神秘警总的转型与解散
台湾警总：世人所不了解的警备总部沿革史与历任总司令 （军式风格多媒体工作室）
1987年7月15日解严以后，警总主动缩减预算。1988年11月24日，在大陆货品鉴定小组例行会议上，警总表示原则上同意把所有的鉴定样品移交给海关，因此海关总署表示将可在「大陆物品输入管理办法」通过行政院院会之前顺利接办该项业务。
此外，「台湾警备总司令部特别检查处」在各邮局内设有405室，支警总的薪而不是邮局的薪俸。国民党籍的邮务士在解严后抱怨，大陆来台信件的邮票被涂销并不是邮局本意。邮政党部根本没约束力，一到选举他们邮务士在态度上根本不敢怠慢党外的文宣，因为深怕邮局的公信力遭到质疑。
面对解严以后的种种质疑，警总陆续将一些单位撤销与转让给相应单位。但机构撤销容易，可人员安置、器材归属、任务的转移极为困难，并容易衍生许多原本想不到的问题。比如警总在机场与港口负责安检的军官，解严后多透过退辅会的公务员考试进入警界，却引发许多基层员警的仇视，认为这批「空降部队」会影响一般员警正常升迁。
更糟糕的则是解严后海岸巡防移交警察，警政署现有的人员根本不敷调派，军方也不愿意抽调人员投入其中。各县市警方在少数海岸设置水上警察巡逻队，台北县靠海的贡寮、金山、万里、瑞芳、淡水设船舶中队，有的靠海分局设临时安检组、港口驻在所，犹如多头马车、架床叠屋。更有甚者，不少船舶中队只有一名警官担任干事兼中队长，底下没人又没任何船艇；港口驻在所只有员警一、二名，没有枪械等配备，根本虚应故事。结果台湾部分海域走私猖獗，大陆走私客与台湾私枭公开在滩头扛货与叫卖，1989年3月12日的苗栗某海滩更是有40名偷渡的大陆人登陆。
大陆渔民的走私造成的问题中，对当时台湾社会直接影响到的，便是黑枪透过几乎不设防的海岸线大举输入。1988年12月2日，警政署长罗张在监察院的会议中表示，自1983年到1988年间警政署已查获各型枪枝7,000余枝、弹药5.8万余发，但私拥枪械仍逐渐增加。监察委员钟荣吉表示，大陆制手枪透过走私流入台湾，显见枪枝泛滥不但已影响社会治安，可能涉及政治意图。
依警总的情资，解严之后台湾与大陆渔民间的走私，很快从大陆沿海转移到台湾海域。龟山岛附近海域及基隆、淡水、新竹外海可出现数十艘，甚至数百艘大陆渔船，载运大陆酒、香菇、雕塑艺品、骨董等物兜售。偷渡来台的大陆农民工也因为不求高薪、无法罢工，而受到台湾郊区各二级产业工厂的欢迎。从事偷渡工作的渔民每趟载运10~20个大陆人来台，可赚10~20万左右的暴利。
1989年4月10日，国防部公布一系列裁撤单位，警总中负责文宣出版品检查的政战第六处撤销，另外检管处一个、职训总队两个与台北、高雄机场协调中心各裁撤一个，全台的港检处则裁掉七个，不过并没有删减海防单位。因为在该2日到4日间，嘉义朴子海防部队的哨兵遭到私枭开车冲撞、台北县盐寮海岸的巡防哨兵更是遭到大批私枭围殴，海军巡逻艇则分别在鹿港与西屿外海截获基隆籍金加祥号、大陆闽惠渔0321及闽晋渔5604渔船，共拘捕企图非法入境的103名大陆人。
有鉴于大陆人偷渡、走私频繁甚至开始挑战台湾公权力，在1989年4月15日上午举行的民国79年度预算说明会上，警总表示该年度有两大工作目标：「因应中共对台颠覆统战工作、解严后日益增多的暴力与街头事件」。
随着中共走私进台湾的枪械弹药激增，甚至有大量炸药流入台湾，其严重程度不得不让国防部予以重视，认为这些弹药是中共当局指示的行动，背景极不单纯。于是在1989年4月28日，国防部下令驻守本岛的二线部队进驻海岸线，每两公里设一个海防组，协助警总海防部队缉捕偷渡、走私的大陆渔船；陆军总部也通令，凡海防守备区内有偷渡、走私成功者，将一律以「作战失败」送军法审判。海滩周边道路会有V150轮式装甲车、至少780辆机车巡逻，重要班哨甚至可以配备轻型雷达，高级军官也将亲自驻防督导。但陆军希望海军在海上加强巡防与配合，警总表示偷渡走私多是双方渔民共谋，希冀警政署督导渔港安检。
由于大量大陆黑枪与走私物流入黑社会，使台湾这期间社会治安恶化，出现一大堆知名的枪击要犯。人们甚至有「高雄到了，下车的旅客请穿上防弹衣！」的笑话，社会人士因而呼吁成立一个受到中央安全部门主持的「海防联合指挥部」，结合河口与海口水上港务警察、警总派驻海防人员、海防部队及相关情治单位的力量，严密执行海防以杜绝私枪流入台湾。
显然从「台湾警备总司令部」在1984年解除大部分军事职能、转型成治安机关以后，除面对来自岛内各界的种种挑战之外，便是应付因为经济起飞、大量人口聚集城市、大陆对台湾的大规模走私而败坏的治安。尤其是中共对台的走私，有官方背景的制式枪械、低廉但品质与卫生堪虞的食品大量输入台湾，改变台湾的黑社会及基层官商的运作模式，所形成的地下利益链条也远比党外、民进党还要来得敌视警总，也更加乐意利用舆论来败坏警总的声誉。
1990年5月底，总统李登辉宣布将在一年内结束动员戡乱时期，警总也必须随之裁撤。当时警总主要由台湾警备总司令部、军管区司令部共同组成，台湾警备总司令与军管区司令都由同一人担任。「台湾警备总司令部」负责警备、保安、检管等业务，「军管区司令部」负责军事动员、后备军人管理等业务，所以解除动员戡乱时期以后，处理后备军人业务的「军管区司令部」并不受影响。