山雨欲来风满楼，在大革命即将来临之际，敏感的蔡元培，仿佛在黎明前的黑暗中看到了曙光。他一改五四时期自由派知识分子的姿态，积极投身到革命洪流之中。
11月初，孙传芳在江西被国民革命军击败。为配合广东国民革命军的北伐，推翻直系军阀孙传芳在苏浙皖东南三省的统治，蔡元培与褚辅成、沈钧儒、黄炎培等发起组织苏浙皖三省联合会，策动三省自治运动。
11月14日，苏浙皖三省联合会在上海成立。23日，苏浙皖三省联合会在上海举行第二次委员会议，蔡元培被推举为主席。
1926年11月28日，三省联合会与上海总工会、商会总会、学联等各界400余社会团体召开“上海市民反对奉军南下”大会，蔡元培在会上登台演讲，号召上海市民组织起“人民政府”。利用各种机会，大造社会舆论策应北伐。
12月，国民党中央政.治.会.议在南昌召开，决议于浙江设立临时政.治.会.议，张静江、蔡元培、褚辅成、查良钊、沈钧儒、朱少卿等为委员，以张静江为主席。张未到前，由蔡元培代理。
对蒋介石的任命，蔡元培复信表示：“为国为党，义不容辞。”
12月19日，浙江宣布自治。
蔡元培等人策动的浙江自治，遭到了孙传芳、卢永祥等军阀势力的打压和破坏。
23日，孙传芳下令取缔苏浙皖三省联合会，通缉蔡元培、沈钧儒、褚辅成等70余人。
1927年1月，浙江省临时政.治.会.议被迫决定，转往宁波成立省政府。蔡元培匆匆赶往宁波，筹建浙江省政府。
不久，宁波被吴佩孚的部攻占，省政府再次无法成立。于是，蔡元培和马叙伦等乘渔船由浙江转移福建，于1月21日抵达福州，23日到达厦门。
2月19日，北伐军攻克杭州。第二天，蔡元培就马不停蹄地由厦门奔赴杭州。
3月1日，浙江临时政.治.会.议在杭州正式成立，蔡元培任委员，并代张静江任主席。
这个时候的蔡元培，住在杭州青年会，可以说是忙得不亦乐乎。
姜绍谟曾回忆说：求见蔡元培的人络绎不绝。许多人来要求他介绍工作，他乐于接受，当场就写介绍信，而且总是亲手写，从不假手于人。
一天晚上，已经十点多钟了，一个青年画家求见。此人带着他的画，请蔡元培介绍工作。蔡元培问明青年画家能画宣传品后，当场写信把他介绍给白崇禧的东路军指挥部。
北伐战争在人民群众的积极支持下势如破竹，不到半年就占据了江南大部分地区，迅速发展到了长江流域。这个时候，正值国民党和共.产党两党合作的蜜月期，两个党各有所长，优势互补，用大家常说的一句话是，大革命汹涌澎湃。
但是，这样的大好形势没能维持多久。
1927年3月21日，张静江自江西蒋介石行营抵达杭州，住进新新旅馆。当晚，蔡元培与邵元冲即往拜访，听取有关蒋介石的反.共清党计划。张静江向他们传达说：“介石对于与共产党分离事已具决心，南京定后，即当来宁共商应付。”
24日，蔡元培跟随张静江由杭州抵达上海，与先期抵达那里的吴稚晖、李石曾、黄郛等一起筹划反.共清党事宜。3月27日，蔡元培、吴稚晖等迁入丰林桥蒋介石总部行营，召开国民党中央监察委员会常务会议。这次会议亦被称作“预备会”。
28日，蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬等召开第三次会议。蔡元培被推为会议主席。五名到会的监察委员中，除古应芬资历稍浅以外，其余四人都是民国元老。
这次会议可以说是清党的发难会议，发难人为吴稚晖。根据会议的原始记录，吴稚晖首先发言，报告“共.党谋叛情形”。
他说：“共.产党陈独秀明言二十年内实行共.产，及已入国民党之共.产党员谋叛国民党，及不利于中华民国之种种行为。”
会议付诸讨论，吴稚晖提议“纠察共.产.党人”。蔡元培表示附议，主张“取消共.产.党人在国民党之党籍”。
吴稚晖的反.共提案获得通过，决议如下：“由原提议人拟具草案，交监察委员会全体会议公决。至除名部分，俟另案办理。”
这次会议还通过了吴稚晖提议的“现在共.产.党种种行为，实危害本党及中国，此次运动应名为护党救国运动”。
4月2日，国民党中央监察委员会全体会议召开。除了蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬五人之外，监察委员增加了陈果夫、李宗仁、黄绍竑三人，而实际上国民党中央监察委员共有20人，与会人员根本不过半数。蔡元培担任会议主席。
吴稚晖正式向会议提出弹劾共.产.党文告，作为蒋介石集团发动政变的法律依据和舆论准备。吴把共.产.党反对新军阀、批评辛亥革命的不彻底性、提倡向俄国革命学习等，都说成是为了实行共.产.主.义而“决定铲除国民党之步骤”，是共.产党的“逆谋”。
就是这次仅八人到会的所谓中央监察委员会全体会议，通过了吴稚晖拟具的草案，即1927年5月被列入第一号《国民政府公报》的《请查办共产党呈文》。
吴稚晖说：“今者共产党有谋逆之整备，遂喧腾其联共之口号，诬罔总理（孙.中山），挟制舆论，以图大逞。”他还说，在3月6日晚和陈独秀谈话时，他问陈，中国实行共产主义须若干年？陈独秀回答“二十年”。吴稚晖还声称，去年双十节湖北共.产.党敬告同志宣言，认为“二十年内中国国民党灭亡，中国实行列宁式共.产.主义，似已为难逃之巨祸”。
吴稚晖由此指出，国民党如果不愿亡党，“内部即应当制止”，“是以本委员会特将亡党卖国之逆谋，十万急迫提呈本会，伏祈予公决，得咨交中央委员会非共产党委员及未附逆员临时讨论，可否出以非常之处置，护救非常之巨祸”，即实行清党。
蔡元培的学生柳亚子(1887—1958)曾这样回忆“清党”运动中的蔡元培：“先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了些火气，参加‘清党运动’。一纸用中央监察委员会名义发表的通缉名单，真是洋洋大观，连我也受到影响。”
柳亚子说自己也受到“影响”，说得非常委婉。如果说直白一点，那就是蔡元培当年参与策划国民党内的密谋，清除共产党人士之时，柳亚子也赫然名列“清党”的黑名单。
中国近代史上著名的“四•一二”政变成为后来人所熟知的一个大事件。在1927发生的这次政变中，以蒋介石为首的国民党人对党内的共.产.党展开了一次极为血腥的大“清洗”，大批共产党人及“左倾”人士被捕杀，中共的组织活动顿时受到极大摧残，从此在中国的广大地区不得不转入长达十年的“地下”活动，直至抗战全面爆发。
在国民党的清党运动中，毫无疑问，蔡元培是一开始的时候就参与了，并且在一些时候几乎是“主持”了这场严酷的运动。以儒厚长者著称的蔡元培，何以会如此呢，这是很让人费解的。
每个人做事都是有其动机在主使，探讨蔡元培清党的动机，这无疑是个很复杂的问题，也一定由多方面的因素构成，显然不是本书力所能及的事情。
做为国民党人或者说国民党元老的蔡元培，所以被卷进反.共的大合唱，不仅成为主持人，帮蒋介石决策清党大计，乃至于要对自己的学生进行跨省捕杀，这首先应该与他的理念有关。
蔡元培对于孙中山的“联俄、联共、扶助农工”的政策有其自己的理解。他认为孙中山之所以联共，是因为当时中国的各政治力量中，唯有共产党与三民主义的理念更为切近，又因在国际上苏俄领导人率先取消与中国所签订的各种不平等条约，故而孙中山选择了与共产党人联合。
他甚至认为，孙中山的联俄联共与军阀段祺瑞、张作霖的联合几可同日而语，“先生与他党联合的程度，大率如是，其与共.产.党及苏俄，亦非一切苟同，可推而知矣”。
再者，蔡元培是不主张共.产.主义的。2月4日，蔡元培在与新闻界的谈话中，即明确表示反对马克思的阶段斗争理论，而是主张走社会改良之路。
他说：“共.产.主义，为余所素服膺者。盖生活平等、教育平等，实为最愉快、最太平之世界……然于如何达到此目的之手段，殊有研究、讨论之余地。以愚观之，克鲁泡特金所持之互助论，一方增进劳工之智识与地位，一方促起资本家之反省，双方互助，逐渐疏浚，以使资本家渐有觉悟，以入作工之途，则社会不致发生急剧之变化，受暴烈之损失，实为最好之方法以。若夫马克思所持之阶级争斗论，求效过速，为害无穷。”
其次，做为国民党人或者说国民党元老的蔡元培，或许必然要站在国民党的立场上来考虑问题。
在许多国民党人看来，国民革命军北伐前的这一期间，中国共产党人的组织全面渗透到了当时国民党的党、政、军组织之中。例如蒋介石嫡系的第一军，几乎被共产党人的骨干力量控制。