过后天的锻炼获得提高，但是不能遗传。魏斯曼的学说在解释一些现象时向令人信服的方向上推进了一步。1944年发现的遗传物质DNA，证明了魏斯曼的先见之明。
种质和体质的假设，可以把获得性的、可能有较大的优势的部分和先天的，但是步长非常小的优势结合起来解释生物进化现象。前者极有可能在少数几轮竞赛中取胜，但是只有后者取胜时，才能实现累积的效应，这是一种辩证的哲学。
魏斯曼的学说不足以彻底平息争论，一直到孟德尔发现遗传定律，乃至后来DNA和基因的发现，达尔文的学说才得到了全面的承认，后面的发展则是对一些具体问题的完善。
进化论的障碍
情感上的障碍是自然选择学说巨大的障碍，任何科学在没有被确凿地得到证明之前，都会受到来源于情感方面的巨大困扰。
共同祖先学说显而易见地受到情感方面的困扰，1860年6月30日，《物种起源》发表后不久在牛津大学举行的那场著名的论战，就很典型地表明了这一点。牛津主教塞缪尔·威尔伯福斯（SamuelWilberforce）问自称“达尔文的斗犬”的托马斯·赫胥黎，究竟是他的祖父一族还是他的祖母一族是从猴子传承而来的？这个讥讽引来哄堂大笑，显然在听众看来，被视为猴子的后裔是一件可耻的事。赫胥黎对此的回答有很多个版本，据他后来在一封信中的回忆是：“如果问我，我是愿意有一个可怜的猿猴当祖父，还是愿意有一个有着很高的天赋和巨大的影响力，却利用这些才能和影响力纯粹只是为了在庄严的科学讨论中进行讥讽的人当祖父，那么我会毫不犹豫地断言，我宁可选择猿猴。”
这个故事是小学生课本上的故事，被用作诠释科学精神，但是寓意却显得有些浅显。不久，源于情感上对共同祖先学说的质疑就因为找不到合适的理由而烟消云散。