镇不住军方内斗牺牲杨念祖？马英九：对国军批评过度
洪仲丘案促成军审法修法速审过关，更折损了2名国防部长。对此，外界质疑，身为三军统帅的总统马英九根本压不住军方势力，因为杨念祖的抄袭传闻早就有风声，却还让他成为军系内斗的牺牲品。另外，更有人质疑军审修法是为了赶在马出访前通过，马在中常会指出，外界对国军的批评过度，企图稳定军心。
洪案引发一连串连锁效应，马总统在中常会上直指外界对国军的批评过度，替即将上任国防部长的严明消弭外界对军方的批评；毕竟杨念祖6天内下台让外界质疑，身为三军统帅的马英九根本镇不住军系的内斗，让杨念祖（如下图／东森新闻）成为牺牲品。
资深媒体人黄创夏就指出，马英九喜欢搞文宣，所以在完全不能处理的时候，他会挑最简单的做，「所以就把杨念祖升上来，然后又可以由他最好的朋友金老师，最擅长的来包装，文人部长什么什么的，以为会过关。」
外界质疑杨念祖的论文抄袭早就有传闻，不是有人准备看好戏，就是马英九身边根本没有人选，另外，对于军事审判法快速修法，也有人质疑是不是为了赶在马总统11号出访前完成？
对于外界的质疑声浪，马总统则说，这样做是为了让军法体系，更能够适应国家社会变迁的需要。选在国民党中常会前，马英九准备好讲稿，针对外界的质疑一一做出解释，全程严肃的表情直到海巡署报告时才突然迸出笑容，让外界解读在总统的心中是不是觉得这些纷纷扰扰已经逐步底定。