冲之鸟2005年扁政时代 传邱义仁早与日互有「默契」？
针对冲之鸟议题，据媒体报导指出，在2005年民进党执政时，当时国安会秘书长邱义仁已经拍板在冲之鸟与日方达成默契，一旦日方公务船到该海域，我方渔船就会自动退出，被解读形同承认日方在此海域具有管辖权。不过此说法遭到邱义仁否认，称是凭空捏造，绝非事实。
据《联合晚报》报导指出，一旦日方公务船前往执法，我方由渔业署通报我方渔船推出该区。对于此项默契，外交部长次长侯清山上周在立法院答询时，证实有此「默契」在。
报导指出，从2005年10月我方渔船在该海域作业遭到日方扣押，当时陈水扁政府时任国安会秘书长邱义仁与日方达成此项默契。不过，对于此说法他不愿意回答这些事情。
对此，民进党代发澄清稿，指出邱义仁严正驳斥，指称内容纯属凭空捏造，绝非事实，「媒体在撰写相关报导时，应善尽查证义务，向渔业署等主管机关妥为查询，以免错误讯息误导舆论」。