但是美国人的噩梦依然沒有结束，很快日军的第二攻击波次再次抵达瓦胡岛上空，第二攻击波的171架飞机由岛崎海军少佐率领，再次飞临瓦胡岛上空，8时40分，机队在卡胡库上空展开完毕，8时55分，日机冒着猛烈的高射炮火，躲开硝烟，开始攻击。
日军的第二攻击波，共有零式战斗机36架，负责夺取珍珠港上空的制空权；高空水平轰炸机54架，由岛崎海军少佐直接指挥，前往攻击希凯姆机场和卡内欧黑的海军航空站；俯冲轰炸机81架，由江草海军少佐指挥，飞过东面的群山，冲向美军舰只。
这时，由于第一波次的打击美剧的许多目标都在燃烧，天空乌云翻滚，浓烟升腾，俯冲轰炸机很难找到轰炸目标，舰炮和地面防空炮火越來越猛，使轰炸更添困难，江草毫无惧色，率队冲向集束弹幕，并选择火力最猛的舰只作为攻击目标，这个办法相当有效，第一波攻击时，这些舰只肯定损失不大，就这样，第二波经过认真搜寻，攻击了那些受伤轻微的战列舰只和尚未受伤的巡洋舰和驱逐舰只。
日军第二攻击波的空袭，同样持续了大约一小时，但是，由于美军已经逐渐“清醒了过來”，高射炮火凶猛，使日军的损失比第一攻击波要大，共损失零式战斗机6架，俯冲轰炸机14架。
在第二波向机动部队返航后，一直在瓦胡岛上空不断徘徊，观察轰炸效果的渊田海军中佐又驾机绕珍珠港盘旋一周，以观察战果，拍摄照片，他仔细清点，美军有4艘战列舰确定沉沒，3艘严重受损，另有1艘战列舰看來只受了轻微小伤，其他各型舰只也受到不同程度的损害，福特岛的水上飞机基地和机场烈火熊熊，特别是惠列尔机场。
由于浓烟弥漫，要详细查清战果是不可能的，机场破坏的情况不明，但是，停机坪上显然沒有飞机活动，渊田的座机在空中待了三个小时，沒有碰到一架敌机，在渊田看來，至少摧毁了岛上一半航空兵力，不过，经过刚才的观察发现还有几个机库未受到破坏，渊田猜测里面可能有飞机尚能作战。
渊田美津雄的座机是最后返回“飞鹰”号航空母舰的，其时：“飞鹰”号上加好油、挂好炸弹的飞机正在提上飞行甲板，准备进行第三次攻击，渊田的座机刚刚停稳，他就被叫上舰桥，南云司令官和参谋人员，正在就是否要发动下一次攻击进行着激烈的争论，他们正在等待渊田的报告。
“渊田君，你刚从前线归來，为帝国立下了汗马功劳，现在我们正在讨论是否进行第三次轰炸，至于是否轰炸就取决于咱们取得战果了，你就说一下吧！”正坐在那里闭目听着自己下属争吵的南云中将睁开眼向进來的渊田和善的一笑，开口问道。
渊田正要向南云汇报，见南云问了出來也不迟疑，便向周围敬礼说道：“肯定击沉了4艘战列舰，1艘当即沉沒，1艘倾覆，其余2艘虽然沒有倾覆，但已沉入港底！”
这样的战果让南云相当满意，遂说道：“这就是说，我们已经取得了预期战果，诸君这次作战是否还需要发动第三次作战行动，再商议一下，渊田君说一下其他的战果！”
“是，中将阁下！”渊田组织了一下语言，向在座的诸位长官陈述了自己的见解：“一切表明，我们已经破坏了大量目标，但不敢肯定已摧毁了一切，仍然有许多可以攻击的目标，因此，我建议发起另一次攻击！”
渊田的建议赢得了一部分人的同意，但是南云去不这样想，听到最后美军已经反应过來，很有可鞥还有一半的抵抗能力，南云想起了和中国航母部队的交战的惨痛经历，自己已经不想再发动袭击，再说他也知道美国今天会有一批轰炸机來珍珠港，万一知道自己的舰队在这里，那自己还真是等着挨炸了，尽管渊田海军中佐极力争辩，要求再次发起攻击，但是，最后的决定毕竟要留给机动部队的司令官去做，最后，偷袭得手，但却一直心虚胆怯的南云终于还是选择了撤退。
也正是南云的这种做法，才会是美军躲过了灭顶之灾，最起码的就是港口的美军优酷是安然无恙的，避免了港口的最大伤害，这算是美军不幸中的万幸，也由于机动部队的指挥官满足于现有战果，未能实施第三次攻击，致使夏威夷岛上的油库群以及造船厂完好无损，碰巧外出执行任务的3艘美军航空母舰，也得以幸免于难，这些都对美日双方以后的作战产生了重大影响，这些都是张良知道的，但是沒想到这个时空依然如此，张良觉得是时候加快攻势了，以免美军取得领先，不过在海上丈量决定攻势放缓，让日本人显赫美国人斗一阵子。
由这次战役由于山本的大胆决策，日本海军航空母舰机动部队偷袭珍珠港取得了巨大的战果：日军舰载机共击沉美国海军战列舰5艘（包括“犹他”号）、重巡洋舰2艘、轻巡洋舰2艘和油船1艘；重创美军战列舰3艘、巡洋舰2艘和驱逐舰1艘；中创美军战列舰1艘、轻巡洋舰4艘，共击沉、击伤美国海军太平洋舰队各型舰只40余艘，几乎使美国海军的太平洋舰队全军覆沒。
此外，日机的扫射和轰炸美地面高射炮火误射共击毁、击伤美军飞机450余架，美军阵亡2 409人，受伤1 178人，而日军方面所付出的代价，却仅仅是损失舰载机29架，特种潜艇5艘。
日军偷袭珍珠港得手，不仅震惊了全世界，而且再次创造了舰载航空兵对岸、对港攻击的成功战例，这也预示着航空母舰在已经打响的太平洋海战中，必将发挥出前所未有的决定性作用。虽然之前中日两国的航母大战已经吸引了世界的眼光，但是那些老派人员依然坚持自己的观点，只是同意加大了航母的发展，但是这次使得全世界的军事家宛如一夜间清醒过來。
对于美国海军而言，珍珠港之战不仅在主观上使其从“巨舰大炮主义”的陈旧观念中彻底清醒过來，而且也在客观上彻底摧毁了其所倚仗的“巨舰大炮”，使其只能凭借劫后余生的航空母舰去抗击日本海军的进攻，从而最终促成了美国海军作战指导思想的彻底转变，这一功劳，当然又被张良记在了日本人的头上。
随着珍珠港战役的打响，这个世界越发的混乱，